巨无霸们终于如愿以偿重新回到电子星。可是当擎天圣醒来后发现自己正被无数的坦克追击。而当擎天圣决定变身与之对抗时，发觉不知何时被病毒感染无法启动变身，只能被迫逃离。逃跑的过程中遇到了失散的部下黄豹、精灵鼠、毒蜘蛛。大家都遭到了未知病毒的入侵，无法变形，并且病毒正在破坏大家的身体。在危机时刻，擎天圣在命运的指引下找到了圣贤，并在圣贤的帮助下重新格式化程序，获得了新的身体和能力。

擎天圣帮助队员们训练新身体的变身。黄豹与毒蜘蛛先后掌握了变身能力，而精灵鼠不能做到真正的平衡导致变身失败。随后巨无霸们兵分两路寻找新的基地。 在寻找的过程中黄豹和毒蜘蛛发现整个星球的人都消失了。汇合后擎天圣决定去市政厅了解情况。在市政厅里擎天圣遇到了宿敌威震天，并得知了整个星球的巨变都是由他一手造成。最后在精灵鼠的帮助下逃出了市政厅。

在毒蜘蛛的记忆深处，总能听到一个深情的声音在呼唤。为了回忆起以前的事，毒蜘蛛保持机器人形态深入虎穴，担心她的精灵鼠尾随而至。威震天的三个新手下——利剑飞船、冲锋和坦克对他们百般阻挠。千钧一发之际，擎天圣及时赶到，他不想失去任何一个战友。

擎天圣等四人出来寻找犀牛和银箭的火种。擎天圣总有一种感觉，他们就在附近。威震天的三个爪牙正在四处搜寻巨无霸们，想消灭他们以获得威震天的奖赏。擎天圣感到坦克的火种很熟悉，设法与他沟通，并曾一度说服了坦克。可是，威震天很快又控制住了坦克。回到训练基地后，擎天圣陷入沉思之中。

擎天圣、黄豹、毒蜘蛛、精灵鼠四人在迷宫中遇到了威震天制造的病毒的幸存者——暗啸。在暗啸的诉说中，他们了解到电子星的历史以及暗啸能够幸存下来的原因。他们知道，要想解救电子星，必须解开未来种子之谜。为了解救暗啸，擎天圣身负重伤，他的行为感动了暗啸。巨无霸们齐心协力打退了武装兽的进攻。

巨无霸们遭遇危险时，精灵鼠为朋友着想，情急之下他变形成功，但朋友们的不理解使他痛苦万分。他要与威震天做一笔交易，承诺保证威震天急需一晚安宁，以换得先进武器。但最后，威震天却要求精灵鼠乘人之危对巨无霸同伴下黑手。精灵鼠终于明白了，其实自己很强大，所以他并不需要威震天的武器。

擎天圣等人被武装兽军团追得四处奔逃，擎天圣不想再躲避威震天了。在与冲锋的交战中，毒蜘蛛不幸被打败。然而奇怪的是，冲锋在关键时刻又救了她。毒蜘蛛终于明白，冲锋等人正是被威震天夺走火种的巨无霸们，挽救同伴是他们义不容辞的责任。

擎天圣似乎有什么秘密不愿告诉大家，为了争取擎天圣的信任和重视，黄豹决定率精灵鼠等三人行动。由于知道了冲锋等人很可能就是被威震天夺走火种的巨无霸们，他们的计划就从偷袭坦克开始。然而，事情并非他们想象的那样容易、顺利，突袭行动遇到了阻碍。

经过多方接触，黄豹和精灵鼠发现坦克体内装的是犀牛的火种。他们多次向坦克解释，可犀牛的思维好像被什么东西禁锢了，仍然相信威震天而无法解脱。就在他们要强制改变坦克的火种时，擎天圣赶到，阻止了他们。擎天圣想让坦克自己慢慢明白过来。

威震天试图移除自身的有机成分，可总是失败。只有抓到暗啸，窃取他的变形程序，净化才能成功。在逃避威震天手下追击的过程中，暗啸发现了一个神秘的山洞，那里留有大批的骸骨，暗啸对自己过去的行为痛悔不已。坦克心怀鬼胎，企图控制整个电子星。

正当擎天圣和黄豹为作战重力争论不休时，坦克找到了魔力神球之钥，他要利用这强力的武器消灭巨无霸和威震天。对此一无所知的威震天还以为坦克消失了。坦克暗中得意，因为他相信不会再有人来干涉他实现计划，他将独享通向一个全新电子星的钥匙。

毒蜘蛛一心以为银箭的火种被困在冲锋体内，她试图用有机溶液作为催化剂唤醒银箭。但令她失望的是，冲锋体内的火种竟然是过去的原始兽——黄蜂的，而银箭的火种则被困在利剑飞船的体内。毒蜘蛛暗下决心，一定要救出银箭。坦克已经做好了大决战的准备。

威震天决定消灭电子星上所有的巨无霸，擎天圣率部下全力以赴。擎天圣受圣贤指引，来到了所谓的“等离子能量室”，不料这竟是坦克设下的陷阱。精灵鼠、黄豹和毒蜘蛛不幸被擒，擎天圣愤怒了，他启动了等离子能量室，两种能量在电子星上冲撞。

经过一番激烈的战斗，巨无霸与武装兽两败俱伤，并且双方都损失了各自的领导人。黄豹让所有人停下，他告诉对方战争已经结束了，但被武装兽拒绝。擎天圣在领导模块中经过激烈的心理斗争，从根本上理解了这场战争的实质，通过了巨大考验，又回到了战友们身边，为使电子星重现生机继续努力。

不知为何，魔幻龙总被威震天的大本营所吸引，暗啸想帮助这位新朋友查明原因。魔幻龙无法控制地变形成野龙，巨无霸们受到威胁，但这一切丝毫没有动摇暗啸的决心。可是最后，魔幻龙不见了，野龙出现了。这究竟是怎么一回事呢?

