讲述的是弘濑琢磨小时经历了与母亲的死别，心里受到了很深的伤害。为了疗养，他转学到了亡母乡下的学校，在那里，他遇到了三位少女……顽固地避开与他人接触的小日向速美；很照顾人但有些冒失的班长神乐日向；还有自称是“时间所发出的声音的精灵”的音羽。另外还有爱捉弄人的田端由衣；开朗的八云浜诗等，经过与这些新朋友的相识，琢磨克服了自己内心的伤痕，融入到转校后的生活中去，但是……在这个小社会中，有着琢磨所不知道的秘密。当琢磨宣告告别少年时代时，就是向着大人的阶段前进了一步。但这个过程无比地严酷，避无可避的战斗连续发生…

あの日のあなたが此処にいる。青春よりも純粋で、純愛よりも残酷なひと夏の思春期グラフィティ。幼少期に母親と死別して以来、心に傷を負った少年 弘瀬琢磨。療養の為、亡き母の郷里に転校してきた彼は、そこで三人の少女に出会う。光が死んだあの夏。僕らは限りなく透明な少女たちに出遭った。