A causa di un errore, un virus letale si è diffuso all'interno di un sofisticato centro di sperimentazione biologico sotterraneo chiamato L'alveare. 'La Regina Rossa', l'intelligenza artificiale che governa i sistemi di sicurezza del centro, ha bloccato tutte le uscite del bunker causando la morte di centinaia di dipendenti. E' ora compito di un'avanzata squadra speciale tentare di isolare il computer principale e cercare di capire quello che è realmente successo. Ma la Regina Rossa non sarà l'unico ostacolo che si troveranno a dover superare.

All'inizio dell' Era Glaciale, tre creature assolutamente mal assortite si ritrovarono coinvolte per caso in una straordinaria avventura. Sid, un bradipo chiacchierone, Manny, un mammouth triste e malinconico, e Diego, un tigre dai denti a sciabola, si riuniscono anche se contro voglia per per aiutare un bambino a tornare da suo padre.