塞伯坦被汽车人和霸天虎的内战搞得满目疮痍。汽车人决定乘坐方舟号离开塞伯坦寻找新能源，霸天虎闻风后，威震天派震荡波留在塞伯坦，其余霸天虎乘坐报应号追击。在追击过程中霸天虎登上方舟号，但飞船不幸发生事故，坠入地球，两个派别的人都昏迷不醒。四百万年后，一次火山爆发使飞船重新运作，首先复活了霸天虎一行。红蜘蛛为了消灭昏迷的汽车人偶然再次触发了修复系统，汽车人全体复活。擎天柱派探长和飞过山监视霸天虎的行动，因为飞过山的开火使得二人被追杀，探长受伤。威震天为了获取能量块前往油井，闻讯的汽车人及时赶到。霸天虎获得能量块立刻撤离，汽车人与油井工人落入海中。

汽车人解救了油井的工人，并让人类斯派克父子加入了汽车人的阵营。斯派克偶然将变成收音机的声波带入汽车人基地，获得了有关地球能量储存的资料。声波逃跑过程中机器狗被汽车人所俘。观看了声波带来的资料，威震天决定到水力发电厂获取能量。霸天虎战胜汽车人带着能量块离开了水力发电厂。威震天又来到了缅甸的红宝石矿，而汽车人派大黄蜂和斯派克普拉深入矿井安置炸弹。眼看爆炸时间快到，擎天柱和他随身携带的小滚轮前去营救，炸弹正好爆炸。

爆炸并没有伤害到小滚轮和大黄蜂与斯派克普拉，但霸天虎同样逃过一劫。探长提出可以利用全息影像哄骗霸天虎并将其一网打尽，并演了一出不小心放走机器狗的戏。机器狗回到霸天虎基地，威震天识破了汽车人的诡计，做了一堆废料交给汽车人处理，而同时其他霸天虎来到火箭基地获取了足够让霸天虎飞回塞伯坦的能量。汽车人包围了威震天飞船所在地，但没能阻止霸天虎登上飞船。擎天柱飞上天阻止飞船但被飞船击中。幻影隐身进入霸天虎飞船使飞船失控，霸天虎回到塞伯坦的计划失败。霸天虎的飞船落入海中，汽车人以为他们已经被消灭。

霸天虎在深海环境中生存了下来。威震天得到震荡波的信息，太空桥计划即将成功。于是威震天又开始了能量的采集工作，立刻来到了发电厂。汽车人接到消息后在发电厂与霸天虎交战，铁皮为了救擎天柱受重伤。斯派克与大黄蜂侦查霸天虎的行动，偶然发现了震荡波的太空桥计划，但太空桥还没有完全正常。大黄蜂和斯派克被霸天虎发现，被抓了起来并被当做太空桥实验的试验品。大黄蜂被威震天更改了记忆后释放，于是向擎天柱报告了虚假的太空桥位置。汽车人赶到大黄蜂所透露的位置，遭到了霸天虎的伏击受困于山洞中。汽车人打开洞口，依变正常的大黄蜂所指示来到太空桥的真实位置。汽车人救下了斯派克，在战斗中威震天不慎跌入了太空桥中，却碰巧赶上太空桥试验成功，来到了塞伯坦。

斯派克的朋友切普是个残疾的电脑天才，他意外地被卷进了汽车人和霸天虎间的一场斗争里，因为他知道霸天虎想要的一种秘密能量的配方，而在家中遭到绑架。霸天虎企图从切普的脑中分离出这个配方，斯派克和汽车人救出了切普，并在切普的帮助之下打败了霸天虎。

擎天柱在与霸天虎的一次撞击中损坏了一个内部零件，其他的汽车人在切普的帮助下把太空桥运到了赛伯坦，他们在千斤顶的工作室内找到了一个替换零件。为了避免在这个陌生星球上遭到攻击，他们及时地返回，修好了擎天柱并把太空桥炸掉。

霸天虎在北极地区的地下冰层中发现了一块巨大而中空的水晶柱。他们在这块水晶柱中挖隧道，企图从地心汲取热能。但这一举动会使地球被完全冷却下来。在挖掘新隧道时，威震天发现了天火——赛伯坦的科学家，他已经被埋葬于此数百万年了。天火复活后极不情愿地加入到霸天虎的队伍中。当汽车人来到北极地带与霸天虎进行对抗时，天火逐渐认清了他真正的身份所属，并帮助汽车人击败了霸天虎------尤其是他的“老朋友”红蜘蛛------但是为了重新埋没水晶柱和隧道，他只好引发雪崩，最后也被埋没在绵绵的冰雪中了。

在汽车人火山总部的切摩斯发现了一个前人所不知的房间，这里有许多恐龙骨化石，千斤顶和救护车建造了三个能变形成恐龙的变形金刚。同时，为了获得无限的电力资源，霸天虎占领了一个巨大的瀑布系统。当机器恐龙完成时，它们简单的头脑却发生了错误。这三个机器发起狂来。考虑到他们太危险了，擎天柱命令把它们关闭并永不开启，当汽车人赶去瀑布阻止霸天虎时，他们遭到了埋伏。千斤顶不顾擎天柱的命令，改进了恐龙机器，而这次的改进取得了实际性的成功，从而帮忙解救了汽车人赶走了霸天虎。

在秘鲁的安第斯山脉上，著名的“能量水晶”被改造成为一种具强大毁灭性的武器。然而，这块水晶实在太强大了，它不仅毁坏了武器的机件，还迫使霸天虎攻击当地的村庄以求新的机件。汽车人赶来阻止他们，天火试图说服被包围的惊天雷脱离霸天虎并加入汽车人，却失手被擒，并被红蜘蛛所伤。在一名当地女孩的帮助之下，斯派克展开了营救，而天火在惊天雷的帮助下也赶走了霸天虎并毁掉了能量水晶。

切普用天文望远镜追踪到一块巨大的陨石正坠向地球。他和汽车人到陨石坠落的地方搜集碎片用以研究。后来，威震天研究那些守卫陨石的机器恐龙的程序，利用它们的弱点来改变它们对汽车人的忠心。另一方面，汽车人发现那些碎片是易爆的，当他们返回到陨石撞击地区的地方去处理陨石时，却发现陨石已被霸天虎偷走了。机器恐龙竟出奇地攻击擎天柱，并把它带到霸天虎那里，霸天虎此时正在从陨石汲取能量。千斤顶建造了两个新的机器恐龙，用它们打败了原来的几个，并解救了擎天柱。当汽车人领导人冒着生命危险去救其中一个机器恐龙时，所有的机器恐龙都深受感动并团结起来，与汽车人一起打败了霸天虎。

邪恶的科学家阿科威尔博士和威震天及霸天虎合作，利用他的思想控制装置发明了一支人类奴隶兵。威震天计划利用现存的太空桥技术把塞伯坦送入地球的轨道。因而产生的吸力而造成了巨大的自然灾害——如地震，火山爆发等。而人类奴隶兵则趁机把能量搜集进能量块。然而汽车人变形金刚无法像对待霸天虎那样对待人类奴隶兵。斯派克普拉是被霸天虎抓获的人类之一，因而他被套上了思想控制装置。他背叛了汽车人，甚至几乎毁了他们。他的儿子斯派克为他的行为感到痛苦和迷惑，在上集的高潮部分，塞伯坦逐渐靠近地球，而自然灾害也开始了。

