元末至正年间，中原数省大旱，民不聊生。皇宫内却不顾国库空虚，依旧饮酒欢歌，元帝为了妃子寿辰命众臣向老百姓催征税银，并下令镇压抗税者。官府逼刘财主交税，刘财主把官员领入各家各户逼税，首户便是朱五四家。

战场上，元军反将孙德崖层层包围，孙军受困可胡先锋却遵照郭天叙的指使隔岸观火。朱重八无法忍受懦弱卑鄙之举，与胡先锋顿起争执，失手之下错杀胡先锋。众军叫其逃命，可重八却执意号召义军奋勇杀敌。此战终获全胜，庆功会上，彭帅大赞郭子兴，令其洋洋得意，而孙德崖因队伍损伤过半而耿耿于怀。

朱元璋与汤和、徐达饮酒庆贺，朱元璋道出了对义父郭子兴的感恩和效忠之心。汤、徐两人决心终生跟随大哥出生入死。郭天叙借机逼朱元璋按军规当众责打醉酒打了孙德崖手下的徐达，朱元璋无奈只得对徐达以三十军棍惩戒，徐达甘愿受罚。

郭天叙因朱元璋被封之事向郭子兴哭诉，几进挑唆之言使郭子兴顿生防备，他改变主意将五百老弱兵卒交给朱元璋，朱元璋决定只选十八骑勇士陪同外征，郭子兴应许。朱元璋率十八勇士拿下定远。在交战中见一先生从容穿行于刀兵之间，此人顿时引起朱元璋关注。

此时，李善长仗义直言，陈述朱元璋为解救郭帅之危的举措和利弊。郭子兴虽为其话语所动，但仍收走了朱元璋的兵马，将其降为步卒。马姑娘为郭子兴处置朱元璋心中不服，朱元璋却知郭子兴是嫉妒他日益庞大的势力。徐达和汤和为朱元璋叫冤，并劝其造反，可朱元璋却劝弟兄们应敬奉郭帅。

李善长速报元军已达城外，二帅赌气改为要在战场上以杀敌多少决胜负，便分别率兵出征，朱元璋也挣脱绳索冲入战场。二帅奋勇杀敌，身负重伤，临终时两人仍互相斗气，但最终二帅化解了恩怨，双双去世。郭、孙两帅的祭奠上，两军拥护朱元璋接掌帅位，可朱元璋却礼让于郭天叙。

郭天叙被困黑石矶，李善长惊恐来报，请求支援，在李善长再三请求下，终让朱元璋答应出兵，这些都让李善长惊觉朱元璋的高深莫测。出兵前，朱元璋向徐达暗授机宜。战场上，郭天叙深知已难敌元军，便交代士卒向朱元璋再次求援，并立誓让出帅位，此时的郭天叙终于鼓足勇气，率兵冲向敌人。

金陵失守迫使元廷将剿贼方略改为“招抚”，而错失金陵的脱脱被贬为浙东招抚使。小明王派特使传旨敕封朱元璋为虎威大元帅，并升为江南中书省平章。金陵元帅府，威严气派，众将衣甲鲜亮，依序而入……朱元璋召集部下论功行赏。大封众将时，李善长最为不安，因为所有的弟兄、义子、义侄都被拜将封衔，可唯独没有他的名字。

原来他的项上人头已成为浙东匪首方国珍归顺朝廷的条件了，刘伯温大为悲愤，他竭力劝说脱脱万勿招抚，但脱脱喝令将刘伯温推出辕门处斩。鬼头刀落下，脱脱将其偷天换日冒为刘伯温之头颅送至方国珍，刘伯温侥幸未死嗟叹而去。就在刘伯温颤巍巍地回到刘宅时，朱元璋派人携聘礼及李善长亲笔书信来到刘宅。

马夫人收留了倩儿、玉儿，并强忍心中悲愤规劝朱元璋应以身作则，也应善待金陵城里的士绅，并训导其如要成大业必先得民心的道理。马夫人的话让朱元璋顿悟，义军兄弟、文人贤士缺一不可，并且都应纳为己用成为自己得天下的左膀右臂。

朱元璋将李善长根据刘伯温之谏制定的《建军施政律令》以及马夫人制定的《内眷管理律令》下发至各将领，并要求全军严格执行，以肃军纪。元廷大举围剿义军，脱脱率兵逼近江边，以此威胁金陵。朱元璋命常遇春率军攻占水路要塞安庆，而花荣则率军攻占陆路要塞太平镇。

