Recognizing the destructive power of its captive giant Ape, the military makes its own battle-ready A.I., Mecha Ape. But its first practical test goes horribly wrong, leaving the military no choice but to release the imprisoned giant ape to stop the colossal robot before it destroys downtown Chicago.

Japani on tuskin toipunut toisesta maailmansodasta, kun Tokion rannikolla on valtava uhka. Ensimmäisen kohtaamisensa Godzillan kanssa traumatisoima sotilaskarkuri Koichi näkee tässä tilaisuuden hyvittää sodan aikaisen käytöksensä.

Spenglerin perhe palaa sinne, mistä kaikki alkoi - ikoniseen New Yorkin paloasemalle liittoutuakseen alkuperäisten Haamujengiläisten kanssa, jotka ovat kehittäneet huippusalaisen tutkimuslaboratorion viedäkseen kummitusten torjunnan seuraavalle tasolle. Mutta kun muinaisesineen löytymisen myötä paha voima pääsee valloilleen, on uusien ja vanhojen Ghostbustersien yhdistettävä voimansa suojellakseen kotiaan ja pelastaakseen maailma toiselta jääkaudelta.