Los guerreros legendarios ancianos cuentan la historia de los guerreros Sendokai de la Tierra, que sería como un resumen de la primera temporada.

Zak, Cloe, Kiet y Fenzy conocen a un nuevo compañero llamado Lon y lo invitan a jugar al fútbol, pero rechaza la invitación y Zak lo reta a un uno contra uno. Lon acepta, pero a mitad del partido son atacados por un monstruo llamado Yaki, que son almas sin energía Sen. Tänpo aparece junto Lalith, Lula y Chronam-Sunn para pedir ayuda, ya que Sidmodius tiene la caja de Ses-Trad y está absorbiendo la energía Sen. Chronam-Sunn entrega nuevos brazaletes al grupo y también uno a Lon, empezando así una nueva aventura para los guerreros Sendokai.

Zak, Cloe, Kiet, Fenzy y Lon viajan hasta Masara, la dimensión de su nuevo amigo Kido y el lugar donde Sidmodius se encuentra realizando sus planes y convirtiendo a los habitantes del planeta en Yakis. Ahí son atacados por un grupo de Yakis y tras derrotar a uno de ellos, descubren que se trata de Danima, la sacerdotisa de Masara. Danima nombra a Zak como Hakuru (el líder) y le entrega un mapa de Masara, para que puedan llevar a cabo su búsqueda de Sidmodius y los Yakis.

En su búsqueda de los Yakis y Sidmodius, los Guerreros Sendokai son atacados por tres Yakis, siendo uno de ellos más poderoso que los otros dos. Tras darse cuenta de que no podrán derrotarlos, Zak le pide a todos que se retiren, con lo cual Lon no está de acuerdo. Tras su derrota, Danima se da cuenta de que necesitarán entrenar para derrotar a Sidmodius, por lo cual se convierte en su nueva maestra.

Debido a sus problemas de confianza en los demás por los consejos de su padre, Lon está teniendo dificultades para integrarse al equipo. Danima les advierte a sus Sen-Kuns que los Yakis se irán haciendo más fuertes y que ningún guerrero solo será capaz de derrotarlos, sin embargo, dos si pueden. Por ello, les entrega sus nuevas armaduras, con las cuales son capaces de adquirir nuevos poderes al combinar sus energías Sen. Danima les enseña a Zak y a Lon la Fuerza Duo-Sen, pero para realizar la técnica juntos ambos deben confiar el uno en el otro. A pesar de las dificultades de Lon para confiar en Zak, CLoe consigue a Lon confiar en el grupo y después, Lon y Zak realizan la Fuerza Duo-Sen, pero tras su éxito, Danima sufre una caída y Kido advierte que si Sidmodius continua convirtiendo a todos en Yakis, la sacerdotisa podría morir. Por ello se disponen a viajar a la aldea de Kido y detenerlos.

En su camino hacia la aldea de Kido, los guerreros Sendokai deben cruzar por un extenso desierto. Afortunadamente, adquieren nuevos vehículos que les ayudaran con la tarea y cruzando el desierto, Zak tiene ciertas dudas sobre las capacidades de Kido. Al llegar a la aldea, se dan cuenta de que Sidmodius ya se ha ido, pero sufren una emboscada de un grupo de Yakis y, gracias a las excéntricas habilidades de Kido, son capaces de derrotar y liberar a los Yakis. Tras una discusión entre Kido y su padre, se descubre que es considerado el menos hábil de su familia y se dispone a liberar a sus hermanos convertidos en Yakis para demostrar lo equivocados que están todos sobre él. Mientras tanto, en la dimensión Beldzar, Tänpo se reencuentra con su hermano Kento, el nuevo escriba del Rey de Beldzar, quien no accede a ayudarlo a descubrir por qué Sidmodius viajó hasta Masara. Tras de investigar a fondo, Tänpo descubre que Masara es la misma Tierra de hace millones de años y que los guerreros no han viajado a otra dimensión, sino que han viajado en el tiempo.

Preparándose para su cita con Cloe, Zak se encuentra muy emocionado hasta que sus planes se vienen abajo cuando sus padres tienen que salir y lo dejan al cuidado de Ona, su hermana menor y al ser llamado por Danima, decide llevársela consigo. En Masara, Danima decide enseñarles a Kiet y Fenzy la Pared Duo-Sen, por lo cual enfrenta a sus Sen-Kuns con antiguos aprendices. En medio del Sendokai, Ona interfiere constantemente y él la detiene, por lo cual los demás creen que no se está tomando el combate en serió y a pesar de las interferencia de la hermana de Zak, Kiet y Fenzy son capaces de dominar la Pared Duo-Sen y ganar el combate.

