“我想我可以说出来了。我与美游的……至今为止的故事” 世界向着毁灭前进。能够阻止毁灭的步伐的，唯有身为“圣杯”的美游的牺牲而已。要选择世界，还是美游——。面对发起“世界的救济”的爱因兹华斯所提出的这个问题，伊莉雅给出的答案是，“拯救双方”这种单纯的“任性”。 战斗迎来暂时的休止，一行人暂时栖身于美游与士郎成长的家中。在众人团聚的途中，士郎开始讲述自己与美游的过去。 曾经能够无差别地实现任何愿望的神稚儿美游。士郎将无家可归的她带回了自己与切嗣一同生活过的家里。在那之后过了5年。两人如同亲兄妹一般度过着平稳的生活。 但，这样的日常却突然迎来了结束。造访美游老家的两人。在他们的面前，将美游当成“奇迹”地追求的朱利安出现了——。 美游与士郎、爱因兹华斯的因缘，在此揭晓。

宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆、美树沙耶香、巴麻美以及佐仓杏子守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊。