魔人啾啾从美术馆偷走具有魔力的狗头，并且企图把全世界的人都变成狗，任由他的使唤。飞天小女警在变成狗后，奋力抓住了魔人啾啾，救了全市的人。

教授在市场遇到大美女而一见钟情，却没想到大美女是瑟杜莎装扮的，他的目的是要对付小女警，好让他去偷市长的珠宝。最后小女警还是识破了瑟杜莎的阴谋，并将他逮捕。

蟑螂教练以为飞天小女警害怕蟑螂, 所以动员了大军妄图占领地球，可没想到害怕蟑螂的小女警们最终还是打败了他。

三个恶劣的歹徒在屡次行抢都被飞天小女警破坏以后，决定冒充飞天小女警作案。被冤枉的飞天小女警只好越狱，将犯人的真实面目揭开。

邪恶的“他”利用善良的泡泡离间毛毛跟花花的感情，泡泡发现真相以后想独自对付他。最后，毛毛与花花和好，共同拯救了世界。

阿米巴帮一心想成为大坏蛋。为了被抓进监狱里，他们故意违法，但却总是以失败告终。他们在无意中将新型感冒病毒传染给全镇，飞天小女警不得不把他们全都抓回来，好让教授制作解毒剂。

毛毛爱上了坏死帮派的老大王牌，想要跟他做朋友。王牌利用毛毛想要控制小镇村，并且想要杀了花花和泡泡，还好毛毛及时发现真相，挽回一切。

毛茸怪兽是个不喜欢别人碰他东西的家伙。为了追逐入侵他家中的松鼠，把小镇村搞得一团杂乱。最后，飞天小女警追到他家，把他逮捕后送进监狱。

在布基怪人的领导下，只会在黑夜出现的怪物们，把太阳遮住，企图将地球变成黑暗世界。最后，小女警们让太阳重新闪亮，救了大家。

惨死在钉床上的魔术师变成了僵尸，准备向大家报仇。害怕僵尸的小女警们，为了保护大家的安全，只好去找僵尸。原本以为小女警们敌不过僵尸魔术师，没想到最后他们还是救了大家。

邪恶的“他”将小镇村所有居民对小女警的爱，变成可怕的憎恨，妄图借居民的手除掉小女警。不过，小女警还是痛揍了所有的人，赶走了“他”。

小镇村突然来了一个超人保护大家，小女警们不再受到重视。但没想到这个超人是假的。于是，小女警们想了一个妙计，让超人在大家面前承认他的罪行。

魔人啾啾绑架了尤教授，小女警们去营救教授时发现了一个大秘密。魔人啾啾曾经是教授的助理，而且小女警的诞生都是由魔人啾啾造成的。

在幼稚园里，同学们都欺负爱吃糨糊的艾墨。艾墨在意外中变成糨糊怪人，要向大家进行报复。最后在毛毛的道歉下，艾墨才不再摧毁小镇村。

在一个酷热的日子里，花花偶然发现她有冰冻的能力。正当她向大家展现的时候，花花因为没抓到抢犯，便发誓不再使用此能力。没想到突然出现了一颗大火球，在泡泡跟毛毛的要求下，花花利用超能力救了大家。

泡泡因为生气大家把她当小孩子看，便发誓要变强。她一个人打败了绑架她的魔人啾啾，让她的姐妹们对她刮目相看。

市长被魔人啾啾绑架走了，小女警们赶去救他，却不停地笑。市长追问半天，小女警也不敢说。原来市长的衣服被魔人剥光了，光着身体呢。

小女警们抓住了偷钻石的坏蛋，并且救回一只猫咪。没想到这只猫咪竟是真正的坏蛋。它不仅把尤教授催眠，还有更多邪恶的阴谋。

毛茸怪兽无意间当上了市长，但是却让小女警们没有机会去抓坏人。小女警们只好去把前任市长找回来，并用摔角的方式决定谁才是真正的市长。

飞天小女警的球飞进了魔人啾啾的家。小女警于是上门想要回自己的球。啾啾想趁此大好机会除掉小女警。没想到啾啾竟然会受不了小女警特殊的索要方式，最后还是把球还给了他们。

小丑彩虹撞到运送漂白剂的的卡车, 被漂成了黑白色。他还使得全镇的颜色都不见了，不仅如此，村民们还都变成了哑巴。最后，泡泡想了一个办法，唱了一首关于爱的歌，让所有的颜色又都回来了。

魔人啾啾因为打不过飞天小女警，便仿效小女警的制作过程，创造了粗暴小子。小女警打不过粗暴小子，几乎想要放弃。但机智的小女警最后利用女孩子的温柔，又再次大获全胜。

尤教授担心小女警们在维护正义时会受伤，因而制造了机器小女警来帮助她们。没想到在对付大鱼怪的同时，机器女警把美丽的小镇村也给毁了。