Intentando una vez más salir con Cloe, Zak la llama y la invita nuevamente al cine prometiendo que ahora si asistiría, por lo cual ella acepta, pero termina esperando sola durante horas fuera del cine. Molesta con Zak, se encuentra con Lon quien la invita a su casa a escuchar música. Mientras tanto, en la dimensión Beldzar, Tänpo le pide a Kento que le revele información sobre el Génesis Oscuro, a lo que Kento acepta solo si Tänpo le gana en un combate Sendokai. En la Tierra, Cloe descubre la fascinación de Lon por la música y el arte y ahí se da cuenta de que tienen mucho en común. En Beldzar, el combate de Tänpo y Kento continua y tras revelarle Tänpo a su hermano que el siempre lo admiró, Kento reacciona y pierde el combate. Recibiendo el perdón de su hermano, Kento acepta ayudarlo y les revela a Tänpo y a Lalith la verdad sobre el Génesis Oscuro y la razón por la que Sidmodius viajó a Masara, para convertirse en el Gran Zorn. Nuevamente en la Tierra, Zak busca a Cloe por haber faltado a su cita, pero la encuentra con Lon y descubre que ellos pasaron el día juntos. Zak se deprime y se marcha, mientras que Cloe parece estar pensando en Zak y Lon.

Tras dominar la Fuerza Duo-Sen y la Pared Duo-Sen, Danima decide enseñarle a Cloe el Rayo Duo-Sen y le pide que elija como compañero al guerrero que sea más cercano a ella, por lo cual escoge a Zak. Para dominar la habilidad, Danima los reta a un Sendokai contra ella. En medio del combate, Lon logra realizar el Disparo Zet-Sen para sorpresa de todos y Danima le dice que es el resultado de unir su energía con la de Zak. Cuando Cloe y Zak intentan realizar el Rayo Duo-Sen fallan, ya que no son tan cercanos como ellos creían. Para ganar el combate, Lon le pide a Cloe que intenten realizar juntos Rayo Duo-Sen, ella acepta y juntos logran realizar su nueva habilidad, muy a pesar de Zak. Antes de que el combate pudiera terminar, Danima se desmaya y Kido les dice a sus amigos que está a punto de morir.

En un intento por detener a Sidmodius y salvar la vida de Danima, los guerreros Sendokai salen en su búsqueda, pero Zak está teniendo problemas para concentrarse, dada la reciente cercanía de Cloe y Lon. Como resultado de su falta de concentración y desconfianza, Zak termina separándose del grupo y se encuentran con Sidmodius, pero este logra escapar no sin antes revelar que se ha fusionado con la caja de Ses-Trad

Dispuestos a no rendirse y salvar a Danima, ella los envía en busca de una roca Nerón con los Amos del Fuego, afirmando que estas poseen propiedades curativas. Al llegar al volcán donde se encuentran los Amos del Fuego, estos accederán a entregarles una roca Nerón solo si los derrotan en un Sendokai. En el combate, Zak no deja que su orgullo le permita realizar la Fuerza Duo-Sen con Lon, pero al darse cuenta de que solo salvarán a Danima si deja de lado su orgullo, consigue realizar la Fuerza Duo-Sen. Por desgracia, los Amos del Fuego realizan la Fusión Nerón-Sen ganando el combate, pero tras ver como Zak deja de lado su orgullo para cumplir con su objetivo, les entregan una roca Nerón. Al reencontrarse con Danima, ella usa la roca para crear a sus Sen-Kuns nuevas armaduras, con las que poder realizar la Fusión Nerón-Sen. Tras admitir que la roca no salvaría su vida, ella les pide a sus Sen-Kuns ser fuertes, finalmente muere y Masara termina perdiendo a su sacerdotisa.

Después de la muerte de Danima la tierra de Masara entra en caos y cada tribu comienza a acusar a otro de los problemas de las invasiones de los Yakis, luego de pensarlo Zak decide que la única manera de acabar estas discusiones es por medio de un gran torneo de Sendokai en donde el equipo ganador se convertirá en el líder de todas las tribus de Masara. Pero luego de convocar el gran torneo Zak se da cuenta de que ha puesto el destino del Multiverso en peligro y decide dejar a su equipo y nunca volver a casa.