汽车人们全副武装地去阻止地球上的自然灾害，甚至连机器恐龙都来帮助保护陆地免受海啸的破坏。汽车人得知斯派克普拉被派到塞伯坦去阻止汽车人拯救地球。斯派克恳求擎天柱让他与几个汽车人去解救他父亲。他们偷偷潜入霸天虎在塞伯坦上的总部，发现了思想控制装置的设计。正在这时，他们被斯派克普拉发现了，他发起狂来想要按警钟通知霸天虎！

斯派克和其他人带着设计回到了千斤顶的工作室，千斤顶发明了一个高频率的装置。这个装置可以使控制晶片的电路系统发生故障。他们返回去救斯派克普拉并赶回家，另一方面汽车人一直都无法阻止霸天虎搜集能量块并把它们安放在一艘巨大的宇宙船上。这回他们开始了最后一战，千斤顶及时赶到并解放了人类奴隶兵，为汽车人的斗争清除了道路。在斗争中，威震天开走了宇宙船，汽车人们团结一致在天空之外把它摧毁，剩下的震荡波把塞伯坦撞出了地球的轨道，并把它送进了太空，一切都恢复了正常。但过后他们却发现威震天在爆炸居然侥幸地逃脱了。

红蜘蛛与阿科伟勒博士一起逃到了深藏于山中的实验室里，疯狂的霸天虎在那发现了“能量之源”。这是一种具有高度挥发性的无限能源，威震天赶回来并重新集合了它的霸天虎，跟随红蜘蛛到了那里。这时，汽车人也尾随而来，红蜘蛛给这个“能量之源”装上了计时器，企图炸毁整个地球，红蜘蛛带着阿科伟勒博士一起来到了塞伯坦.他们计划在他的故乡收集由爆炸而产生的能量波.威震天和擎天柱也赶到，经过战斗后他们控制了“能量之源”，并从震荡波处得知红蜘蛛的计划，并切断了计时器。另一方面，红蜘蛛已经把阿科伟勒传送到一部零件机器上去了，因此他只好独自一人回到地球看看出了什么障碍。威震天和擎天柱合力将那威力强大的炸弹推进太空，并在那引爆了，爆炸的威力把红蜘蛛弹回到了地球上，威震天正在等着他呢。

在巴厘岛的丛林里，有三个巨型机器昆虫，他们正在攻击着农场，并把粮食变成他们的油料，汽车人和霸天虎都在警惕着这个新物种，并派人到那边进行调查。汽车人惊奇地发现，这些机器昆虫不仅野蛮而且复制得很快；霸天虎则很快发现了机器昆虫的栖息地，原来这是霸天虎太空船的一部分，在汽车人和霸天虎降落到地球以前，它就被抛弃到地球上了。很明显的，一个相似的重组过程发生了，只不过它们用的不是车和飞机作模型而是用昆虫。威震天企图与机器昆虫联合，利用它们把汽车人阻挡在海湾外，而他自己则从一间炼油厂偷取能量。由于汽车人干预，它们失败了，但能量块却被机器昆虫偷走了。

挖地虎是一组建筑车，他们可以变身成为机器人，这回，他们为了威震天所需的一些零部件而攻击一个机密的电力厂，这些零件能造成一台机器，这台机器可以把所有的霸天虎们都变成威震天的样子。后来威震天要与擎天柱来个一对一的决斗，并约定谁输了谁就要带领它的机器人永远地离开地球。同时，邪恶的霸天虎领袖命令挖地虎挖进汽车人总部，致使显像一号没通知到汽车人威震天的计划。擎天柱在决斗中输了，这时机器恐龙收到了主电脑的警告，于是与挖地虎进行斗争，汽车人识破了威震天的骗局。后来挖地虎组合成了一个巨大的机器人——大力神。探长发明了一个巨型的衍射器，去分散大力神的注意力，从而使得擎天柱能向它开火。最后霸天虎被迫逃到了一个火山裂缝里。

斯派克在一场汽车人和霸天虎的斗争中受了伤，要救他必须进行一项危险性比较大的手术。千斤顶和救护车成功地将斯派克的思想传输到了一个机器人身上，以便让他的思想在他身体进行手术时仍能继续工作。对发生在自己身上的一切无法接受的汽车人斯派克把自己看成了一个科学怪兽，思想传输过程中的副作用使得他变得疯狂起来。威震天成功地影响了汽车人斯派克，并叫他加入到反对汽车人的行列中来。但结果却不如他所愿，手术后，斯派克的思想成功地传回到他的身体中，他又恢复了正常。

霸天虎抓住了变速箱，从他的思想控制中心里取走了一块电路芯片，从而也改变了他的性格，使他甘于为威震天卖命。同时这也使威震天激活了他的“星际探测针”，这个探测针能通过接触太阳来提供无限的能量。擎天柱发现威震天的计算里有一个致命的错误：星际探测针会让太阳在两小时内爆炸并毁掉整个银河系。但是他无法让威震天相信这是事实。汽车人企图干扰星际探测针，最终变速箱通过斗争克服了威震天的控制，并且帮汽车人成功地完成了这个任务。

霸天虎在纽约市庞大的地铁隧道和排水系统中偷偷建立了一个地下基地，接着他们困住了擎天柱并使他失常。他们还将帝国大厦变成了他们的总部，给纽约的市民发出最后通牒：如果不答应霸天虎的条件，就要看着这个大城市毁灭，斯派克和汽车人成功地救出了擎天柱并重新组装了他，然后他们一起打败了威震天和霸天虎，并拯救了纽约这个著名的城市。

自从邪恶的霸天虎用不稳定的能源污染了汽车人的能源供应后，汽车人就变得邪恶起来，开始攻击世界主要的防御中心，而且他们看起来似乎是一心要搞破坏。汽车人的狂乱行为都是受威震天控制的，这样他就可以强占地球新轨道上的太阳能站，有了这个霸天虎就所向无敌了。当然，斯派克和斯派克普拉没有受到影响。另外，爵士和大汉因为外出执行侦察任务而幸运地逃过此劫，斯派克普拉在霸天虎启动太阳能站前想出了解决方法把不稳定的能源去掉，但这个任务必须冒很大的险。

一次汽车人在威震天的新的能源储存站中发动了一场对付霸天虎和机器昆虫的战斗，幻影在这次战斗中受损，他发誓要让霸天虎和机器昆虫相互敌对，他潜入到机器昆虫的总部偷了一些能源块，并故意留下线索陷害霸天虎，当他把偷来的能源块放到霸天虎的储存站时，飞过山发现了他并把他的恶行告知了擎天柱。同时，幻影的计划生效了，机器昆虫向霸天虎发起了行动要夺回他们的能源块。在行动过程中，幻影被炸弹的脑硬化弹击中。当汽车人赶到时，他们发现幻影已经神经错乱，并且站到了机器昆虫的一边。但他们的到来却促使了两派恶势力再次联合，汽车人成功地毁掉了储存站，抓住了幻影并使他恢复了本来的自己。自此，他不仅对汽车人更加忠心，也开始对飞过山忠诚了。

