ผ่านไปกว่า 10 ปี จากเหตุการณ์ในภาพยนตร์ภาคแรก “อวตาร: วิถีแห่งสายน้ำ” เริ่มต้นด้วยการเล่าเรื่องราวของครอบครัวซัลลี่ (เจค เนย์ทีรี่ และลูก ๆ ของพวกเขา) และปัญหาที่พวกเขาต้องเผชิญ ทั้งการพยายามอย่างหนักเพื่อปกป้องสมาชิกในครอบครัว การต่อสู้เอาชีวิตรอด และโศกนาฏกรรมที่พวกเขาต้องพบเจอ

เจค ซัลลี่ อดีตนายทหารเรือผู้พิการที่ต้องนั่งบนรถเข็น แต่เจคก็ยังมีหัวใจนักรบ เขาได้รับเลือกให้ร่วมเดินทางไปยังดาวแพนโดรา ที่ซึ่งมีเหมืองแร่ล้ำสำคัญในการแก้ปัญหาพลังงานขาดแคลนของโลก และเพราะชั้นบรรยากาศของดาวแพนโดราเป็นพิษต่อมนุษย์ พวกเขาจึงต้องพัฒนาโปรแกรมอวตาร เพื่อแปลงสภาวะจิตของคนให้ไปอยู่ในร่างอวตาร และให้ควบคุมร่างกายได้ในภาวะอากาศที่เบาบาง ร่างอวตารนี้เป็นส่วนผสมทางพันธุกรรมของดีเอ็นเอมนุษย์และดีเอ็นเอจากสิ่งมีชีวิตบนดาวแพนโดรา ที่มีชื่อเรียกว่า “นาวี” ในร่างอวตาร เจค สามารถเดินได้อีกครั้งหนึ่ง และมีภารกิจต้องแทรกซึมเข้าไปในกลุ่มนาวี ชนเผ่าพื้นเมืองที่เป็นอุปสรรคสำคัญของชาวโลกในการเข้าถึงเหมืองแร่ แต่นาวีสาวสวยชื่อ นีย์ทิรี้ ได้ช่วยชีวิตเจคไว้และแผนการทุกอย่างก็เปลี่ยนแปลง เจคได้เข้าร่วมชนเผ่าของเธอ เขาได้ผ่านการทดสอบและการผจญภัยต่างๆ จนได้เป็นหนึ่งในกลุ่มนั้น ความสัมพันธ์ของเจคและนีย์ทีรี้เริ่มลึกซึ้งขึ้น พร้อมๆ กับความนับถือในกลุ่มนาวี ในที่สุดเขาต้องพบการทดสอบและความขัดแย้งที่จะตัดสินชะตากรรมของโลก