李善长为朱元璋写下给元廷的降书，可朱元璋担心陈友谅会联合张士诚东西夹攻，这使他不得不再向张士诚示好，他命李善长又给张士诚写下一封近乎投降的文书。这是朱元璋生平第一次向敌人叩首乞降，这让他深感耻辱，如箭穿心。马夫人为解朱元璋心病，亲自前往青田请刘伯温回来。

吕昶提议扮成送丧队伍到金陵。客厅中，李善长正在为朱元璋“日讲”，一将匆匆奔入急禀，陈有谅动员全部兵力空国而出，亲率水陆共六十八万大军东征，严令三个月拿下金陵，现已逼近鄱阳湖。

元廷的招降团终于到达金陵，刘伯温万没想到元廷会派出吕昶，他极力向朱元璋推崇此人。求才若渴的朱元璋顿时大喜，他赶紧礼请吕昶相见，并诚实告知自己的诈降和留人之意。

朱元璋对胡惟庸也大为赞赏，令他搬入礼贤馆，封为帅府参知，并协助李善长打理军政事务，这使胡惟庸受宠若惊。当夜，小明王贴身侍卫冒死进见朱元璋，并禀报小明王被脱脱重兵围困于沂蒙山犄角岭望朱元璋火速率军救援，这一消息让朱元璋顿时两难。

小明王敕封朱元璋为吴王，尊国公，左丞相，授权节制天下兵马。刘伯温未参加大礼，在城楼下笑看此次受封，并料定小皇帝死期不远。此时，胡惟庸路径此处，佩服刘伯温的先见之明，洪都城果真尚未沦陷。胡惟庸将洪都之事急报朱元璋，令全军欢呼，更故意将刘伯温之谗言告知朱元璋，此话说中了朱元璋的心思，顿令其心中不悦。

陈战舰身巨位高，俯攻火炮猛烈，朱元璋首战失利，下令处决惧敌的船只队长。徐达为他们申辩并非惧敌而是晕船，并以陈友谅封赏败将之事苦苦劝阻朱元璋，可谁知朱元璋则怒斥陈友谅手段之卑下，决不效仿，决意要斩。临行前，徐达建议船只队长可驾装满炸药的小船冲撞敌船，以替代死刑，将功赎罪。

朱元璋知刘伯温心事，故意让李善长前去请刘伯温来给他日讲授课，以此拉拢刘伯温，并使李善长和刘伯温互相忌惮，都能忠于自己。他又在李善长面前故意表露对刘伯温的不满，把制定治汉攻略的任务交给李善长，要他对打败陈友谅后如何安民扶政出谋划策，李善长深感受到重视，对朱元璋感激万分。

朱元璋立刻布兵，并最终将自以为得计的陈友谅歼灭。朱元璋心智之高、谋略之奇令刘伯温震撼不已。陈友谅死后，其子负荆请罪自动投降，朱元璋故意派其当信史给张士诚送招降书，让张士诚亲眼看到陈友谅的下场。

朱元璋深知小明王是其登基的障碍，特提前封大虎为将军，要他前去接小明王到金陵城来。马夫人告诫朱元璋不可得意忘形，朱元璋却命她不得干政。马夫人不服，提出外朝归朱元璋管理，内廷由她管，且回到家来，朱元璋还是朱重八，不得仗势欺负她。

滁洲城中，大虎恭请小明王迁住金陵，令小明王无奈登程。可龙舟内小明王提心吊胆，大虎则执酒狂饮。此时，船仓突然渗水，小明王恐惧至极，可大虎似乎置身事外，两人而后随着龙舟一同下沉。百官齐齐跪在金陵帅府中，恳请朱元璋早日登基，可胡惟庸惊慌奔入，禀报龙舟沉没，小明王溺水而亡，大虎以死谢罪，这令朱元璋顿时痛哭不已。

太子朱标走上丹殿，宣布早朝推后一刻钟，随后向李善长使了个眼色。李善长跟着朱标来到文华殿，原来朱元璋正在责罚皇子弃学贪玩，李善长上前提醒朱元璋朝会时辰已到。朱元璋急往奉天殿，路上李善长将蓝玉喧嚷授封一事禀报朱元璋，朱元璋沉吟慢行。这时，太子太师宋濂前来请罪，朱元璋令朱标传旨奉天殿，朝会推迟一个小时，继而与宋濂讨论起皇子们的学业来。

此时，李善长府上热闹非凡，汤和率文武百官为其母祝寿，李府已豁然如同淮西勋旧们的大本营。扬州城让朱元璋惊愕，断壁残垣，蒿草遍地，二十几个衣衫褴褛的百姓在杨州主簿鲁明义的带领下前来接驾。吕昶上前禀报，杨州此景是由苛政所致，并细细道出各种税赋的名目，令皇子们大骇。

