Jake vive felicemente la sua vita insieme a Neytiri ma Pandora nasconde ancora numerosi misteri. Quando una vecchia, familiare minaccia torna ad affacciarsi per terminare quel che era stato iniziato un tempo, Jake dovrà nuovamente collaborare con l'esercito dei Na'vi per proteggere il loro incredibile pianeta. In veste di patriarca si ritroverà a dover combattere una dura guerra contro gli umani. Jake e Neytiri saranno pertanto costretti a lasciare la loro casa ed esplorare varie regioni di Pandora...

Jake Sully è un marine costretto su una sedia a rotelle che accetta di trasferirsi sul pianeta Pandora in sostituzione del fratello morto, la cui missione era quella di esplorare il pianeta. Essendo l'atmosfera del pianeta tossica per gli umani sono stati creati degli esseri simili ai nativi Na'vi che possono essere 'guidati' dagli umani. Pandora è un enorme giacimento di un minerale prezioso per la Terra dove le fonti di energia sono azzerate. Gli indigeni Na'vi non hanno intenzione di essere colonizzati. Il compito iniziale dell'avatar di Jake sarà quello di conoscerne usi e costumi e di farsi accettare all'interno delle comunità indigene. Jake conosce così Neytiri, una guerriera Na'vi figlia del capo tribù. Da lei impara a divenire un guerriero molto diverso dal marine che è stato e se ne innamora ricambiato.