Viviendo como ermitaño y entrando al punto de la locura Zak recuerda los viejos tiempos y continua su viaje por Masara, mientras tanto Lon anima al equipo a no rendirse y ganar el torneo, por lo que Tanpo pensó en entregarle el mapa del hakuru, pero luego de degradar a Zak el lo reconsidera y Lon se convierte en el nuevo líder del equipo sin portar el mapa, mientras que Tanpo, Kento y Lalith tienen sus dudas sobre Lon ya que sienten que hay algo extraño con él.

Los guerreros sendokai han llegado al lugar donde se disputará el primer gran torneo de sendokai, El estadio de Shohannan, pero Cloe no puede olvidarse de Zak y lo ve por todas partes por lo cual tiene problemas de concentración en su primer combate, luego de que Lon la convenciera de olvidar el pasado ella recupera la concentración y ganan el combate. Mientras tanto Zak se encuentra con Kido y son atacados por dos Yakis pero juntos logran liberarlos y descubren que son los hermanos de Kido, tras liberarlos Kido y sus hermanos forman el equipo que representara a la tribu Kiwun en el gran torneo y luego de que Tanpo y Kento aparecieran y convencieran a Zak de regresar al sendokai el acepta participar en el gran torneo pero en el equipo Kiwun. Al final Sidmodius tiene su primer combate contra los Droovers y el logra derrotarlos con un solo ataque.

Zak ha vuelto para luchar en el Gran Torneo, pero en vez de luchar con los humanos lo hará en el equipo Kigun. Cloe se alegra al verlo y lo nota cambiado,a lo que el le dice que es porque ha cambiado.En su primer combate en el Gran Torneo el equipo Kiwun deberá enfrentarse a los Norkingos, al ser incapaces de librar un combate cuerpo a cuerpo contra los poderosos Norkingos el equipo de Zak comienza teniendo problemas, pero gracias a los consejos de Kento, Zak decide cambiar la estrategia de su equipo y los Kiwuns logran la victoria. Luego del combate el líder de los amos del fuego, Magmus, les entrega a Kido, Keenan y Keeway sus propias armaduras Nerón, para que así el equipo de Zak pueda invocar a Fusión Nerón-Sen.Mientras, Chronam-Yatt calma a Sidmodius diciéndole que a pesar de haber 2 equipos en su contra, antes de llegar a él tendrán que eliminarse, y Crhonam-Yatt desvela que los celos serán un factor importante a partir de ahora.

Sidmodius y Chronam-Yatt están planeando la manera de ganarse al público para poder tomar en control una vez que hayan ganado en Gran Torneo. En la Tierra, Kiet está durmiendo cuando su abuela le pide que le ayude a mover un mueble,a lo cual se niega por estar muy cansado, lo que le hace sospechar que está otra vez salvando al mundo. Fenzy está hecha polvo, y cuando su madre le pregunta si se apunta a un masaje con pétalos de rosa, acepta, lo que extraña a su madre pero a la vez la alegra. Por otra parte, Cloe está dibujando a Zak y a Lon, indecisa por no saber con quién quedarse y le pide consejo a su madre. Zak está cuidando a su hermana cuando llegan sus padres, y estos se sorprenden al ver que se ha echo muy responsable de golpe al darle la cena a su hermana y recoger sus juguetes antes de llegar ellos. De vuelta a Masara, se disputa el sendokai entre Sidmodius y un monstruo al que nadie en Masara le cae bien.

Lon, Cloe, Kiet y Fenzy se encuentran entrenando para poder realizar la Fusión Nerón-Sen y Lon decide que su objetivo en común para poder realizar la técnica es derrotar a Sidmodius, al comienzo todo parece funcionar pero termina siendo un fracaso ya que Lon no puede concentrarse por pensar en Cloe y su padre, y Cloe no se concentra por pensar en Zak y Lon. Mientras tanto en la tierra Lon se enoja con su padre por nunca prestarle atención y siempre dejarlo solo, luego en Masara llega la hora del siguiente combate para el equipo humano quienes deben enfrentar a un peligroso brujo que provoca pesadillas, durante el combate el brujo ataca con sus peores pesadillas a los guerreros de la tierra: Lon debe enfrentarse a la soledad que siente por parte de sus padres, Kiet y Fenzy deben enfrentarse a unos Yaki y Cloe a sus sentimientos por Zak y Lon. Gracias al consejo de Tanpo de seguir sus corazones y no creer en lo que ven Cloe logra vencer su miedo tomando una decisión y se libera del trance, luego de liberarse Cloe libera a Kiet y Fenzy y finalmente intenta liberar a Lon, quien dice sin parar que esta solo, pero al escuchar la voz de Cloe diciéndole que no estará solo mientras ella este a su lado Lon se libera y logran derrotar al brujo y avanzar a la siguiente ronda. Al final se revela parte de la verdad sobre las intenciones Chronamm-Yatt y la decisión del corazón de Cloe: Zak es su elegido.

