Young Ruuji Familon finds a Liger-type Zoid during a salvage mission. Initially, the village is attacked by Bio-Raptor Bio-Zoids, and later a Bio-Megaraptor. After the village generator is destroyed in combat, Ruuji takes the Murasame Liger Zoid and leaves the village alongside Ra-Kan and Rei Mii to find a generator mechanic or the village will be destroyed. Through his journey Ruuji learns he must fight against Digald.

在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类逃到天空上，建立了天空之都。残留在地上的人类失传了那些超高科技，经过许多世代后，古代的事件和天空中的人变成了传说，现在人们找到的机兽就是古代文明的遗物。

In einer fernen Zukunft wurde der Planet Zi aufgrund einer plötzlichen Verschiebung seiner Erdachse von beispiellosen Katastrophen getroffen. Städte versanken im Meer, die südlichen Inseln vereisten, am Meeresboden entstanden Gebirge, riesige Risse durchzogen die Ebenen und erloschene Vulkane brachen aus und bedeckten den Himmel mit grauer Asche. Angesichts dieser Katastrophen waren die Menschen machtlos. Die gesamte Zivilisation, die auf der Oberfläche des Planeten Zi existierte, brach zusammen.

Desastres naturais devastaram o Planeta Zi, matando quase todas as formas de vida. Mil anos depois, humanos restabeleceram aos poucos a civilização, recuperando Zoids antigos por meio de escavações. Numa vila em que o objeto mais precioso é uma espada gigante que eles adoram como um símbolo sagrado, um jovem garoto descobre um Zoid tipo Liger durante uma operação de resgate debaixo d“água. Com este Zoid ele desafiará as forças de Digald que querem dominar todo o planeta.

На планете Зи практически не осталось ничего живого. Люди пытаются сохранить память о прошлых цивилизациях. Много зойдов, которые когда-то существовали на этой планете, находят и восстанавливают. Раньше они использовались в быту, как средство передвижения, на войне. Существовали даже небольшие зойды, сильно похожие на живые существа. Однажды рядом с одной деревней отец и сын находят одного из таких роботов. Подросток с отцом решают перенести зойда в деревню, но в это время на нее нападают злобные скелеты. Найденный зойд пробуждается и начинает сражаться вместе с жителями деревни. Оказывается, с его помощью можно будет победить всех врагов. Но для его работы нужно топливо. И подросток отправляется на его поиски...