千斤顶新发明了一个静止器，这项发明能暂时停止分子运动。在汽车人观察这个发明时，铁皮发现有个女孩在门口观察他们，他以为她是霸天虎派来的间谍，于是打算赶走她。后来，威震天带着他的部队潜入，打败了汽车人，并带走了静止器。铁皮觉得非常懊恼，并积极从服务队中退出来。另一方面，千斤顶担心霸天虎会让他发明的装置不停地工作。少了铁皮的汽车人全体出动去抢回装置，但他们遭到了霸天虎的伏击、之前出现过的那个女孩卡莉觉得自己对汽车人现在的困境有责任。她个人单枪匹马几乎快要成功毁掉霸天虎的总部时，却失手被擒。这时，汽车人被静止器冰封了。后来还是铁皮救了卡莉，并和她一起解救了他的伙伴们，最后，他终于意识到汽车人还是需要他的。

应切普的要求，汽车人们答应参加了一个慈善汽车秀，并进行一场表演赛。但他们不知道他们正被激光鸟和声波监视着。威震天带着刚刚研发出来的“司达坦（stasitron）”潜入竞技场，不让汽车人变回原形，切普和斯派克赶回汽车人总部，并碰到了落在后面的其他汽车人，在那里，切普利用他的电脑天分想出了对付“司达坦（stasitron）”的办法。结果，在一个险峻的山边，切普给了霸天虎着实的一击，并帮助汽车人变回人身以及打败了霸天虎。

威震天及霸天虎在海底发现了失落已久的大西洋城，他们和那里的国王纳吉尔结成了个联盟，一起统治地球。汽车人的一支部队发现了霸天虎和大西洋城的联盟，但这时千斤顶却被抓住了。随后大西洋城岛升出了地面，进入波托马克河流域，接着占领了华盛顿。国王纳吉尔用千斤顶来做实验并研发了一种光线麻醉枪，把汽车人给麻醉了。机器恐龙被召集来拯救汽车人，他们毁掉了麻醉枪。随着麻醉枪的消失，汽车人也都恢复了正常。汽车人和机器恐龙联合起来一起打败了他们的敌人，大西洋城最终也沉入了海底。

霸天虎改造了世界上最强大的电脑TORQ三代，因而全世界的机器都在TORQ的控制操纵之下，整个地球变的一团糟。擎天柱和汽车人们很快就注意到地球上的机器和能源站都在往霸天虎的总部传送能源量。通过追踪遥控波的来源，汽车人找到了TORQ。他们意识到，如果不及时切断TORQ与外界的联系，并重编程序的话，不但所有的能量都会传到霸天虎那去，就连他们自己也会被TORQ所控制。汽车人对TORQ发动可攻击，但却发现有一大群汽车和机器在保护着TORQ，而这些汽车和机器都是被派来对付汽车人的。

一个日本发明家展出了他新发明的机器人——夜莺，霸天虎的出现打断了这次展示会，他们还偷走了夜莺。霸天虎重新设置了夜莺的回路，极大地加强了它的力量，并把汽车人设置成为它的敌人。夜莺潜入汽车人总部偷走了一块很重要的微型芯片，致使显像一号无法工作，汽车人尾随夜莺进入到沙漠地区，却发现经过霸天虎改造后的夜莺的武器火力十分强劲。后来由于红蜘蛛的嫉妒夜莺受到了很大的伤害，那块微型芯片也失而复得。最后，夜莺还是被汽车人安全地送回他的发明者那里了。

威震天发现了一个满布水晶的裂谷，这是一个巨大的能量源，但是一旦接触到这些水晶，汽车人本身的电路就会毁坏。于是威震天把汽车人引到这个致命的裂谷里去。他利用在一次战斗中擎天柱与战友分开的时机，复制了一个擎天柱。很快的，斯派克和其他的汽车人就因为常收到一些奇怪的命令而感到迷惑。他们甚至感到擎天柱性格上的一些微小变化，直到碰上了两个一模一样的擎天柱他们才知道真相。他们用了一系列的测试来分辨他们的真假，后来斯派克被抓，假的擎天柱还鼓励大家要先去找水晶，这时汽车人们才把真的擎天柱分辨出来。

威震天命令挖地虎挖掘地球核心以求新的能量来源，他丝毫不顾这一举动会造成地球的爆裂。千斤顶发明了一种新的装置来控制挖地虎，并在一次行动中大胆地将这种装置用在他们身上，防止了挖地虎变形为大力神。汽车人带着被控制的大力神回到汽车人总部，但他们忽视了一件事情，那就是有一种简单的电子干涉器能令千斤顶发明的装置无法生效。当汽车人尝试与大力神一起阻止挖掘时，威震天使用了干涉器。因为被两股力量在控制着，大力神的电路遭到破坏，他狂乱地四处乱跑。最后，为了重新控制大力神，威震天不得不和千斤顶合作。在最后紧要关头，还是大力神成功地阻止了挖掘。

威震天把机器昆虫带到一颗新星的能源储存站上，他打算利用它们占领这个能源站后再甩掉它们。机器昆虫得知他的诡计后，给声波装了个大脑炸弹，使他成了他们的间谍。同时，汽车人得知机器昆虫会对新星上的能源产生强烈的排斥，最终他们都会爆炸。但是威震天的计划失败了，因为霸天虎都成了炸弹的受害者。汽车人发明了一种特殊的对抗机器，但是这种机器只要在被机器昆虫吞进肚子里才会发生作用。当威震天变成枪型时，擎天柱把对抗机器放进枪筒里，并把它打进炸弹和反冲的喉咙里。斯派克成功地把对抗机器射入到弹片的胸前，防御中心才得救了。

机器恐龙在汽车人总部恶意损坏了一些装置，于是被流放到一个充满史前生物的“失落岛”上。激光鸟发现汽车人到了岛上，并把他的发现报告了威震天。对于岛上那些惊人的能量源，威震天和霸天虎都非常兴奋。于是他们开始去那开采。可是在大都市地区却出现了时光流逝，并伴随着出现了一个巨大的，浑身长毛的怪物，而且还伴随着残忍的卫士。这引起了极大的混乱和恐慌。回到岛上，霸天虎遭到机器恐龙的攻击，但是威震天利用真恐龙把机器恐龙困住，并把它们由悬崖边赶到了焦油陷阱里去。

野蛮的斗士横跨在怪物上，再加上从老西部出来的牛仔的出现，给交通繁忙的市中心地带造成了极大的混乱。只有汽车人才有能力逼它们通过时光流逝回到原来的时空去。这种现象是由霸天虎对“失落岛”过于集中的开发所致的。汽车人赶到“失落岛”并攻击，但是很快霸天虎就占了上风。这时，机器恐龙安全地逃离，并跟真恐龙和霸天虎进行了斗争。随后使得霸天虎落荒而逃。擎天柱意识到机器恐龙已经认识到与汽车人联合的明智性了。开路先锋把岛屿围起来，并把它当作自己的势力范围永远保护它。

擎天柱发现吊车发明的太阳能塔不太实际，并且难以抵御外敌。但是在滑车的支持下，吊车公然挑衅擎天柱的意见，并继续进行塔的建设。威震天想出了一个邪恶的计划，他派挖地虎给那两位汽车人传达信息，说愿意提供能源以供建塔之用。在吊车杰出的监督之下，巨大的塔楼终于建成。接着挖地虎就变形为大力神，并很快地将吊车和滑车留住，并可耻地将他们带进了组织。正当威震天准备激活太阳能塔时，汽车人得知了消息并及时地给了大力神一击，使得他们变回了挖地虎，并驱散了他们，接着他们就跟着霸天虎一起逃跑了。后来吊车和滑车给大家找到了，尴尬的他们也得到了他们的教训。

