地底世界で敵エージェント・ビャッコとの決戦に挑む『シンカリオンE5 はやぶさ』と『シンカリオン ドクターイエロー』。ハヤトが成長したことで、リュウジが運転する『ドクターイエロー』も真の力を発揮し、二機のシンカリオンは抜群の連携でビャッコを追い詰めていく。しかし、ハヤトの攻撃の様子がどうもおかしい。リュウジもハヤトの考えを分かっているようだ。果たしてふたりの本当のねらいとは……？