After successfully reprogramming the Skid, Jeremy and the four other Lyoko Warriors discover another Replika in the Digital Sea called the Cortex. They intend to learn more about this mysterious, ever-changing sector. Meanwhile, William finds himself accepted temporarily into the group and aids them in the Cortex. Aelita also finds something very mysterious about her late father in the Cortex's interface.

Jérémy et Aelita ont réussi à repérer le lieu où XANA a vraisemblablement été réactivé. Nos héros décident de s'y rendre à bord du Skid, le sous-marin numérique qui permet de voyager dans le réseau mondial, et que Jérémy a reprogrammé. Mais au moment du départ, Odd se retrouve enfermé dans un local du collège. De son côté, William cherche à réintégrer l'équipe des Lyoko-guerriers...

Jeremy y Aelita son capaces de identificar dónde Xana ha sido reactivada. Nuestros héroes deciden ir allí a bordo del Skidbladnir, el vehículo capaz de viajar en el mar digital, reprogramado por Jeremy. Pero en el momento de la salida, Odd se encuentra atrapado en la academia. Por su parte, William intenta volver a ser parte del equipo de guerreros Lyoko.