The Archangel and its allies are now humanity's last hope to prevent Durandal from carrying out his Destiny Plan. Once again, a fierce battle begins around the Requiem cannon and its relay stations, and the Gundam pilots meet in a final confrontation over the lunar surface. Shinn against Athrun, Kira against Rey, Archangel against Minerva... In the end, there can be only one victor.

Extended cut of SEED Destiny's series finale released as an OVA.

惨烈的战斗仍在继续，密涅瓦号受到了大天使号的近距离直击，并被无限正义高达破坏了主推进器，被迫坠落至月面。新创世纪再度发射，镇魂曲也将目标设定为奥布。万分危急的时刻，阿斯兰和穆强行突入镇魂曲内部将其破坏，基拉也开始使用流星系统重创弥赛亚要塞。　　真从昏迷中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，失去信念依托的他在露娜玛丽亚的怀里痛哭不已。基拉独身一人进入弥赛亚要塞的指挥部，在那里等待着他的正是杜朗达尔。就在持枪相向的两人以各自的理念发生激烈碰撞的时候，雷和塔丽亚也先后来到了这里。枪声响起，杜朗达尔倒了下去，然而开枪的却是被基拉的话所打动而不愿没有明天的雷……塔丽亚让基拉迅速撤出即将爆炸的弥赛亚要塞，自己则留下来陪伴杜朗达尔和雷。　　在众人的注视下，弥赛亚要塞永远地消失了；宇宙中满目间只剩下无数的残骸，仿佛在诉说着什么……

慘烈的戰鬥仍在繼續，密涅瓦號受到了大天使號的近距離直擊，並被無限正義高達破壞了主推進器，被迫墜落至月面。新創世紀再度發射，鎮魂曲也將目標設定為奧布。萬分危急的時刻，亞斯蘭和穆強行突入鎮魂曲內部將其破壞，基拉也開始使用流星系統重創彌賽亞要塞。

真從昏迷中醒來，所見的卻是鎮魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞要塞，失去信念依託的他在露娜瑪麗亞的懷裏痛哭不已。基拉獨身一人進入彌賽亞要塞的指揮部，在那裏等待著他的正是杜朗達爾。就在持槍相向的兩人以各自的理念發生激烈碰撞的時候，雷和塔麗亞也先後來到了這裏。槍聲響起，杜朗達爾倒了下去，然而開槍的卻是被基拉的話所打動而不願沒有明天的雷……塔麗亞讓基拉迅速撤出即將爆炸的彌賽亞要塞，自己則留下來陪伴杜朗達爾和雷。

在眾人的注視下，彌賽亞要塞永遠地消失了；宇宙中滿目間只剩下無數的殘骸，彷彿在訴説著什麼……

アスランはアークエンジェルの加勢に回ると、ミネルバをも撃退した。半壊したデスティニーは月面へ墜ち、航行不能となったミネルバも月への不時着を余儀なくされる。意識を取り戻したシンは子供のように泣き始め、そんな彼をルナマリアは優しく抱きしめるのだった。

同じ頃、クルーゼを名乗りながらキラに肉薄したレイも、隙を突かれて敗北していた。デスティニーとレジェンドを失ったデュランダルは、レクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させる…が、ネオとアスランの活躍によってレクイエムは火柱を上げ、最悪の事態は未然に防がれた。ミーティアを装備したストライクフリーダムが、ついにメサイアのシールドシステムを破壊。続く一斉攻撃によって、ようやくメサイアは沈黙する。駆けつけたタリアが見守る中、半壊した司令室で、銃を手に対峙するデュランダルとキラ。そして、密かにキラを狙撃しようとするレイ…。が、キラの言葉に胸打たれたレイは、反射的にデュランダルを撃ってしまう。瀕死のデュランダルに駆け寄ったタリアは、キラに脱出するよう告げると、レイを傍らに呼び寄せた。親子のように身を寄せ合う3人と共に、燃え尽き消滅するメサイア――。その光を見つめながら、生き延びた者たちは混迷の未来へと思いを馳せる。

미네르바와 데스티니, 레전드를 모두 잃게 된 듀랜달. 그는 레퀴엠을 기동시키지만 이내 네오와 아스란의 활약으로 저지당하고 만다. 마침내 메사이어의 실드를 파괴하는 데에 성공한 스트라이크 프리덤. 반파된 사령실 안, 그들의 마지막 대치가 시작된다.