Scrapped Princess ha luogo in un mondo fantastico e si impernia sulla vita di Pacifica Casull, una ragazza quindicenne in origine principessa secondogenita del regno di Linevan e poi abbandonata alla nascita a causa della 5111ª profezia di Grendel, che aveva predetto che la bambina sarebbe stato il "veleno mortale che avrebbe distrutto il mondo" prima del tramonto del giorno del suo sedicesimo compleanno. Scaraventata giù da una rupe, tuttavia, la bambina riuscì a salvarsi miracolosamente e fu adottata dalla famiglia Casull. Per 15 anni trascorse una vita serena e felice, fino a quando non venne scoperto che la Principessa Abbandonata, come da tutti veniva chiamata, era ancora in vita.