מאז התרחשות "המכה השנייה", אירוע איום שהשמיד חלק נכבד מאכלוסיית כדור הארץ, עברו 15 שנה. כעת, בשנת 2015, נקרא היקארי שינג'י להגן על טוקיו 3 ועל העולם כולו מפני "מלאכים", חוצנים מסתוריים המתקיפים במרווחים ההולכים ומתקצרים. על מנת להילחם בהם צריך שינג'י, נער יפני בן 14, להצטרף לחברת 'נרב', שמטרתה להציל את האנושות מפגיעה שלישית, העלולה להביא לסוף האנושות כולה. דרך הלחימה - בעזרת רובוטים ענקיים המכונה בשם "אווה", בהם יכולים לטוס רק מספר מצומצם של בני נוער נבחרים.