Mere end et årti er gået, siden Jake Sully tog til Pandora og fandt kærligheden med Na'vien Neytiri. To er blevet til en familie med drengene Neteyam og Lo'ak samt døtrene Tuk og Kiri. Men lykken får en brat ende, da menneskene - anført af Jakes ærkefjende Quaritch - atter ankommer for at kolonisere planeten. Midt i krigen indser Jake, at han er fjendens hovedmål, og at hans familie først er i sikkerhed, hvis de flygter. Dette bliver starten på et nyt eventyr, da familien rejser til et ø-rige, hvor hav-na'vierne bor.

Historien foregår på den fremmedartede og tryllebindende måne kaldet Pandora. Her lever mere end tre meter høje, blå, menneskelignende væsner, Na'vi. Denne fremmede verden er rig på fantasifulde landskaber, væsener og ukendt beplantning. Mennesker kan ikke ånde den pandoriske luft, så de udvikler genetiske hybrider af mennesker, kaldet avatarer, som kan kontrolleres via en mental forbindelse på jorden. Avatar er historien om den tidligere soldat, Jack, der i skikkelse af sin avatar kastes ud på endannelsesrejse gennem Pandoras forunderlige verden.