크루즈 가족의 눈앞에 얼음인간이 떨어진다. 얼음을 녹여 보니 나온 건 다름아닌 그랜의 옛 남자 친구 흐웸. 흐웸과 함께 못다한 모험을 떠나려던 그랜은 결국 소중한 가족 곁에 남기로 한다.

그러그가 가이를 좋아하길 바라는 이프는 다함께 사냥을 떠나기 위해 거짓말을 꾸며내지만 결국 모든 게 들통난다. 가이의 진심을 알게 된 그러그는 마음을 열어보기로 한다.

신세를 지면 무조건 갚는 것이 베터맨 가족의 전통이다. 목숨을 구해 준 그러그에게 빚을 갚으려다 지친 호프는 그러그를 위기에 빠뜨린 다음 구해 줄 계획을 세운다. 하지만 두 사람은 결국 그랜에게 신세를 지고 만다.

온 가족이 자신의 조각품보다 호프의 요리에 환호하는 것을 본 어가는 요리로 가족들의 관심을 끌기 위해 애쓴다. 형편없는 실력으로 직접 요리를 하는 대신 주먹 원숭이들의 요리를 얻어오기로 한 어가는 거짓으로 실력을 인정받기에 이른다.

우연히 엄마의 방에서 예쁜 조개껍데기 팔찌를 발견한 던은 엄마의 허락을 받고 팔찌를 빌리는 데 성공한다. 하지만 평소처럼 덤벙대다 장어독수리에게 팔찌를 도둑맞고 말고, 팔찌를 되찾기 위해 던과 친구들이 고군분투한다.

번개의 정신을 잃은 번개 자매들을 위해 그랜이 특별한 훈련을 준비했다. 하지만 안일해진 자매들의 번개의 정신을 되찾아주긴 쉽지 않고, 오소릴라들의 공격에 목숨이 위태로워진 번개 자매들은 마침내 번개의 정신을 다잡고 위기에서 벗어나는 데 성공한다.

필이 애지중지하는 막대 인형, 필리엄이 실종된다. 필리엄을 찾기 위해 이프와 어가가 나서고, 필이 준 단서들을 살펴보며 범인을 찾는 데 열중하지만 결국 모든 건 필의 자작극이라는 걸 알게 된다.

농장 최고의 반려동물을 가려내기 위한 대회가 열린다. 이에 청키와 벨트, 새시, 더글러스가 나서고, 대회에 끼고 싶었던 필은 호랑이랑우탄을 납치해 농장으로 데려온다.

그랜의 오랜 천적인 말라카이가 그랜과 싸우다 부상을 입고 만다. 이프는 날개가 부러진 말라카이를 농장으로 데려가 치료해 주기로 하고, 말라카이에게 다른 속셈이 없다는 걸 알게 된 가족들은 성심성의껏 말라카이를 돌본다. 하지만 이 모든 건 말라카이의 계략이었다.

호프가 구운 맛있는 파이를 두고 필과 그러그가 내기를 한다. 서로가 맡은 일을 바꿔서 하고, 더 오래 버티는 사람이 이기는 것. 하지만 이 내기로 인해 농장은 엉망이 되고, 결국 두 사람은 결국 서로의 노고를 인정해 주기로 한다.

온 식구가 탄산 폭포를 즐기러 떠난 가운데, 발목을 다친 줄 알았던 던과, 그저 활동이 싫은 텅크만이 농장에 남았다. 두 사람은 뒤늦게 폭포로 향하지만, 뜻밖에 전설의 스낵 볼을 마주하게 된다.

농장 가족의 즐거운 축제가 열렸다. 하지만 덩치가 큰 청키는 어떤 게임에도 참여할 수가 없었고, 이에 외로움을 느낀 청키는 다른 죽음의 고양이들을 찾아 농장을 떠난다. 새로운 친구들을 만나 즐거운 시간을 보낸 청키는 농장을 영영 떠나기로 한다.

아이들이 청키를 찾으러 간 사이 농장에 남아 있던 어른들은 우연히 지하에 있는 동굴을 발견한다. 이 동굴은 필이 지금껏 발명한 것들보다 훨씬 진보된 물건들로 가득했고, 질투심에 눈이 먼 필은 동굴을 폭파하기로 결심한다.

농장 밖으로 소풍을 떠난 크루즈 가족은 야생동물들의 공격에 지칠대로 지친다. 그랜은 동물들의 우두머리를 뽑는 '알파바웃' 경기에 이프를 출전시키기로 하지만, 여기서 인간이 우승하면 자연의 질서가 무너질 거란 걸 깨닫는다. 이를 깨달은 이프 역시 마지막 결승전에서 클레오멜레온에게 져 주기로 결심한다.