在一次战斗中打败霸天虎后，红色警报的感知能力和他的听力都遭到了严重的损坏，而且他还得了多疑症，认为消防车很快就要取代他作为安全主管的位置了，他甚至没有通知他的伙伴们将遭到第二次攻击，也不向擎天柱解释他这样做的原因。他的多疑症越来越严重，他甚至认为擎天柱要把它解体了。于是他惊慌地出逃，红蜘蛛利用红色警报的背叛，诱使他说出超级武器的位置。当他意识到他被利用来帮助威震天抓住汽车人和他们的武器时，他感到非常震惊，于是他攻击红蜘蛛，却徒劳无功。不过在战斗中他的电路却恢复了正常，懊悔的他引爆霸天虎的临时基地，并把自己困在里面。他的牺牲帮助汽车人逃脱了，而消防车则冲进火场中去救他的伙伴——红色警报。

在一艘很久以前坠毁的太空船的坠毁的地方，霸天虎发现了在船上有一个特别的能量增强器“塞伯坦之心”仍在工作。威震天得知这个增强器能使他的能量增大几倍之后，就把这个装置装进他的身体内。为了切断这个装置，感知器利用他新发明的变形光线把自己、大黄蜂和大汉缩小，他们秘密潜入威震天的内部系统，并以高速粒子把杂质撞入威震天的体内，并直奔能量增强器。威震天正要毁掉汽车总部，就在这时，小机器人们释放了增强器，并成功逃出了威震天身体。威震天恢复了原状，宇宙飞碟把装置送入太空，接着感知器的超精确光束就在太空中把装置毁灭了。

富裕的沙恩贝格得知霸天虎企图攻击这个城市的太阳能站后，就打算抓住他们，好让自己成名。谁知汽车人却抢先击退了霸天虎，生气的贝格很快就被威震天蒙骗了，并相信他的话，认为是汽车人而不是霸天虎在威胁着地球的安全。稍后，贝格惊讶地发现汽车人在破坏一片油田，并把这一景象拍了下来交给了霸天虎。斯派克得到了那盒录象带，看了之后才发现原来录象带里的汽车人原来都是霸天虎乔装的。但是正当斯派克准备揭露真相时，他被机器狗抓住了。那盒录象带被呈上法庭，汽车人被判逐出地球。可恶的威震天在送走汽车人的飞船上做了手脚，使得汽车人踏上不归路。

在显示屏上看着汽车人的飞船越来越近太阳，并爆炸之后，威震天忍不住开心大笑起来。贝格则恰恰相反。斯派克把录影带放给市长看，并证明汽车人的无辜。但是这时，威震天却占领控制了整个城市。贝格难过地把汽车人死亡的消息告知斯派克。但谢天谢地，原来在危急之时开路先锋的巨型保护罩救了所有的汽车人。贝格认清了事实，还主动保护斯派克。斯派克普拉和切普的安全，最后的关键时刻，擎天柱带领汽车人及时赶到，并将霸天虎打得落荒而逃。最后，贝格说他已准备好要接受审判了，但汽车人以及其他人类朋友都认为他勇气可嘉。

机器恐龙开始对老是执行汽车人的命令感到厌烦，后来在一场与霸天虎的战争中差点坏了大事。于是他们逃走了。不久后，所有的汽车人都开始失常，原因是汽车人所必须的一种必要元素——塞伯坦素在快速地消散，汽车人的力量越来越弱，情况还在一直恶化。他们发现霸天虎在用太空桥运输塞伯坦素，在地球上诞生的机器恐龙用不上塞伯坦素。他们被派去阻止这次运输，机器恐龙展开了攻击，进入太空桥并被传送到塞伯坦上。可是到了塞伯坦上的机器恐龙根本不愿回到地球上。在毫无办法的情况下，斯派克和卡莉只好通过太空桥到塞伯坦去把机器恐龙和一部分塞伯坦素带回来。可当卡莉和斯派克刚踏上塞伯坦，他们就遭到了震荡波的攻击。

卡莉和斯派克避开了震荡波的攻击后遇上了飞标。飞标告诉他们，其他的机器恐龙被霸天虎捉住并被带到机械星球的塞伯坦素堆中去。他们三人排除重重困难到了古塞伯坦文明的废墟。在那他们遇到了更多的困难险阻，到最后还被霸天虎的守卫抓获。他们也被送到塞伯坦素堆去，在那他们还遇上了其他的机器恐龙，但机器恐龙现在已经成了霸天虎的奴隶了。卡莉悄悄地重组了他们，并在太空桥刚打开时带上足够的塞伯坦素离开。震荡波试图阻止他们进入太空桥，但失败了。卡莉一行人赶回地球，他们带回的塞伯坦素及时挽救了汽车人。

由于录音机在播放一场音乐会，汽车人错过了接收信息的好时机以致于让霸天虎偷走了一个强大的信息通信器装置。宇宙飞碟和收音机发现霸天虎在月球上的一个基地，威震天就把通信器安装在这个基地上，并把它的信号调得更强。就在这时他们被抓了。很快，地球上所有的无线电信号都受到干扰，接着又引发了台风、地震和海啸等自然灾害。威震天要地球上的能源储备来交换电波的正常。大力金刚带着斯派克、卡莉、滑翔机和受损的擎天柱乘坐火箭到了月球，并与威震天和大火车展开斗争。在斗争中，录音机成功地使通信器超负荷，并清除了地球上的电波干扰，另一方面，大力金刚和恢复了的擎天柱把霸天虎打得落荒而逃。

在英格兰之战中，红蜘蛛、喷气机、轰隆隆和机器狗被神奇地送到了中世纪，斯派克、滑车和战戟也尾随而至，黑骑士维真把霸天虎当作拥有神奇力量的全副武装的骑士，并招募他们来对付他的敌人红骑士亚星铃。红蜘蛛答应了，并暗地里打算自己统治这个古代世界。但是在一次比武大会中输给了汽车人后，红蜘蛛就绑架了亚星铃的女儿纽梅，并要求亚星铃向他投降以换回女儿，汽车人成功营救了纽梅。后来纽梅和维真相爱了。这促使了两大骑士的联合，最后时间旅行装置又重新把斯派克和其他变形金刚都送回了现在，而红蜘蛛必须面对的是愤怒的威震天。

巨浪在一个美丽的河谷发现了一个金礁湖。他意识到任何机器人只要拥有了这个金礁湖就会变得天下无敌。他害怕金礁湖及其周围的河谷会成为霸天虎争夺的对象，于是他决定不告诉任何人。但是很快的，霸天虎也发现了这个湖并跳入湖中，这使得他们变的刀枪不入。在接下来的一次小战斗中，霸天虎轻易地打败了汽车人。他们打败了大力金刚并抓获了感知器和浪花。为了弥补他的错失，巨浪救出了汽车人。他们和其他的汽车人在金礁湖边集合，并给他们添上金礁湖里的金漆。霸天虎又发动了攻击，但是这次他们刀枪不入的本领被证明只是暂时的，现在实力得到增强的汽车人很快就击退了霸天虎。

