正当汽车人在庆贺他们取得大战的时候，他们受到了神秘的邪恶力量的攻击。究竟那些攻击者是什么人？他们有什么企图？

自从得知霸天虎不是近来连串攻击时间的主谋后，汽车人决心要找出个究竟来。咨询过母体电脑以后，补天士得出了一个惊人的结论：这很可能是所有变形金刚的末日。

在邪恶的五面怪几乎要被汽车人毁掉的时候，他和霸天虎组成了一个黑暗联盟。这回，汽车人被困在他们的两个死敌之间了。

补天士发现了五面怪的真实性质，这是个惊人的发现。但是这已经太迟了，因为霸天虎正在攻击地球和塞伯坦。

大战在蔓延，罗嗦和转轮必须完成一个艰巨的任务，否则地球就会陷落。另一方面，汽车人必须阻止狂暴的霸天虎，否则塞伯坦就会落入到五面怪的手中。

开始时，这只是一场试验，但后来却演变成了一场残酷的生存战。通天晓、五面怪、沙蒂肯、营救车和狂飙五个一起被困在了一艘有故障的太空船上。他们正一步一步地走向死亡…然而，逃生舱只能容下一个人，这时，他们该怎么办呢？

大家都知道汽车人杯子喜欢讲他的战争故事。但是，有一个故事是他不会讲的---那就是关于怪物浑沌怪的故事。在杯子正当年轻力壮的时候，他在与浑沌怪的一站中落败而逃。现在，几个世纪过去了，他必须再次面对浑沌怪。

擎天柱从坟墓里回来再次领导汽车人了----补天士再高兴不过了。他将母体电脑交还给这位恩师。不幸的是，现在的擎天柱已经不是以前的那个了。他那迟钝的身躯被五面怪重编了程序。他把汽车人引到了一个非常危险的处境。当这个可怕的阴谋被识破后，热破要面对他生命中最让他为难的战斗---一边是他以前恩师的生死，一边是塞伯坦和所有汽车人的命运，两边都那么叫人为难。

五面怪正在着手一项改变历史的计划。他们打开了一扇岁月之窗回到了塞伯坦的过去，并绑架了机器人A-3，而且把它带到了现在。当时，机器人A-3领导了一场反抗五面怪的叛变。五面怪想着如果没了领袖就不会有叛乱，那样时光的大潮里面就只有五面怪的存在，于是他们又可以再次成为塞伯坦的统治者了。然而，汽车人发现了他们的计划并对岁月之窗发动了攻击，结果却产生了混乱的效果。一些现代的汽车人被困在了过去，而叛变的领袖又被困在了现在。这个时间和空间相互交错的架构正在面临着崩溃的危险。

狂飙和清除机在追逐毒气弹的时候进入了塞伯坦的中心，在那里他们碰上了一位不速之客----红蜘蛛的鬼魂。红蜘蛛控制了狂飙。为了报复，他打算与惊破天合作，重建他的势力。

自从在汽车人之城被打败之后，铁甲龙就一直藏身在邪恶的卡波恩共和国。这个国家一直都在受到边界的保护，并有着一个富有同情心的统治者----阿布都法迪卡。在伏特诺思消失后，地球的权利就陷入了一片混乱中去。当塔玛哈被绑架后，汽车人就开始怀疑铁甲龙是铁甲龙干的了。后来，克姆林被找到，大家就更加肯定是铁甲龙在搞鬼……但是他们如何证明得了这一切呢？

转轮和丹尼尔为了给通天晓一个意外的生日晚会，不惜冒着被霸天虎抓住的危险而行动。

钢锁和丹尼尔被意外地送到了一个只有巫师和鼓吹斗争的人存在的地方。在那儿，根本就没有人相信科学。通天晓、卡莉和录音机赶去营救他们----但是他们能及时赶到吗？

五面怪发明了一种能够使人类的噩梦变成现实的机器。这很可能会毁掉汽车人和霸天虎。突然，变形金刚们发现他们正处在一个奇怪的“噩梦星球”上。在这里他们碰上了许多恶魔、怪物、扭曲了的变形金刚以及神话里害人的角色。这时，补天士才发现这些都是出现在丹尼尔噩梦里面的事物。现在汽车人必须马上想办法救丹尼尔，否则太迟了。

红蜘蛛又回来了，这回他是上了瘟疫的身，后来他和联合派的首领达成一项交易。联合派答应狡猾的红蜘蛛，只要他帮他们做三项工作，就把他的旧身躯给回他。红蜘蛛很快就答应了，但很快他就知道了联合派隐藏了的动机了。

在一次与汽车人的斗争中，惊破天脾气失控，并把他的愤怒发向霸天虎。汽车人轻易地取得了这场斗争的胜利。然而在霸天虎的内部却出现了分歧----到底惊破天是否适合领导他们。为了阻止叛乱的发生，狂飙接受五面怪的建议，将惊破天带到疗养院。在那儿惊破天受创的电路可能得到治疗，他的稳定性才有可能恢复。但是这个治疗也有可能发生危险，因为“蛛网”有可能会“吃掉”惊破天的电子智能----但如果治疗成功的话，惊破天就能经历他人生中最辉煌的一刻。

