At the dawn of the year 3000, the crew of X-Bomber face the final battle against the Imperial Master, and learn the power of F-Zero-One.

Lamia affronte le maître impérial à l'arrivée du millénaire, la pleine puissance du F-01 contre la puissance impressionnante du maître lui-même. Le général Kyle des Forces de défense de la Terre sait que l'issue de cette bataille dépend du sort de l'univers.

ゲルマ本星の猛攻撃が地球とXボンバーを襲う。決死の覚悟で戦うシローたちだったが、魔王の力は計り知れないほど強大だった。その時、ついに新世紀の夜明けが訪れ、ラミアが神として目覚めた！