Eizan Kaburagi and his friends experience their first year at a ninja school, where they learn only the finest forms of education there are… such as how to pass through walls, disappear into clouds of smoke and fly over rooftops.

Shuriken School is geen gewone school. Naast de gebruikelijke wiskunde en Engelse lessen, leren Eizan Kaburaji en zijn vriendjes hier hoe ze een Ninja worden. Op deze school krijgen ze les in de vechtkunst Ninjitsu en leren ze de kunst van verdwijnen in rook, vliegensvlug bewegen en tegen muren oplopen. Maar terwijl ze studeren moeten ze ook de geheime gangen van de school zien te vinden, de mysterieuze legendes oplossen en hun tienertijd overleven. Op Shuriken School valt dus altijd wel wat te beleven!

Une école de ninjas, nommée Shuriken School, est rivale de l'école Katana. La série raconte les aventures de trois de ses élèves : Eizan, Okuni et Jimmy, défendant leur école face aux différents problèmes que celle-ci rencontre.