在土星的卫星泰坦星上发生了一场冲突，发生冲突的双方分别是高级牧师杰罗和反对派领袖塔拉利亚。宇宙飞碟击落了大火车，并降落在泰坦星上。杰罗宣布宇宙飞碟就是天神，但大火车却自称是主要的神，并且在其他霸天虎“神”的帮助下储存了泰坦星上的能源水晶体。塔拉利亚悄悄地在宇宙飞碟身上安装了一条偷听线，结果发现他跟地球上的擎天柱联系上了。擎天柱派出了大力金刚、感知器和爵士去营救宇宙飞碟，但是霸天虎抓住了塔拉利亚相要挟。在大力金刚的帮助之下，爵士和感知器解救了被邪恶的牧师压迫的当地居民，他们还揭穿了霸天虎的身份。霸天虎落荒而逃，泰坦星上于是开始建设新的文明，而宇宙飞碟也恢复并与汽车人一起回到了地球。

轮胎在一次空战中被击落，他被一街头男孩劳尔找到并修理好。劳尔原来是打算把轮胎卖给一个汽车商的，后来他们发现那是个非法汽车商，专门把偷来的汽车卖给霸天虎。霸天虎则把买来的车改造成带有起爆器的普通汽车。不久，几百辆这些机器车涌进城市并威胁着汽车人的安全。劳尔发现在改造厂有一台巨型电脑在控制了这些机器车。他和轮胎带领汽车人到达改造厂展开了斗争，并毁掉了电脑的控制板。机器车停止了工作，改造厂也被吹上了天空。稍后，劳尔与斯派克普拉及汽车人一起把那几百部偷来的汽车物归原主，他还发誓以后不再偷车了。

宇宙飞碟在一个小行星上得到了一种机器杀虫剂，用来对付机器昆虫。谁知后来他给一棵巨大的机器植物的触丝抓住并在他的船体上留下了一些发光的种子。他逃脱了束缚，并降落到了地球，但食人株很快就在他身上长了出来，并布满了整个河谷。汽车人全体出动去救宇宙飞碟，并得到了机器杀虫剂。这时，威震天警告机器昆虫不要靠近那个河谷，接着他带着霸天虎去毁灭杀虫剂。但是机器昆虫想起以前威震天经常欺骗它们，所以这次它们不相信他的警告并飞到了那个河谷。结果它们被含有机器杀虫剂的食人株抓住了，只有弹片、反冲和炸弹成功逃脱，并和霸天虎一起撤退。汽车人把这些食人株放进一艘宇宙飞船上并把它发射到一个只有机器昆虫存在的星球上。

擎天柱发现挖地虎正在挖掘地球轨道上的一颗陨石星，他联系大力金刚来帮忙。大力金刚承认他十分痛恨挖地虎，因为以前挖地虎背叛了他的友情并加入了霸天虎。擎天柱要大力金刚只身去观察挖地虎的挖掘行动。但是刚到陨石星，大力金刚就忍不住报复，他立刻攻击敌人，结果在陨石星上打开了一条很大的裂缝，接着陨石星就像鸡蛋一样裂开一两半，并孵出一个机器生物直飞往地球。这只愤怒的怪物准备攻击地球。意识到这点，擎天柱告诉大力金刚只有他才能把这只怪物引诱回到陨石星上。经过一番自我斗争后，为了地球的安全而暂时把对挖地虎的敌对感情先搁在一边。

霸天虎在一个棒球馆中间建造了一座新的太空桥，汽车人赶来营救吓坏了的观众和运动员。这时，太空桥意外地被启动了，汽车人、霸天虎以及大量能量体一起被运到了一个异国星球上。他们来到了一个外星巨人男孩阿朗的卧室里，阿朗把汽车人和霸天虎当成自己的玩具。他的父母把这些机器车带到专家那，这些科学家准备解剖这些“小型”机器车。正在这时，阿朗拿起被困的汽车人跑出了实验室，科学家们追了出去。这时霸天虎趁机逃走，回到阿朗卧室的汽车人准备利用能量光线束返回地球，但霸天虎到来并利用了这束光线。幸运的是，感知器改造了阿朗的玩具火箭船，在告别了他们的巨人朋友后，汽车人们就启程回家了。

刚逃出一个异国星球的汽车人被保时抓住了并洗了脑。保时是个赌徒，他想靠变卖汽车人来换取能量，“烟幕”幸运地逃脱了被洗脑的命运。他还帮助保时在赌场摩纳科斯做了一场好交易并得到了保时所需的能量。以此，烟幕换得了他的伙伴的自由，后来烟幕用汽车人作为担保，在赌场与贵族古可尼展开了一场赌博。结果他在赌台上输掉了一切。古可尼用汽车人来对付“毁灭谷”里的野兽。这时，救不了汽车人的烟幕和保时又遭到了古可尼的同谋者喷气机和挽歌的攻击。汽车人的资助者德肯尾随霸天虎来到了摩纳科斯。由于他的干预，霸天虎被迫逃离，汽车人因而得救，已经成了烟幕的朋友的保时也把所有的汽车人恢复了正常。

威震天发明了一种顽皮的生物叫“小精灵”，他们以能量为生，并能自由进出电力装置，使得他们变的混乱。威震天把小精灵放在汽车人总部的进口处，他打算趁着汽车人在忙着对付这些小麻烦时对一块巨大的能量磁石进行测试，这块磁石能将其目标地区的能量吸附过来。汽车人追踪小精灵到了东京，录音机尝试以自己的录音盒困住小精灵。但这些小精灵迅速繁殖，并组成了一支军队。汽车人尝试以电子铁栅引诱小精灵，但是巨型精灵的能量由于超负荷，磁石和巨型精灵都毁掉了。汽车人终于松了一口气。但是还有一些小精灵刚开始时被录音盒困住的，现在又跑了出来，于是他们又开始了一番追逐。

汽车人为了回复一个来自遥远星球的电话而降落，因而躲过了特拉坎人的攻击。特拉坎人受到邪恶的霸天虎电脑的压迫。这时，浪花爱上了霸天虎电脑防御小组的女成员阿拉娜。接下来，汽车人和霸天虎为电脑展开斗争，阿拉娜把汽车人带到了一个安全的海底城市。另一方面，浪花跳进变形金刚井中并重组自己的物质组成，变成了一个人形，以图获得阿拉娜的爱。威震天发现了海底城市，但是他由于接到霸天虎的求救信号而没有发动进攻。原来，阿拉娜给霸天虎电脑装配了新电线去攻击霸天虎，而浪花则引爆了储存的能量，被打败的霸天虎落荒而逃。特拉坎人得到了解放。对自己的人形感到失望的浪花重新恢复了机器人的形状，而阿拉娜则告诉他说哪怕他们有所不同，但她依旧爱他。

闪电、大火车和红蜘蛛联合起来，冰封了威震天并免了他的职，因为被另外两人出卖，红蜘蛛也被冰封了。于是为了争做霸天虎的领袖，闪电和大火车你争我斗起来。闪电占了一个足球场作为自己的总部，而大火车则控制了一队机车。紧接着的炮击和洪水使整个城市陷入一片混乱。在闪电的命令下，挖地虎包围了体育馆，并把汽车人引来困在里面。另一方面，由于洪水涌入地下室，威震天和红蜘蛛身上的冰融化了。他们发现霸天虎成员在为领导的位置而自相残杀，威震天制服了其他所有人。而汽车人此时也意识到了擎天柱叫大家别介入的命令是正确的了。

