ZAFT is able to steal four of the five G-Project prototype mobile suits, leaving only the GAT-X105 Strike. With Murrue Ramius unable to pilot it effectively, Kira pilots the Strike and defends Heliopolis against the invading ZAFT forces to protect his friends. Ensign Natarle Badgiruel takes command of the new mobile assault ship Archangel with the surviving crew members.

熊熊大火中，阿斯兰夺走剩下的MS神盾高达后逃走。这时基拉和玛硫已坐上强袭高达，勉强从崩坍的工厂中逃出。然而札夫特军的MS基恩已经驻扎在外面，负伤加上根本不会驾驶的玛硫无法操纵高达。在这千钧一发之际，基拉代替玛硫操纵高达。他极速修改了高达的OS，解放强袭高达的潜能，以压倒性的力量击败基恩。虽然基拉和朋友逃过一劫，却因知悉军方机密，而被玛硫拘留。尽管他们曾尝试反抗，但最终被迫服从。

与此同时，由于基恩被破坏，克鲁泽也开始采取行动，察觉到这事的穆，也前往赫利奥波利斯，两机在战场相遇交战，闯进了太空殖民地的内部。

另一方面，娜塔尔等人被困在爆炸后的矿山区中，他们聚集幸存的人启动大天使号。太空殖民地传出诡异的鸣动声。期间，克鲁泽操控的MS席古，与强袭高达展开激战。被身经百战的克鲁泽耍得团团转的基拉，虽然有穆的支援，也无法改变形势。在这个节骨眼上，大天使号冲破岩壁，强势登场！

熊熊大火中，亞斯蘭奪走剩下的 MS 神盾高達後逃走。這時基拉和瑪硫已坐上強襲高達，勉強從崩坍的工廠中逃出。然而札多軍軍的 MS 基恩已經駐紮在外面，負傷加上根本不會駕駛的瑪硫無法操縱高達。在這千鈞一髮之際，基拉代替瑪硫操縱高達。他極速修改了高達的 OS，解放強襲高達的潛能，以壓倒性的力量擊敗基恩。雖然基拉和朋友逃過一劫，卻因知悉軍方機密，而被瑪硫拘留。儘管他們曾嘗試反抗，但最終被迫服從。

與此同時，由於基恩被破壞，古魯謝也開始採取行動，察覺到這事的穆，也前往赫利奧波利斯，兩機在戰場相遇交戰，闖進了太空殖民地的內部。

另一方面，娜塔爾等人被困在爆炸後的礦山區中，他們聚集倖存的人啟動大天使號。太空殖民地傳出詭異的鳴動聲。期間，古魯謝操控的 MS 席古，與強襲高達展開激戰。被身經百戰的古魯謝耍得團團轉的基拉，雖然有穆的支援，也無法改變形勢。在這個節骨眼上，大天使號衝破巖壁，強勢登場！

Grâce à ses capacités de Coordinateur, Kira est parvenu à maîtriser le Strike Gundam et à repousser l'attaque du Ginn de ZAFT. Pendant ce temps, le sous-lieutenant Bajirule fait décoller l'Archangel, tandis que le capitaine La Fraga est lui aux prises avec le commandant Le Creuset, qui dirige l'opération de ZAFT...

Die Jugendlichen haben ein streng gehütetes Militärgeheimnis gesehen, weshalb sie nun nicht mehr so leicht davonkommen.

巻き上がる炎の中、アスランは残されたＭＳイージスを奪取し、脱出する。キラとマリューもストライクに乗り込んだ。吹き飛ぶ工場から、からくも脱出するストライク。しかしそこにはザフトのＭＳジンが待ち受けていた！　負傷したうえ、パイロットですらないマリューに、ガンダムを操る事はできない。絶体絶命のピンチに陥った時、キラが操縦を代わった。凄まじい早さでガンダムのＯＳを修正するキラ。潜在能力を解放されたストライクは、圧倒的な力でジンを撃破した。難を逃れたキラと友人たちだが、軍の機密を知ったとして、彼らはマリューに拘束される。反発するも従わざるを得ない。

同じ頃、ジンの破壊を受けラウも行動を起こす。それを察知したムウもヘリオポリスへ。戦場で出会った２機は交戦しながら、コロニー内部に突入した。

　一方、爆破された鉱山区に閉じ込められたナタルたちは、残された数人とアークエンジェルを起動させる。不気味な鳴動を始めたヘリオポリス。その中で、ラウの操るＭＳシグーとストライクガンダムの戦いが始まった。百戦錬磨のラウに翻弄されるキラ。ムウも援護をするが形勢は変わらない。あわや、というその時、岩壁を突き破りアークエンジェルがその威容を現した！

절체절명의 위기 속에서 진을 격파해 내는 키라. 하지만 군사 기밀에 접근한 것을 이유로 키라와 친구들은 마류에게 구속당하고 만다. 한편 크루제는 클로니 내부로 돌진하고… 크루제와 스트라이크의 격렬한 전투 속 마침내 아크엔젤이 그 위용을 드러낸다.

Em meio às chamas, Athrun rouba o último Gundam, MS Aegis, e foge. Kira e Murrue também entram no Strike Gundam e fogem por pouco da explosão da fábrica. Mas tem um GINN da ZAFT os aguardando!

ZAFT roba prototipos de trajes móviles, dejando solo al GAT-X105 Strike, que Kira debe pilotar para defender Heliopolis.