After succumbing to an unenviable fate, Kiritsugu Emiya has left Shirou Emiya the duty to save mankind in his place. The world is dying and time is ticking, but when the salvation Shirou seeks is at the cost of his only family left—his younger sister—will he still have the heart to pursue this duty? Shirou is now pressed with the choice to continue being a hero of justice—or become the very evil his ideal has vowed to vanquish. The orphan is alone once again, yet his body is still made of swords. The Fifth Holy Grail War now begins with his oath under snow.

Młode dziewczyny z Mitakihary żyją szczęśliwie, od czasu do czasu walcząc ze złem, ale poza tym wykonują spokojne, codzienne czynności. Jednak Homura Akemi czuje, że coś jest nie tak z tą niezwykle przyjemną atmosferą - chociaż inni pozostają nieświadomi, nie może powstrzymać podejrzeń, że w tym, co się dzieje, jest coś więcej niż na pierwszy rzut oka: ktoś, kto nie powinien istnieć, jest obecnie obecny aby przyłączyć się do ich działań.