美军击败了一架俄军飞机，但几个汽车人却被犯罪集团的查利爵士抓获。查利是一个电子机器猎手，他想要擎天柱的作为战利品。擎天柱为了救其他伙伴，于是回应了查利的利诱，并来到查利的宅邸。在那儿他碰到了更多的障碍，到最后几乎要冲破所有障碍的时候，擎天柱中了圈套， 失手被擒机器蜘蛛黑寡妇放出的不锈钢网里。在接下来的战斗中，擎天柱设计使得黑寡妇用自己的毒牙钉住了自己的大腿，结果它给自己的毒液毒死了。至此所有的障碍装置都被毁了。擎天柱救出了汽车人，他们一起把查利送回俄国，成功地使地球免遭一场战争。

轮胎和录音机帮劳尔和他的朋友打败了一伙样貌奇怪的商人和家庭主妇。另外，挖地虎在半夜里建起的一座摩天大楼也显得十分不合适。录音机得知这一切可能都是一个新组织舞派在背后搞的鬼，于是他展开调查。轮胎潜入舞派俱乐部，即听到一种高音调的声音，接着那些舞者就像水蛇一样向他围过来。劳尔冲进来救轮胎，并发现那种刺耳的声音是由声波制造出来的。劳尔发现了克服这种声音的办法，并且解放了被催眠了的赞助人。录音机和声波展开了一场声音的斗争，并毁掉了那个俱乐部。劳尔和汽车人追踪红蜘蛛到了摩天大楼——霸天虎的新总部。轮胎呼风唤雨，接着一场暴风雨解了所有被催眠的人，接着他们把红蜘蛛和声波打得落荒而逃。

为了抓住擎天柱，威震天抓了女汽车人的领袖――擎天柱的女拍档艾丽塔。擎天柱到塞伯坦上去救艾丽塔，但他也因此被抓了。艾丽塔用自己的特殊能力帮助擎天柱免受霸天虎的破坏，但也因此失去了大部分的能量。擎天柱把艾丽塔带到了钛师傅处，他解释说只有擎天柱才能救艾丽塔，因为他们俩的线路表是相似的。至此擎天柱才明白了钛师傅的真实身份。接着，擎天柱和艾丽塔救出了尾随他到塞伯坦的其他汽车人和女汽车人，并打败了霸天虎。选择留在塞伯坦上的女汽车人们欢送他们的拍档汽车人们，并祝他们在回地球基地的路上一路顺风。

阿丝特丽亚是一个可爱但却有点蠢的年轻姑娘，她被霸天虎绑架，最后是滑翔机救了她。滑翔机发现她原来是她父亲公司董事会的主席，她还有一项特异功能，在她身边的机器都会突然坏掉，只有她知道她父亲远程能量转移的配方，于是霸天虎绑架了她，并把她带到了威震天的天空平台。纽摩斯企图强迫阿丝特丽亚说出配方，谁知却被她的特异功能害到无法工作。滑翔机飞上平台去找阿丝特丽亚，但却受到由平台制造出来的暴雨的袭击。阿丝特丽亚为了救滑翔机，把含有配方的项链扔进天空平台的机器中去使之停止工作。接着，滑翔机把她救了出来，并毁掉了霸天虎的天空平台。

在一个动作电影的拍摄现场，滑车救了一些参加汽车特技演出的司机，于是导演在工作室给他找了份工作。在一次与霸天虎进行战斗后，滑车还来不及从汽车变身回人身，他的汽车模样得到了赏识和接受。不仅如此，他的汽车人伙伴们也都在电影里出演特技汽车。就在这时，挽歌在塞伯坦上千斤顶的工作室内偷来了一批神秘的物品并经太空桥回来，谁知却失控掉到工作现场来。喷气机和冲锋寻回了挽歌和那批物品，谁知这一切意外地被电影摄制队拍摄了下来。威震天命令霸天虎要保守物品的秘密不让汽车人知道。他自己则潜入工作室去偷底片，滑车骗威震天说他已经被导演看中并能出演一部电影的主要角色，而事实上却是另一个与汽车人一起演出不太重要的角色。

对汽车人在公路上的优势感到十分沮丧的威震天偷来了几辆汽车，并把它们改造成变形金刚，命名为“飞虎队”。但是因为没有人工电脑所以飞虎队无法正常工作，因此威震天就把它们带到塞伯坦上，因为在那的一台超级电脑威托能赋予他们思考的能力。擎天柱带着汽车人以及钛师傅抢先威震天一步到达电脑威托的所在地——塞伯坦的中心。在那儿，他们碰上了威托的守卫——先驱派机器人，他们被威震天重新设置了程序并对付汽车人。汽车人逃脱先驱派的追捕，但是威震天已经启动了威托并使飞虎队有了思想，而汽车人则留在塞伯坦上对付先驱派。

由于威震天偷走了启动超级电脑威托的钥匙，钛师傅为了能给飞行太保生命只有牺牲自己与超级电脑合并。但是回到地球后的飞行太保却认为人类不值得保护并离开了汽车人之列，威震天意外地发现钥匙的秘密，这样他能把地球变成另一个钢铁塞伯坦。但擎天柱和汽车人赶到攻击霸天虎，及时阻止了威震天的计划。这时，银剑提醒弹弓他们的生存完全是汽车人给的，飞行太保终于改变了想法并赶忙帮助汽车人，但他们却碰上了由飞虎队合体组成的飞天虎，威震天带着钥匙逃上了天空去。而克服了惧高症的银剑穷追不舍，最后终于毁掉了钥匙。

银剑和弹弓正停在一个中东停机场等待修理，就在这时，他们被一群由阿里领导的阿拉伯人连同一批货物一起抢走。阿里偷飞机是为了组织自己的空军，他和威震天合作，并在被废了的王子哈森的宫殿里居住。哈森王子只有12岁，他和坏掉了的飞机成了好朋友，并帮助他们免遭暴露身份的危险。其他的飞行太保找到了银剑和弹弓的位置，并包围了哈森的宫殿救出了银剑和弹弓，但他们碰上了威震天的最新武器——长着翅膀的机器人，他们飞上天空去与飞行太保展开了最后的战斗。飞行太保组合成大无畏并击毁了那只长着翅膀的怪物，并把威震天和阿里打得落荒而逃，哈森也恢复了他王子的身份并顺理成章地住进了他的宫殿。

飞行太保上了霸天虎的当，并被威震天新的时光机送回了900万年前的塞伯坦。在那儿，飞行太保和年轻人奥利安·派克斯成了朋友，他给他们介绍了塞伯坦的黄金时代，奥利安上了年轻时候的威震天的当，告诉了他能源仓库的位置，塞伯坦上一场灾难性的内战爆发了。为了阻止威震天，奥利安差点被毁，但钛师傅把它重新组合成了新一代的变形金刚——擎天柱！年轻的擎天柱与威震天展开了斗争，而飞行太保则设置一系列的爆炸来帮忙。回到现在，汽车人启动时光机把飞行太保带回现在，汽车人们都急切的追问飞行太保想知道塞伯坦的情况，飞行太保要他们问擎天柱，因为他知道所发生的一切。

