Het lek wordt ontdekt. Het blijkt te gaan om topambtenaar Frederik Swager, die kort na deze ontmaskering wordt vermoord en waarbij dit perfect als zelfmoord wordt voorgesteld. Het proces tegen de overgebleven Scylla-topmensen gaat van start, maar loopt niet volgens plan. Suurbier, een uitvoerende kracht van Scylla en onder andere de moordenaar van Paul Rieding, verklaart tegenover de rechter dat de doodgeschoten Johan Faber het grote brein achter de organisatie was en dat de rol van Gerard Ruysdael veel kleiner was dan iedereen dacht. Het officiële bewijs tegen Ruysdael wordt hierdoor wel erg mager. De unit weet dat Suurbier's verklaring niet klopt en zoekt koortsachtig naar nieuwe getuigen. Vreemd genoeg worden de rechercheurs op alle fronten tegengewerkt. Als er eindelijk een sterke kroongetuige wordt gevonden tegen Ruysdael wordt er een aanslag gepleegd op het politiebureau waar de unit onderdak heeft. Daarbij komen twee mensen om, onder wie de kroongetuige. Ruysdael wordt vrijgesproken en na een verdachte banktransactie vermoord. Dan wordt duidelijk dat er sprake moet zijn van een nog veel grotere organisatie, naast of zelfs boven Scylla. Speurwerk brengt de unit op het spoor van Phoenix, een organisatie die zich onder mee bezighoudt met de smokkel van uranium. Ruysdael bezat waardevolle papieren die deze smokkel mogelijk moest maken. Ook komt er een merkwaardige deal aan het licht tussen Scylla, Phoenix en drie topmensen van justitie. De uraniumsmokkel wordt opgelost, maar er is onvoldoende bewijs om de top van Phoenix achter de tralies te krijgen. De mensen achter Phoenix, Jacques Koops, Irina Breitner en bankier Jeremy Cornwell, blijken belangen te hebben in zo'n zestig bedrijven en instanties, zowel onder- als bovengronds. Dan wordt van hogerhand besloten dat de unit het onderzoek moet staken.

Seizoen 2 loopt van september 1997 tot en met december en telt 13 afleveringen.