Cagalli, though grief striken with her father's death, confronts Kira with a mysterious photograph given to her by Lord Uzumi, of a woman with two infants and Kira and Cagalli's names written on the back. On a PLANT, Lacus is still on the run for treason, but broadcasts messages to counter PLANT Supreme Council Chairman Patrick Zala's propaganda. She soon discovers that her father has been assassinated by Patrick Zala.

草薙号和大天使号到达宇宙，前者已顺利完成对接，机组人员为了进行补给和整备，前住因战乱而变成废墟的L4殖民卫星群。

与此同时，拉克丝继续进行秘密反抗活动，向PLANT的市民进行地下广播，影响力之大，就连萨拉议长也感到棘手，并出动MP搜索她的下落，却空手而回。

另一方面，地球上，联合军虽然没能成功夺取奥布的质量加速器，但却夺回了维多利亚基地，开通前往宇宙的途径。击破札夫特军MS部队的地球军乘胜追击，开始将以新型MS部队为主的物资，通过质量加速器逐一射上太空，准备展开大规模侵略作战。阿兹拉埃尔凭着手上三台高达的作战记录，发现自由高达和正义高达拥有的非凡动力的秘密，于是计划将其夺走。

身处大天使号的阿斯兰，坚定了自己的意志，为了问出父亲的真正心意，决定只身前往PLANT。

草薙號和大天使號到達宇宙，前者已順利完成對接，機組人員為了進行補給和整備，前住因戰亂而變成廢墟的 L4 殖民衞星羣。

與此同時，莉古絲繼續進行秘密反抗活動，向 PLANT 的市民進行地下廣播，影響力之大，就聯薩拉議長也感到棘手，並出動 MP 搜索她的下落，卻空手而回。

另一方面，地球上，聯邦軍雖然沒能成功奪取奧布的質量加速器，但卻奪回了維多利亞基地，開通前往宇宙的途徑。擊破札多軍軍 MS 部隊的地球軍乘勝追擊，開始將以新型 MS 部隊為主的物資，通過質量加速器逐一射上太空，準備展開大規模侵略作戰。阿茲拉埃爾憑著手上三台高達的作戰記錄，發現自由高達和正義高達擁有的非凡動力的秘密，於是計劃將其奪走。

身處大天使號的亞斯蘭，堅定了自己的意志，為了問出父親的真正心意，決定隻身前往 PLANT。

Alors que le Kusanagi est enfin opérationnel, Kira et Asran tentent de consoler une Cagalli minée par le chagrin et encore sous le choc des révélations que lui a faites son père. Pressé par Mu, Asran confirme son intention de combattre aux côtés de Kira et de ses amis. Pendant ce temps, sur les PLANT, Lacus continue d'organiser la résistance.

Cagalli, die über den Tod ihres Vaters trauert, konfrontiert Kira mit einem mysteriösen Foto, das ihr von Lord Uzumi gegeben wurde und eine Frau mit zwei Kleinkindern zeigt, auf deren Rückseite die Namen von Kira und Cagalli stehen. Auf einer PLANT ist Lacus immer noch wegen Verrats auf der Flucht, sendet aber Botschaften, um der Propaganda des Vorsitzenden des Obersten Rates der PLANT, Patrick Zala, entgegenzuwirken. Bald findet sie heraus, dass ihr Vater von Patrick Zala ermordet wurde. In der Zwischenzeit trifft Muruta Azrael Vorbereitungen, um in den Weltraum zu fliegen und die Freedom or Justice zu kapern, da er vermutet, dass sie ein wertvolles Geheimnis hüten, während der ehemalige CCO der Archangel Natarle Badgiruel einen neuen Auftrag erhält.

宇宙に飛び立ったクサナギとアークエンジェル。クサナギのドッキングも完了し、クルーたちはまず補給と整備のために、戦乱で廃墟と化したＬ４コロニー群へ進路をとる。

その頃プラントではラクスが全市民に向け、地下放送による抵抗活動を密かに続けていた。その影響力にザラ議長も手を焼き、行方を追うＭＰの捜索は全て空回りに終わっていた。

一方地球では、オーブでのマスドライバー奪取に失敗した地球軍が、ビクトリア基地を奪還。宇宙へ上がる手段を手に入れることに成功していた。ザフトＭＳ部隊を破った地球軍の勢いは宇宙へと向けられ、新型ＭＳ部隊を中核に物資をマスドライバーで次々に打ち上げて大侵攻作戦を始めようとしていた。アズラエルは手駒の３機のガンダムとの戦闘記録から、フリーダムとジャスティスの尋常ではない動力の秘密に気付き、それを手に入れようと画策する。

そしてアークエンジェルにいたアスランは、己の決意を固め父に真意を問うため、単身でプラントへと飛び立とうとしていた…。

우주로 날아오른 아크엔젤과 쿠사나기는 함 정비를 위해 L4 콜로니군으로 향한다. 같은 무렵, 플랜트에서는 지하 방송을 통한 라크스의 저항 연설로 인해 수색에 난항을 겪게 되는데… 한편, 지구에서는 프리덤과 저스티스에 대한 의문을 품게 된 아즈라엘이 두 기체에 대한 정보를 얻기 위해 음모를 꾸미기 시작한다.

Na base na cratera de Ptolomeu a Lua, Dominion, outra nave de classe Archangel, é posta em órbita e faz uma simulação de combate. A cadeira de capitão é ocupada pela tenente Natarle Badgiruel.

Cagalli, afligida por la muerte de su padre, muestra una fotografía misteriosa a Kira. Lacus, en fuga, descubre que su padre fue asesinado.