汽车人参加了尤罗芭3000汽车大赛，这是一个从伦敦到土耳其的跨洲大赛。威震天命令飞虎队把汽车人撞出比赛，因为终点线离他让挖地虎挖掘“杰胡丁之珠”的地方太近了。擎天柱被告知那颗著名的明珠原是古波斯的护身符，根据传说，它有聚集能量的威力。汽车人赢得了大赛后加速来到霸天虎的挖掘现场，结果却发现来得太晚了。霸天虎已经挖出了“杰胡丁之珠”，并已酿成大祸，造成了大气的混乱。后来一个参赛选手故意把他的车开往悬崖，并坠毁到飞天虎的脸上，整个世界才获救。“杰胡丁之珠”继而被毁灭，而汽车人也把他们获得的两千万美元奖金全部捐给了慈善机构。

通过对一个废弃在外太空的汽车人基地的调查，威震天发现了一种闪电虫，这种闪电虫能发出惊人的热量射线。但是当威震天带着这个闪电虫返回地球时，他发现自己已经满身生锈了。另一方面，感知器指导汽车人给自由女神像覆盖上他新发明的金属保护元素―超级化合物。后来，感知器被抓并被带到威震天跟前，经过他的诊断，威震天得的是宇宙锈病。威震天强迫感知器用剩下的超级化合物治好他以后，就把感染了锈病的感知器放走，企图让他回去感染其他汽车人。感知器打算复制自由女神像上的化合物来救治汽车人。但是这个计划让威震天知道了，他打算利用热能射线毁掉自由女神像。汽车人与霸天虎展开了斗争，并销毁了威震天带回来的闪电虫。汽车人不但保护了自由女神像，还从复制了化合物并回复了正常。

自从一次与威震天争夺领导地位失败后，红蜘蛛就被激光鸟丢弃在一个太平洋小岛上。他发现了一些二战中留下来的生了锈的军用船废置于此。他通过太空桥到了塞伯坦，并潜入霸天虎的监禁中心偷走了储存在那的五个犯罪人格的电脑元件，并把它们安装到那些废置了的船上，从而组成了他自己的军队----战车队。但是这些新生的霸天虎还需要吸收电路才能存活，于是红蜘蛛让他们绑架了爵士和飞过山，企图抢走他们的部件。威震天的部队和红蜘蛛的部队在一次战斗中相遇，结果大力神不敌战车队的组合混天豹。在混天豹离开之前，红蜘蛛一直都占了上风。混天豹飞走的时候用掉了最后的能量，最后坠回地面。威震天把红蜘蛛和战车队永远逐出地球，同时，汽车人也救出了他们的伙伴。

战车队被放逐到宇宙中的一颗小行星上，接着他们来到塞伯坦上并打败了震荡波。为了毁掉威震天，他们用太空桥把地球送往太阳。红蜘蛛通过控制战车队又重新控制了地球。他威胁威震天交出霸天虎的领导权，否则就要毁灭地球。随着地球越来越靠近太阳，汽车人和霸天虎决定联手阻止红蜘蛛和战车队。擎天柱和威震天在塞伯坦上联手打败了混天豹，并在红蜘蛛的帮助下拿到了安全密码并扭转了地球的运行方向。大家原谅了红蜘蛛并决定在返回地球之前毁掉混天豹。但是这时，威震天却又作出了愚弄擎天柱的事情，他竟然想重设混天豹和战车队的程序并使之成为霸天虎的新成员。

汽车人抓住了飞虎队，发现他们在为威震天的一个装置搜集配件。于是他们伪装成飞虎队潜入霸天虎总部去看威震天在搞什么鬼。在出发前，擎天柱命令汽车人不准尾随他们五个，并且用严格的无线电来保护他们的伪装。当伪装的汽车人的来到一个火山口并把配件交给威震天时，他们看到了一个奇怪而庞大的装置。这个时候，飞虎队击败守卫并逃出了汽车人总部。威震天把他的新武器对准了擎天柱和他的伙伴，其他的汽车人赶到出事地点。趁着威震天分神的时候，擎天柱扣发了武器的扳机让它自我毁灭。擎天柱后来还说多亏其他汽车人违背他的命令跟了来，但是只此一次，下不为例。

诈骗因为无法工作而离开了战车队，他把战车队的一些旧零件卖给了黑市。这一举动威胁到了威震天要把月球撞偏轨道的计划。诈骗被命令去收回或销毁那些零件。这时，有三名中学生被分配到任务，为学校的科学展装配一个机器人。于是他们从废弃堆积场捡来配件并组装了一个机器人，他们给他命名为“胖娃”。他们给胖娃装上吵闹的性格组件--高压电路箱。刚装好，胖娃就开始横冲直撞并跑开了。担心的孩子们给汽车人打电话求救，谁知却让诈骗抢先一步找到胖娃。他抢走了配件后就跑掉了。就在汽车人追逐诈骗的时候，那几个小孩利用胖娃身上的声音合成器探测到威震天的声音，从而知道了威震天的计划。在汽车人和霸天虎的战斗中，那几个孩子引导胖娃牺牲自己去消灭霸天虎对准月球的镭射光。

正当汽车人在庆贺他们取得大战的时候，他们受到了神秘的邪恶力量的攻击。究竟那些攻击者是什么人？他们有什么企图？

自从得知霸天虎不是近来连串攻击时间的主谋后，汽车人决心要找出个究竟来。咨询过母体电脑以后，补天士得出了一个惊人的结论：这很可能是所有变形金刚的末日。

在邪恶的五面怪几乎要被汽车人毁掉的时候，他和霸天虎组成了一个黑暗联盟。这回，汽车人被困在他们的两个死敌之间了。

补天士发现了五面怪的真实性质，这是个惊人的发现。但是这已经太迟了，因为霸天虎正在攻击地球和塞伯坦。

大战在蔓延，罗嗦和转轮必须完成一个艰巨的任务，否则地球就会陷落。另一方面，汽车人必须阻止狂暴的霸天虎，否则塞伯坦就会落入到五面怪的手中。

开始时，这只是一场试验，但后来却演变成了一场残酷的生存战。通天晓、五面怪、沙蒂肯、营救车和狂飙五个一起被困在了一艘有故障的太空船上。他们正一步一步地走向死亡…然而，逃生舱只能容下一个人，这时，他们该怎么办呢？

大家都知道汽车人杯子喜欢讲他的战争故事。但是，有一个故事是他不会讲的---那就是关于怪物浑沌怪的故事。在杯子正当年轻力壮的时候，他在与浑沌怪的一站中落败而逃。现在，几个世纪过去了，他必须再次面对浑沌怪。

擎天柱从坟墓里回来再次领导汽车人了----补天士再高兴不过了。他将母体电脑交还给这位恩师。不幸的是，现在的擎天柱已经不是以前的那个了。他那迟钝的身躯被五面怪重编了程序。他把汽车人引到了一个非常危险的处境。当这个可怕的阴谋被识破后，热破要面对他生命中最让他为难的战斗---一边是他以前恩师的生死，一边是塞伯坦和所有汽车人的命运，两边都那么叫人为难。

五面怪正在着手一项改变历史的计划。他们打开了一扇岁月之窗回到了塞伯坦的过去，并绑架了机器人A-3，而且把它带到了现在。当时，机器人A-3领导了一场反抗五面怪的叛变。五面怪想着如果没了领袖就不会有叛乱，那样时光的大潮里面就只有五面怪的存在，于是他们又可以再次成为塞伯坦的统治者了。然而，汽车人发现了他们的计划并对岁月之窗发动了攻击，结果却产生了混乱的效果。一些现代的汽车人被困在了过去，而叛变的领袖又被困在了现在。这个时间和空间相互交错的架构正在面临着崩溃的危险。

