Carsten Myllerup (født 2. august 1971) er en dansk filminstruktør.

Carsten Myllerup, filminstruktør, tog efter sin gymnasietid på en rundrejse i Sydamerika. For at skaffe penge til flere rejser lavede han en rejsevideo og har siden været optaget af filmmediet. Da han to gange fik afslag på at komme ind på instruktørlinjen på Den Danske Filmskole stiftede han i 1999 den alternative filmskole Super 16 - et initiativ som han i 2010 modtog en Æres-Bodil for. Carsten Myllerup lagde ud i 2000 med novellefilmen "2. Juledag" med Frits Helmuth og Rita Angela i hovedrollerne. For filmen modtog han en Robert-pris. Efter dokumentarfilmen "Big Fat Snake kommer til byen" debuterede han i 2003 som spillefimsinstruktør med ungdomsgyseren "Midsommer". I 2005 fulgte filmen "Oskar & Josefine", men ellers er det mest tv-serier, der har beskæftiget ham. Han har været instruktør på en række afsnit af "Hotellet", "Jesus og Josefine", "Anna Pihl", "Sommer", "Lulu og Leon" og "Den 2. side".