徐达北伐归来，朱元璋亲驾龙辇率众皇子及文武出城三十里相迎。朱元璋把徐达请上龙辇，皇四子朱棣亲自驾车。龙辇中，朱元璋向徐达提亲，令徐达大喜。朱元璋在武英殿设宴为徐达接风，朱元璋对徐达的殷勤让汤和默然离去，可却被马皇后阻止，汤和只得慨然付宴。

朱元璋从二虎口中确认了刘伯温病势沉重。早朝当天，刘伯温拖着病体进见，并提出归养青田，却被朱元璋婉言拒绝。马皇后的规劝让刘伯温只得无奈答应再留五年。朱元璋在与李善长的交谈中看出了他想要职权的野心便暗生警戒。

杨宪向众人宣布了三年计划，要求官吏一律下地劳作，并与众人喝下血酒誓死振兴扬州。杨宪带领众人种责任田、挖渠、开垦的众多政举让朱元璋赞赏，并对杨宪进行嘉奖。中书省受皇命优先拨发物品支援扬州，数目的不实让胡惟庸忧心，可李善长却命胡惟庸如数派发。

马皇后来到朱元璋榻前怪责他狠心让儿子们离开得仓促，并提醒刘伯温仍在等候，当问及陈怀义一事时，朱元璋的暴行让马皇后愤怒离去。朱标依依不舍地送弟弟们出城让他顿觉伤感，他主动要求陪同朱棣前行，言语中朱棣感觉到朱标的懦弱来自于对朱元璋的畏惧，陈怀义的死让朱标更觉痛苦。

刘伯温受朱元璋之命处理杨宪和胡惟庸之事，在询问了朱、杨两人的原话之后，刘伯温顿悟朱元璋的用意并当即作出了判断。李善长责备胡惟庸的卤莽，更加激化了与杨宪之间的矛盾。朱元璋视察考场的整建，并任命李善长为恩科总监官。

胡惟庸打开了破庙的门，牢狱中被关的众人其声喊冤声称被杨宪嫁罪，胡惟庸顿感欣喜。科举当天，考生们一一点名进入考场，李进披麻带孝跪行而上，他为报表叔马三刀供学之恩誓死不愿践踏其头颅进入考场，此举得到了朱标的许肯，李进深叩答谢继续跪行入试。

马皇后的建议让朱元璋欣喜若狂，当即决定举办恩科北场以解燃眉之急。刘琏告知父亲大殿阅卷之事，刘伯温庆幸自己卧病在家，谁知朱元璋让二虎送来所有试卷命刘伯温重新阅览并命三天阅完，这让刘伯温愕然只得奉命。朱元璋悄然看望刘伯温，刘伯温的谨严慎行却逃不过一句疏漏，朱元璋命刘伯温病愈后召集北方学子举办恩科北场。

经过筛选，杨宪送来了入榜的名单让朱元璋审阅，朱元璋命杨宪立即准备入朝殿试。朱标对进士们太过书卷气的担忧让朱元璋确定了在殿试时的考核方向。众进士在刘伯温和杨宪的带领下踏入大殿，而朱元璋却用三筐稻谷迎接他们，他以不同品质的稻谷暗喻着不同的官场和人心，使进士们受益非浅。

胡惟庸欣喜得呈上杨宪的罪状，例出的种种欺君之罪让李善长难以置信，但顾及朱元璋难以承受，李善长劝说胡惟庸暂缓弹劾另待时机。李进每到一处便上奏详述当地的情况，他在折中忠恳进谏深得朱元璋器重，并受其启发朱元璋确立了钱粮记载方式为后人所用。

马皇后请进鸭血、烧饼师傅讨朱元璋欢心，借机为刘伯温求情，朱元璋当即拒绝并和马皇后不欢而散。马皇后只得让玉儿送去烤糊的烧饼还礼，刘伯温看后心知肚明。吕昶报上的任免名单被杨宪篡改使吕昶上门评理，杨宪的蛮横让两人大吵，期间吕昶无意提及贡米之事，这使杨宪立即接受名单并主动认错。

朱元璋经杨宪一事变得更加多疑，他怀疑起刘伯温及所有官臣，朱元璋密命二虎组建一支秘密队伍以监视所有皇孙臣子，命名——锦衣卫。朱元璋拒见刘伯温，因杨宪的倒台也让刘伯温被众人孤立了起来，刘伯温猜到朱元璋随时会治罪于他，便提前写好了遗嘱。