狂飙和清除机在追逐毒气弹的时候进入了塞伯坦的中心，在那里他们碰上了一位不速之客----红蜘蛛的鬼魂。红蜘蛛控制了狂飙。为了报复，他打算与惊破天合作，重建他的势力。

自从在汽车人之城被打败之后，铁甲龙就一直藏身在邪恶的卡波恩共和国。这个国家一直都在受到边界的保护，并有着一个富有同情心的统治者----阿布都法迪卡。在伏特诺思消失后，地球的权利就陷入了一片混乱中去。当塔玛哈被绑架后，汽车人就开始怀疑铁甲龙是铁甲龙干的了。后来，克姆林被找到，大家就更加肯定是铁甲龙在搞鬼……但是他们如何证明得了这一切呢？

转轮和丹尼尔为了给通天晓一个意外的生日晚会，不惜冒着被霸天虎抓住的危险而行动。

钢锁和丹尼尔被意外地送到了一个只有巫师和鼓吹斗争的人存在的地方。在那儿，根本就没有人相信科学。通天晓、卡莉和录音机赶去营救他们----但是他们能及时赶到吗？

五面怪发明了一种能够使人类的噩梦变成现实的机器。这很可能会毁掉汽车人和霸天虎。突然，变形金刚们发现他们正处在一个奇怪的“噩梦星球”上。在这里他们碰上了许多恶魔、怪物、扭曲了的变形金刚以及神话里害人的角色。这时，补天士才发现这些都是出现在丹尼尔噩梦里面的事物。现在汽车人必须马上想办法救丹尼尔，否则太迟了。

红蜘蛛又回来了，这回他是上了瘟疫的身，后来他和联合派的首领达成一项交易。联合派答应狡猾的红蜘蛛，只要他帮他们做三项工作，就把他的旧身躯给回他。红蜘蛛很快就答应了，但很快他就知道了联合派隐藏了的动机了。

在一次与汽车人的斗争中，惊破天脾气失控，并把他的愤怒发向霸天虎。汽车人轻易地取得了这场斗争的胜利。然而在霸天虎的内部却出现了分歧----到底惊破天是否适合领导他们。为了阻止叛乱的发生，狂飙接受五面怪的建议，将惊破天带到疗养院。在那儿惊破天受创的电路可能得到治疗，他的稳定性才有可能恢复。但是这个治疗也有可能发生危险，因为“蛛网”有可能会“吃掉”惊破天的电子智能----但如果治疗成功的话，惊破天就能经历他人生中最辉煌的一刻。

由于霸天虎造成的一场意外，汽车人和霸天虎紧急降落在一个星球上。在这里，所有的居民都是用音乐来沟通的。然而，如果一些语言的调波混合在一起的话，所组成的旋律能使星球爆成质子。声波录到了这种音调的两部分。于是，汽车人必须在通天晓的带领下，阻止惊破天和他的霸天虎找到这种旋律的第三部分。

五面怪的日志又出现了，这次是在一个丛林密布的星球上的一个几乎完全封闭的环境中，汽车人和霸天虎争先恐后地要得到其中的关键元素，并要把其中所含的有用信息付诸使用。

犹豫急救员把猛大帅的钝齿轮弄丢了，于是他离开了机器卫兵之列。在霸天虎之城日渐强大的威胁下，无助的汽车人之城正面临着毁灭的危险。现在就只剩下通天晓和受损的守护神两个在保护着汽车人之城的安危了。

五面怪发现他们很久以前遗失在太空中的商业交易记录现在落在了尊奇派（Junkion）的一个废料山中。当然，尊奇派（Junkions）不会心甘情愿地把东西交还给他们。于是五面怪使用奸计把东西拿了回来。他们干扰了尊奇派（Junkions）的广播频道，利用一个电视形象在电视频道上胡言乱语，并领导了一场“清洁圣战运动”。这个办法很奏效。尊奇派（Junkions）马上就开始清理他们的世界----无论是物质上的还是思想上的都要进行清洁运动。

很久以前，汽车人逃离塞伯坦并建造了一个与最好时候的塞伯坦一模一样的机械星球。现在，霸天虎发现了这个星球并侵占了它，汽车人必须在这个星球变成霸天虎永久的堡垒之前毁掉它。

由于五面怪的愚弄，惊破天和霸天虎把“能量吸血鬼”----居住者从塞伯坦的深处放走了。现在只能靠汽车人去阻止居住者把所有的变形金刚都变成还魂尸，他们最后还要把塞伯坦变成一个威力尽失的死寂的世界。

补天士、通天晓、弹簧和阿尔茜的思想被一个歹徒困在了人工躯体里面。这个歹徒是和霸天虎勾结在一起，并受霸天虎的指使而来的。汽车人们能找到并变回他们原来的机器形体，并且给予霸天虎的一击吗？

一场意外使机器恐龙钢锁变成了一个超级天才。现在他成了汽车人对付霸天虎最新计划的唯一希望。天才钢锁究竟会想出怎样的办法来对付霸天虎呢？那些惊人的科技机器人又究竟是些什么人呢？

“金钱是万能的”是自由商德玛纳斯的座右铭。他不仅仅一次把科技机器人卖给五面怪，并想以此来证明他的座右铭……但是他这样做证明得了吗？

机器恐龙、森林派、和恐怖派在一场生死战中遗弃了他们的伙伴----变形金刚。那神秘的“至尊太君”到底是谁？又有什么东西能阻止拖泥派（Tornedron）清除银河系呢?

五千年前，五面怪把砸漠金锁在了太空经纬线里，并使它们和宇宙的其它部分孤立起来。现在那个太空经纬线被补天士、罗嗦、通天晓和感知器破坏了。于是，五面怪最惧怕的力量逃了出来。

霸天虎偷走了汽车人的母体电脑，补天士----现在又变成了得过且过的热破了----并不想把它要回来。他会放弃他的汽车人伙伴吗？还是负担起命运赋予他的重任呢？

科学家们发现一场外星瘟疫能使变形金刚在战斗中自我残杀。这无疑会导致汽车人和霸天虎的共同灭亡。现在只有一个人可以救大家。那就是已经死去了的擎天柱。

瘟疫很快就传遍了整个地球，许多机器人和人类都被感染上了。但是还有一小部分汽车人、霸天虎和五面怪暂时没受感染。他们一起合作使已经死去了的汽车人领袖擎天柱复活。复活后的擎天柱马上投入到与死神的搏斗中去…他能及时成功吗？

惊破天纠合新力军进攻塞伯坦，热破与部分变形金刚流落到头领行星。

丹尼尔和四个星云与五个汽车人一起与蜂人作战，但是蜂人决定对一群霸天虎采取类似的行动。擎天柱前往魔力神球找出失踪的汽车人的下落，并遇到一张老面孔，了解答案并确定必须采取的措施。

两派分别与当地居民结合，新生的头领战士和目标战士加入战斗。惊破天与ZARAK合作，启动了巨型基地——撒克巨人，随后巨无霸基地在人类斯派克指挥下也赶赴战场，霸天虎和撒克巨人战败逃往宇宙深处……