Zak, Kido, Keenan y Keeway se encuentran entrenando para la Fusión Nero-Sen pero al no tener un objetivo en común terminan fracasado. El siguiente combate será entre el equipo Kiwun y los Kredlers, al comienzo los Kiwun tienen problemas en el combate debido a los insultos de los Kredlers, luego de dejar de lado las disputas los Kiwun comienzan a equilibrar el combate y con una jugada rápida de Kido los Kiwun avanzan a la siguiente ronda y tendrán que enfrentarse al equipo humano. Al final los Kiwun y los Kredlers terminan en buenos términos después de siglos de peleas y Cloe trata de invitar a Zak a una cita pero él se niega creyendo que ella está muy bien con Lon y alegando que mientras sean rivales solo pueden concentrarse en el torneo y ser amigos con lo que Cloe difícilmente está de acuerdo.

Molesta por la actitud de Zak, Cloe se encuentra hecha un lio y en medio de su discusión sobre la decisión que Zak decidió tomar Lon aparece por su ventana y le confiesa sus sentimientos a Cloe dejándola sin palabras al preguntarle si siente lo mismo por él. En Masara se disputará el siguiente combate entre Sidmodius y los Amos del Fuego, luego de invocar todo el poder de la Caja de Ses-Trad Sidmodius se hace más rápido y fuerte y a pesar de usar la Fusión Nerón-Sen los amos del Fuego son derrotados y Sidmodius consigue aún más el apoyo de los Masarianos. Mientras tanto Cloe trata de hablar sobre sus sentimientos con Zak pero es detenida por Kento y ella le pide que le entregue a Zak un dibujo de los dos que ella había hecho pero Kento lo desecha luego de que Cloe se aleja y Lon encuentra el dibujo. Al final comienza el siguiente combate entre los humanos y los Kiwuns, y mientras Zak se pregunta donde esta Lon el ya se encontraba en la arena y lleno de ira comienza el sendokai entre los dos equipos.

El combate entre los Kiwuns y Lon continua mientras el resto del equipo humano se encuentra atrapado sin poder ayudar a Zak, Lon sigue atacando con los poderes que adquirió de la Fusión Nero-Sen, el Tornado Go-Sen y el Destello Nu-Sen, en pleno combate Keenan, Keeway y Kido resultaron heridos por los ataques de Lon, por lo que solo quedan él y Zak. Empiezan a luchar, pero ambos están muy igualados, y cuando se encuentran en medio de dos Disparos Zet-Sen Lon le dice a Zak que le ha robado lo único que le quedaba, Cloe, lo que hace que se desconcentre al darse cuenta de que Cloe le ha elegido y perdiendo el duelo.Con la victoria casi asegurada Lon trata de atacar a Zak con el Fuego Sho-Sen pero Kido se interpone y salva a Zak. Con todo el equipo Kiwun herido Lon trata de provocar a Zak, pero unidos Zak y su equipo logran invocar finalmente la Fusión Nero-Sen y Lon. Con un pie en la final el equipo Kiwun se encontraba en apuros ya que solo Zak se encontraba en condiciones para luchar contra Sidmodius, pero gracias a la Ley de kronian Kido y sus hermanos pudieron ser sustituidos por Cloe, Kiet y Fenzy. Cuando estaban por regresar a casa Zak decide que deben ayudar a Lon, pero él ha desaparecido encontrándose en la selva de Masara con su armadura rota, totalmente cambiado y afirmando su odio por todos. Mientras tanto Chronam-Sunn y Chronam-Yatt se enfrentan por la supremacía del bien y el mal.

