It's now C.E. 73 and three of ZAFT's newest mobile suits are stolen. During the highjacking, Cagalli, now Orb's head of state, and Athrun, now her bodyguard, are meeting with ZAFT's new head honcho.

C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员——史黛拉·露歇，但双方并不知道彼此的真实身份。就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。

地球聯合軍和札夫特軍在雙方均傷亡慘重的二次雅金・杜維攻防戰一役後，於尤尼烏斯七號的遺跡締結了停戰條約，然而此舉仍無從撲滅自然人和調整者之間的爭鬥火種。 C.E.73年10月。在化名為亞歷士．迪諾的阿斯蘭・薩拉陪同下，卡佳里・由拉・阿斯哈以歐普代表首長身分造訪了在L4新設置的札夫特PLANT「軍械庫一號」。有鑑於雙方陣營再次出現不穩定的情勢，因此她們前往該處與最高評議會的會長吉伯特・杜蘭朵進行極機密會談。 此時突然警報大作！ 一個神秘組織鎖定了新造船艦「智慧女神號」的下水典禮展開破壞活動，更趁亂搶奪了即將出廠的新型MS「鋼彈」。 面對再次燃起的戰火，卡佳里感到混亂不已。在一片爆炸煙霧中，阿斯蘭為了保護她而搭乘了MS「薩克戰士」，力抗被敵方奪走的混沌鋼彈、蓋亞鋼彈，以及深淵鋼彈。可是由於寡不敵眾，加上敵方機體的性能遠勝於己，二人因此陷入了絕境！ 在千鈞一髮之際，一架新型MS介入其中。 那架機體正是由真・飛鳥駕駛的脈衝鋼彈。

C.E.73 年 10 月 2 日，奧布聯邦酋長國首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈來到 L4 的殖民衞星阿莫利萬，決定與 PLANT 的杜朗達爾議長舉行機密會談，與其同行的還有隱姓埋名的亞斯蘭·察拉 / 沙拿；而就在同一個地方，ZAFT 軍的新型戰艦“密涅瓦號”的入水儀式也即將進行。一派輕鬆的氣氛下，“密涅瓦號”所屬的真也與同事尤蘭等人上街閒逛，並偶遇秘密潛入阿莫利萬的地球連合軍特務部隊所屬成員——史黛拉·露歇，但雙方並不知道彼此的真實身份。就在入水儀式即將舉行的時候，阿莫利萬的 MS 格納庫遭到了地球連合軍特務部隊的突然襲擊，ZAFT 軍所開發的三架最新型高達也被奪走。ZAFT 的 MS 部隊損失慘重，而卡嘉莉和亞斯蘭也陷入危險之中。就在這危急時刻，飛鳥真駕駛劍裝備型脈動高達擋在三架高達的面前。

En EC 71, Shinn a perdu ses parents et sa petite sœur de façon atroce sur l’île d’Onogoro, lors de l’affrontement entre Orb et l’Alliance Terrienne. Deux ans plus tard, le jeune garçon travaille à Armory 1, sur les PLANT, lieu où Cagalli Yula Athha a justement rendez-vous avec le président Durandal.

地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。

　Ｃ．Ｅ．７３・１０。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴ってＬ４に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。

その時、突如鳴り響く警報！

　新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。

再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のＭＳ「ザクウォーリア」に乗り込み奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！

絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型ＭＳ。

その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。

막대한 희생을 낳은 지구연합-자프트 간의 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 정전 조약이 체결되었지만, 두 세력 사이에는 여전히 불안한 분위기가 감돌고 있다. 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트 최고평의회 의장, 길버트 듀랜달과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 ‘아모리 원’을 방문하는데… 그때 갑자기 울리는 경보! 신형 MS 건담을 강탈당한다.

No ano 72 da Era Cósmica, o Tratado de Junius encerrou a hostilidade entre ZAFT e a Aliança da Terra. O tratado proíbe o uso de armas nucleares e limitam o uso de forças armadas de ambos os lados. No entanto, ainda há tensão entre Coordinators e Naturals, e a paz continua sendo frágil.

Tres Gundams de ZAFT son robados. Cagalli y Athrun se reúnen con el nuevo líder de ZAFT.