Действието на Аватар: Природата на водата се развива 14 години след събитията в Аватар. Джейк Съли (Сам Уортингтън) живее щастливо заедно с Нейтири (Зоуи Салдана) и техните деца, но когато стара заплаха надвисва отново над Пандора, двамата са принудени да напуснат дома си, отправяйки се към различни региони на изобилстващата от живот луна и да търсят помощта на други на‘ви племена. Неприятностите обаче ги следват плътно по петите…

Филмът проследява историята на Джейк Скъли, парализиран бивш морски пехотинец, който е изпратен в красивия, но опасен свят на Пандора да помогне на минна корпорация да събере минерал, наречен "унобтаниум"! Хората не могат да дишат въздуха на Пандора, така че те пътуват и работят в специални метални кислородни костюми. Пандора има местно население от нейвита - раса представляваща шестметрови хуманоидни сини същества, които нямат никакъв интерес да помагат на хората, в тяхното начинание на Пандора.