태초에 태양으로부터 지구를 보호하기 위한 전사의 여신이 달이 되어, 매년 하늘엔 불의 달이 뜬다. 이 불의 달에게 선물을 바치지 않은 사람에겐 크나큰 불운이 따른다고 한다. 이를 믿지 않은 가이와 필 역시 계속되는 불운 앞에 무릎을 꿇고 만다.

수염이 길게 자라지 않는 그러그는 필이 개발한 발모제를 마시고 털북숭이가 된다. 그러그의 털이 온 사방에 날리는 통에 가족들의 원성이 하늘을 찌르고, 그러그를 동족으로 생각하는 빅풋 때문에 가족들이 위험에 처하자, 그제서야 그러그는 수염을 포기하기로 한다.

호프가 가장 아끼던 꽃병을 텅크가 실수로 깨뜨리자 필이 만든 '베터 본드'로 꽃병을 다시 이어붙인다. 하지만 이 초강력 접착제로 인해 가이와 손이 들러붙고 말고, 언제나 평정심을 유지하던 가이도 마침내 이성을 잃고 만다.

크루즈 가문의 남자들은 숨는 데 소질이 없다. 이에 상심한 텅크에게 그랜이 도움의 손길을 내밀고, 그랜과의 훈련을 통해 숨기 고수가 된 텅크는 마침내 그랜과의 내기에서도 승리를 거둔다.

필과 호프는 필이 발명한 잠수정을 타고 석호 속을 탐험하기로 한다. 그간 호프가 만든 비트볼을 석호에 버려 온 던은 혹여나 거짓말이 들통날까 두려워 이프와 함께 잠수정에 오른다. 하지만 석호 깊은 곳에 숨겨진 건 던의 거짓말뿐만이 아니었다.

아이들이 도전 놀이에 빠져 위험천만한 행동을 하자 어른들이 이 놀이를 금지하기에 이른다. 하지만 곧 어른들 역시 도전 놀이에 빠지고 말고, 놀이에 한눈이 팔린 어른들 탓에 농장은 엉망이 되자, 아이들은 이 사태를 수습할 방법을 고심한다.

베어라쿠다와의 전투를 마친 번개 자매들이 여느 때와 같이 승리의 만찬을 연다. 그런데 농장 어디에서도 텅크의 모습이 보이지 않고, 텅크를 찾아 나선 번개 자매들은 그제서야 텅크의 빈자리를 실감한다. 하지만 텅크는 평소와 다름없이 자신의 몫을 묵묵히 하고 있었을 뿐이었다.

주먹 원숭이와의 '스로 고 넛' 경기에서 쓰디쓴 패배의 맛을 본 그러그는 이를 만회하기 위해 팀원들을 훈련시키기로 한다. 그러나 팀원들은 그러그의 뜻대로 움직여 주지 않고, 결국 그러그는 중요한 건 이기는 게 아니라 팀원이 하나가 되어 함께 즐기는 것이란 걸 깨닫는다.

필은 어릴 때 먹어 본 칸타플럼의 맛을 잊지 못하고 매년 제철이 되면 칸타플럼을 따기 위해 숲속으로 향한다. 하지만 단 한 번도 수확에 성공한 적이 없었던 필은 올해는 크루즈 가족의 도움을 받아서라도 반드시 성공하고 마리라 다짐한다.

필이 새로 만든 화장실이 하룻밤 사이 무너진다. 어른들은 범인을 찾기 위해 진실의 나무 앞에서 재판을 열지만, 생각했던 것과는 달리 범인은 아이들이 아니었다. 그러던 와중 그랜이 자신의 짓이라고 자백한다.

크루즈 부부와 베터맨 부부의 갈등이 극으로 치닫는다. 결국 크루즈 부부는 농장을 떠나 동굴로 돌아가기로 하고, 아이들은 네 사람을 화해시키기 위해 갖은 노력을 다한다.

농장을 떠난 크루즈 가족과 가이, 흐웸은 흐웸의 가족을 찾아 동굴계의 지상낙원이라는 케이브아나로 떠난다. 하지만 서로의 빈자리를 잊을 수가 없었던 베터맨 가족과 크루즈 가족은 극적은 화해에 성공하고, 그랜은 흐웸과 또 한 번의 이별을 겪는다.