Hace mucho tiempo, todos los seres humanos vivían bajo el mar. Sin embargo, algunas personas prefieren la superficie y abandonados que viven bajo el agua de forma permanente. Como consecuencia de ello, fueron despojados de su protección dada por Dios llamado "Ena" que les permitió respirar bajo el agua. Con el tiempo, la brecha entre los habitantes del mar y de la superficie se amplió, aunque todavía existía el contacto entre los dos pueblos.

Nagi no Asukara sigue la historia de Hikari Sakishima y Manaka Mukaido, junto con sus amigos de la infancia Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, que se ven obligados a abandonar el mar y asistir a una escuela en la superficie. Allí, el grupo también cumple Tsumugu Kihara, un compañero de estudios y el pescador que ama el mar.

Hikari y las vidas de sus amigos están obligados a cambiar, ya que tienen que lidiar con el odio y la discriminación profundamente arraigada entre la gente de mar y de la superficie, las tormentas en su vida personal, así como una tormenta inminente que puede acarrear el fin para todos los que habitan sobre la superficie.