夜幕降临电子星，巨无霸们商议对待逃脱的魔幻龙。暗啸相信他有善良的灵魂，与大家意见不合后离开。魔幻龙试图打破大门，擎天圣和巨无霸们前来安抚他，但他变成野龙，攻击巨无霸们。经过一番混乱后，魔幻龙与暗啸一起前往中心基地，引发一系列事件。在控制器附近的深渊中，巨无霸们解开了一些机关陷阱，最终魔幻龙成功解放威震天，并与巨无霸们对抗。最终，威震天重获自由，计划复仇。

精灵鼠用火种提取器改装成一个DNA扫描仪，毒蜘蛛把利剑飞船引进一个山洞，结了一张网，把利剑飞船罩住，将利剑飞船变回了银箭。在一场战斗中，威震天利用一种磁力装置抓走了擎天圣和黄豹，毒蜘蛛说服银箭和她一起去救同伴们，却被威震天引进一个圈套。经过激烈的思想斗争，银箭决定帮助毒蜘蛛救出擎天圣与黄豹。回到基地后，银箭又想离开，毒蜘蛛追上去，并劝其留下。

银箭终于归来了，巨无霸们非常高兴。但不知为何，他们突然争吵起来，甚至大打出手，就连毒蜘蛛和银箭也不例外。万般困惑的擎天圣被威震天“请”走，擎天圣意识到了问题的严重性，很清楚又是威震天在捣鬼。原来，银箭感染了一种可以传染的“仇恨病毒”。最终，团结一致的巨无霸们战胜了理论上不可消除的病毒。

擎天圣决定率众巨无霸前往坠毁的飞船寻找幸存者，途中遭到一株奇怪植物的袭击。就在大家不知所措时，擎天圣通过重新格式化唤醒了奇怪植物。原来，奇怪植物的真实身份亦为巨无霸，她名为“树神”，只是感染了威震天制造的病毒。被修复后的她为擎天圣的队伍注入了新的力量。

巨无霸的力量壮大了，而武装兽只剩下冲锋一个干将，又一再打败仗，于是威震天用他夺取的火种制造出了两个将军——大力神和金刚侠。这两人是天才军事专家，他们假装战败，把全体巨无霸引入一个无法逃脱的地方，想夺走他们的火种。一心只想搞研究的树神受到火种的启发，及时赶到，救出了被困的巨无霸们。

擎天圣命令巨无霸们分头去寻找火种，被分到同一组的精灵鼠和树神起初似乎都不大情愿，但两人很快在战斗中建立了友谊。没有寻到火种，却找到了威震天。威震天狂妄地声称擎天圣的末日已经来临，因为他下载到了圣贤的信息。然而，魔高一尺道高一丈，擎天圣也借机进入了威震天的信息库，并掌握了火种的确切位置。

威震天夺取了大量的火种，企图实现机械体的升级。擎天圣他们兵分两路去侦察威震天的行踪。在阻止威震天升级的过程中，魔幻龙英勇牺牲。在魔幻龙的精神的鼓舞下，巨无霸们决心战斗到底。

巨无霸们正沉浸在消灭威震天的快乐中，但教训提醒他们，威震天也许还在苟延残喘。正如他们所料，威震天变成了一个电子，企图消灭巨无霸，因为只有巨无霸的火种里存在可以对付电子的正电子。幸亏精灵鼠及时识破此计，并把电子极化威震天束缚在一个非常小的躯体中。但威震天并没有屈服。

擎天圣决定待完全修复电子星后，再把火种放回众巨无霸的体内。然而此时，威震天再夺火种的野心仍然没有丝毫削弱。因为防护屏的启动，树神的生命岌岌可危。为了挽救树神，精灵鼠采取了冒险之举，本以为因失重而将毁灭的擎天圣等人终于又在精灵鼠的努力下存活了下来。也许这真是终结的开始。威震天会再次夺走火种吗?

巨无霸们打算利用原始兽维修风火轮的时间展开反击，但事情并不像他们所想象的那样简单、顺利。擎天圣最后一次召唤圣贤，圣贤将力量给予擎天圣。此时，威震天的新躯体已经完成，他要把火种转移到新躯体中，战斗异常激烈。

决战的时刻终于到来了，威震天成功地收集所有变形金刚的火种并纯化自己，变得异常强大，企图利用魔力神球之钥将电子星完全机械化。为了解救电子星，挽救领导模块，擎天圣与威震天展开英勇搏斗。战斗中，擎天圣身负重伤。擎天圣向威震天说明了保持电子星上有机和无机平衡的重要性，但威震天仍一意孤行。最后，擎天圣为阻止威震天而与其同归于尽。电子星迎来了曙光，获得重生。电子星转变为充满绿色的有机星球，擎天圣用生命换来了电子星有机与无机的和谐统一。