Akcja filmu "Avatar: Istota wody" rozgrywa się ponad dziesięć lat po wydarzeniach z pierwszej części. To opowieść o rodzinie Jake'a i Neytiri oraz ich staraniach, by zapewnić bezpieczeństwo sobie i swoim dzieciom, mimo tragedii, których wspólnie doświadczają i bitew, które muszą stoczyć, aby przeżyć.

Rok 2154. Jake Sully, sparaliżowany były żołnierz piechoty morskiej, otrzymuje szansę odzyskania zdrowego ciała. Musi jednak wziąć udział w specjalnym programie militarnym. Ma trafić na Pandorę, planetę zamieszkiwaną przez Na'vi - człekopodobną, pokrytą niebieską skórą rasę. Pandora, księżyc planety Polyphemus w układzie Alfa-Centauri, jest bogata w złoża niezwykle cennego minerału, który mógłby rozwiązać światowy kryzys energetyczny. Ponieważ ludzie nie są zdolni do oddychania na Pandorze, stworzyli specjalne hybrydy zwane avatarami, którymi mogą sterować. Umożliwia im to swobodne poruszanie się po planecie. Jake dołącza do pułkownika Milesa Quadritcha, dowodzącego tajną jednostką Secops, i rozpoczyna infiltrowanie Na'vi. Kiedy jednak poznaje Neytiri, wojowniczkę z klanu Omaticaya, która ratuje mu życie i dzięki której coraz lepiej poznaje tubylców, zaczyna wątpić w słuszność swojej misji. Staje przed trudnym wyborem: stanąć w obronie dobra czy wypełnić swoje zadanie.