De Bunker volgt een team van de Antwerpse cel van de Belgische Staatsveiligheid, die opereert vanuit haar ondergronds hoofdkwartier: de Bunker. Als buitendienst verzamelen de agenten informatie op het veld, om zo tijdig een belangrijke dreiging of ramp te voorkomen. Die bedreiging kan van alle kanten komen: extreemrechts en -links, terrorisme, economische spionage, cybercriminaliteit en sektes. Op het team rust een enorme verantwoordelijkheid en de agenten zijn -door de interne geheimhouding- vaak enkel op elkaar aangewezen. Hun band is hecht, maar de druk is zonder meer groot.