归乡途中刘伯温被锦衣卫检校吴风半路拦截，奉命护送刘伯温回青田，刘伯温这才断定朱元璋还是要杀他。一路上，吴风等人虽然照顾刘伯温父子的起居伙食可始终对他们的行动、对话进行监视。刘伯温等待着吴风的诛杀，可直到青田老家也没见动手，吴风完成护送告辞离开，这让刘伯温诧异。

朱元璋的不断赏赐让刘伯温再也承受不住终于决定回京，怎料吴风已在等候护送刘伯温父子返回京城。朱标为长公主哭求朱元璋放过欧阳伦，可朱元璋却要依律查办，但马皇后暗示朱标可口喻李善长处理此案，朱标顿时醒悟。

历经半年的查办让刘伯温沧桑衰老，李进前来迎接。刘伯温向朱元璋禀报了此案的调查结果，其案涉及范围之广、人数之多让朱元璋震惊，当得知此案全部牵涉淮西勋贵时，朱元璋几乎崩溃。

朱元璋暗示众勋贵们辞官归乡可免一死，其中也包括李善长。朱标向马皇后禀告欧阳伦已死，并向马皇后吐露对朱元璋的畏惧和内心的压力，面对懦弱的朱标马皇后只得无奈地劝导。马皇后对朱元璋在月光宴上戏弄欧阳伦之事不满，来找朱元璋评理，并逼朱写下《罪己诏》认错，可朱不但不从更与马皇后争吵起来，马皇后摔碎痒痒挠愤然离开。

此时李善长前来辞官，朱元璋让其推荐接任人选，李善长故意撇开胡惟庸并数落其不足，令朱元璋诧异。徐达因元军破关之事和朱元璋商讨出兵，朱元璋在选定朱棣为帅之外只能再用蓝玉带兵出征。李善长不舍地离开中书省，刘伯温半路相送，并以围棋对弈更叙离别之语。

次日，朱元璋召刘伯温上朝，可朱的视而不见让刘伯温深知朱元璋此举是故意让他在众臣面前展示戴罪之身。李善长纳小妾胡惟庸前来祝贺，并向其谈及朝廷局势和刘伯温的失意，这让李善长提醒胡惟庸行事需谨慎。刘伯温日渐窘迫只得以卖字画求生，幸得烧饼老板叫卖相助，谁知胡惟庸命二虎上街阻止，并烧毁字画。

朱元璋刚走胡惟庸便踏入红毯如朕亲临，并召臣入朝批阅奏折，胡惟庸的嚣张行径却被李进暗中上报朱元璋。病榻上的刘伯温得知胡惟庸的所作所为，便料定胡惟庸已大难临头。李进颁旨命刘伯温复职并解除所有惩戒，朱元璋的重新委任让刘伯温父子宽心，可此时的刘伯温已得绝症。

刘伯温之死让马皇后悲痛万分，立命玉儿燃香送葬归乡，而淮西将领们点炮欢庆，只有吕昶和宋濂披孝跪送于城门。朱元璋为刘伯温被陷害而伤感，并命立刻起程返京。朱元璋的返京让胡惟庸揣测其用意，并立命各部清理政事避露马脚，但当胡惟庸得知李进奉朱元璋之命每日一奏时顿感大难临头。

朱元璋颁布《诏示奸党录》昭告天下，归京的李善长见势不妙急忙离开，可二虎已等其后，李善长被抄家关押原府，并剥夺爵位待审，期间宋濂也被逮捕关押。朱标为众臣求情，并提及母后之意，可朱元璋却以荆棘为训，为扶植朱标煞费苦心，可朱标仍然无法理解朱之苦心，心中徒增恐惧，回宫途中朱标难忍压力投河自尽幸被救起。

众皇孙臣子跪于马皇后床前悲哭，却被朱元璋喝之门外，马皇后的死让他难以接受，他不断呼唤着马皇后，而马皇后的寂静让他嚎啕大哭，朱元璋的哭声叫声震惊了众人，朱标难以承受昏了过去。朱元璋因伤心欲绝而变得神志不清，他砍伤二虎不许其他人接近马皇后的遗体，朱标的哭喊终于唤醒了朱元璋。

徐达已病入膏肓，朱元璋却命人送来酒肉让其享用，徐达明白朱元璋的用意并痛哭着吞进口中。朱元璋抱着熟睡的青儿一宿未睡，李进报徐达辞世，朱元璋命皇孙守孝三天并为徐达立碑供奉。朱元璋带着青儿上大雄宝殿超度亲人，随着颂经声朱元璋回忆着童年和兄弟的情谊不尽落泪。超度完亲人的朱元璋顿觉双目失明实为天意，他要青儿领路前行，并旨意青儿为其隐瞒此事。