本季围绕埃及混沌之神阿佩普（Apep）的灭世阴谋展开。阿佩普附身人类，企图向全世界释放“纯邪之力”（Pure Evil），引发终极正邪之战。图书馆员团队必须破解科学馆内神秘人偶的警告线索，阻止混沌之神毁灭人类文明。

Une nouvelle menace apparaît avec le Département de la Sécurité des Artefacts, une organisation gouvernementale qui veut contrôler la Bibliothèque. Pendant ce temps, les bibliothécaires doivent empêcher le retour d'anciens dieux et protéger l'équilibre magique.

Le monde fait face à une nouvelle menace prenant cette fois la forme d'Apep, le dieu égyptien du chaos. Libéré accidentellement de son emprisonnement, ce dernier utilise les personnes qui se trouvent sur son chemin pour faire des ravages. Tandis que les agents de la DOSA font leur possible pour contrecarrer chacun de leurs gestes, les bibliothécaires se démènent pour arrêter Apep. Flynn, obsédé par la capture du dieu égyptien, convainc quant à lui Charlene de revenir contribuer à la cause.

Während es erneut an den Bibliothekaren liegt, sich bösen Göttern und magischen Fallen zu stellen, werden sie gleichzeitig von der Regierung als Terroristen gejagt.