由于霸天虎造成的一场意外，汽车人和霸天虎紧急降落在一个星球上。在这里，所有的居民都是用音乐来沟通的。然而，如果一些语言的调波混合在一起的话，所组成的旋律能使星球爆成质子。声波录到了这种音调的两部分。于是，汽车人必须在通天晓的带领下，阻止惊破天和他的霸天虎找到这种旋律的第三部分。

五面怪的日志又出现了，这次是在一个丛林密布的星球上的一个几乎完全封闭的环境中，汽车人和霸天虎争先恐后地要得到其中的关键元素，并要把其中所含的有用信息付诸使用。

犹豫急救员把猛大帅的钝齿轮弄丢了，于是他离开了机器卫兵之列。在霸天虎之城日渐强大的威胁下，无助的汽车人之城正面临着毁灭的危险。现在就只剩下通天晓和受损的守护神两个在保护着汽车人之城的安危了。

五面怪发现他们很久以前遗失在太空中的商业交易记录现在落在了尊奇派（Junkion）的一个废料山中。当然，尊奇派（Junkions）不会心甘情愿地把东西交还给他们。于是五面怪使用奸计把东西拿了回来。他们干扰了尊奇派（Junkions）的广播频道，利用一个电视形象在电视频道上胡言乱语，并领导了一场“清洁圣战运动”。这个办法很奏效。尊奇派（Junkions）马上就开始清理他们的世界----无论是物质上的还是思想上的都要进行清洁运动。

很久以前，汽车人逃离塞伯坦并建造了一个与最好时候的塞伯坦一模一样的机械星球。现在，霸天虎发现了这个星球并侵占了它，汽车人必须在这个星球变成霸天虎永久的堡垒之前毁掉它。

由于五面怪的愚弄，惊破天和霸天虎把“能量吸血鬼”----居住者从塞伯坦的深处放走了。现在只能靠汽车人去阻止居住者把所有的变形金刚都变成还魂尸，他们最后还要把塞伯坦变成一个威力尽失的死寂的世界。

补天士、通天晓、弹簧和阿尔茜的思想被一个歹徒困在了人工躯体里面。这个歹徒是和霸天虎勾结在一起，并受霸天虎的指使而来的。汽车人们能找到并变回他们原来的机器形体，并且给予霸天虎的一击吗？

一场意外使机器恐龙钢锁变成了一个超级天才。现在他成了汽车人对付霸天虎最新计划的唯一希望。天才钢锁究竟会想出怎样的办法来对付霸天虎呢？那些惊人的科技机器人又究竟是些什么人呢？

“金钱是万能的”是自由商德玛纳斯的座右铭。他不仅仅一次把科技机器人卖给五面怪，并想以此来证明他的座右铭……但是他这样做证明得了吗？

机器恐龙、森林派、和恐怖派在一场生死战中遗弃了他们的伙伴----变形金刚。那神秘的“至尊太君”到底是谁？又有什么东西能阻止拖泥派（Tornedron）清除银河系呢?

五千年前，五面怪把砸漠金锁在了太空经纬线里，并使它们和宇宙的其它部分孤立起来。现在那个太空经纬线被补天士、罗嗦、通天晓和感知器破坏了。于是，五面怪最惧怕的力量逃了出来。

霸天虎偷走了汽车人的母体电脑，补天士----现在又变成了得过且过的热破了----并不想把它要回来。他会放弃他的汽车人伙伴吗？还是负担起命运赋予他的重任呢？

科学家们发现一场外星瘟疫能使变形金刚在战斗中自我残杀。这无疑会导致汽车人和霸天虎的共同灭亡。现在只有一个人可以救大家。那就是已经死去了的擎天柱。

瘟疫很快就传遍了整个地球，许多机器人和人类都被感染上了。但是还有一小部分汽车人、霸天虎和五面怪暂时没受感染。他们一起合作使已经死去了的汽车人领袖擎天柱复活。复活后的擎天柱马上投入到与死神的搏斗中去…他能及时成功吗？

惊破天纠合新力军进攻塞伯坦，热破与部分变形金刚流落到头领行星。

丹尼尔和四个星云与五个汽车人一起与蜂人作战，但是蜂人决定对一群霸天虎采取类似的行动。擎天柱前往魔力神球找出失踪的汽车人的下落，并遇到一张老面孔，了解答案并确定必须采取的措施。

两派分别与当地居民结合，新生的头领战士和目标战士加入战斗。惊破天与ZARAK合作，启动了巨型基地——撒克巨人，随后巨无霸基地在人类斯派克指挥下也赶赴战场，霸天虎和撒克巨人战败逃往宇宙深处……