Chronam-Sunn continua su lucha contra Chronam-Yatt, pero la diosa del bien es derrotada y adsorbida por su hermana. Mientras tanto en la tierra Zak se encuentra cuidando de su hermana Ona, Kiet esta en la casa de su abuela, Fenzy se queja de los deberes que su madre le ha pedido hacer y Cloe guarda el disco que Lon le había regalado en una caja bajo su cama como muestra del fin de sus sentimientos por Lon, mientras despejan su mente los chicos no notan que el cielo parece formar nubes de tormenta y se encaminan a reunirse antes de la fina. En Masara, Sidmodios clama que el equipo humano no se presentaran animando al público de que se convertirá en un gran líder. En la tierra los chicos discuten como formaran la Fusión Nero-Sen y Zak les dice que más que un objetivo en común el y los Kiwuns compartieron un sentimiento, también discuten sobre Lon, y Zak dice que lo ayudaran tan pronto acabe el gran torneo. Estando listos para ir a Masara y enfrentar a Sidmodius un portal se abre en el cielo y los Yakis comienzan a invadir la tierra, para evitar que causen daños los guerreros Sendokai van a luchar contra los Yakis, siento este el plan de Chronam-Yatt para hacerlos llegar tarde a la final y perder el combate, afortunadamente Tanpo, Kento, Lalith y Lula llegan para ayudar y piden a los guerreros ir a Masara mientras ellos enfrentan a los Yakis. En Masara Sidmodius está a punto de ser declarado ganador pero los chicos llegan justo a tiempo para comenzar el combate.

El último sendokai esta por comenzar, los humanos y Sidmodius se enfrentaran para decidir el destino del multiverso. El combate al principio parece estar muy igualado y los humanos no le facilitaban las cosas a Sidmodius, por lo cual el decide utilizar los poderes que adsorbió de Danima al convertirla en un Yaki y se divide en otros 4 guerreros con el Masara Sen-Fracta. Mientras tanto en la tierra Tänpo, Kento, Lula y Lalith continúan defendiéndose del ataque Yaki.

Herido y expresando su odio por todos Lon se encuentra caminando por la selva de Masara cuando de repente tropieza y cae frente a la Fortaleza Zorn donde se encuentra el Gran Casco Zorn, el cual reacciona con el símbolo de su pecho. En la tierra Chronam-Yatt siente la reacción entre la energía de Lon y el Casco del Gran Zorn por lo cual regresa a Masara. Mientras tanto el combate final del gran torneo sendokai continua y los guerreros humanos reaccionan combinando sus poderes y logrando marcar una ventaja contra Sidmodius, desafortunadamente el utiliza una roca Nerón que le robo a Magnus durante su combate con los amos del fuego y logra invocar su propia armadura Nero para hacer la fusión nerón-sen con sus dobles. Afortunadamente los guerreros sendokai pudieron detener el ataque de Sidmodius pero quedaron muy debilitados, cuando todo parecía perdido los humanos logran encontrar su sentimiento en común y logran invocar la fusión nerón-sen para hacerle frente a Sidmodius. Mientras tanto Chronam-Yatt se encuentra con Lon sosteniendo el Casco del Gran Zorn, diciéndole que el portador de ese casco fue alguien muy parecido a él, que deseaba crear un mundo justo y sin dolor, y que el portador del casco gobernaría el multiverso acabando con todos aquellos que le hubieran causado sufrimiento, al final aparece una sombra de Lon con el casco.

Los guerreros Sendokai y Sidmodius siguen luchando utilizando la Fusión Neron-Sen, cuando la victoria parecía ser de Sidmodius los guerreros humanos logran utilizar el sentimiento que los une para aumentar su poder y lograr derrotar a Sidmodius, quien pierde el control de la caja de Ses-Trad y los Yakis enviados a la tierra regresan a Masara para ser liberados y revelar que Sidmodius fue el responsable de todo lo ocurrido. Cuando Zak esta por ser nombrado líder de Masara el no acepta y le entrega la corona a su amigo Kido. Mientras tanto Chronam-Yatt sigue tentando a Lon para convertirse en el Gran Zorn modificando el casco para darle el poder de la inmortalidad, pero él se niega diciendo que no es malvado, en ese momento llega Sidmodius quien adsorbe a la Chronam-Yatt causando que los portales dejaran de funcionar atrapando a los chicos en Masara y Sidmodius ser convierte en un Super Yaki.

Sidmodius pierde el control sobre su energía al absorber a Chronam-Yatt y se transforma en un monstruo gigante. Los chicos deberán detenerle antes de que destruya Masara.