بدأ يوسف شرف الدين مشواره الفني كمساعد مخرج عام 1965 في العديد من الأفلام اللبنانية والمصرية المشتركة، وكان لنشأته بين عائلة فنية أثرا كبيرا على حياته المهنية، فشقيقه هو الممثل فؤاد شرف الدين، وشقيقته هي جومانا شرف الدين.

انتقل يوسف شرف الدين إلى خانة اﻹخراج في عام 1980 في لبنان، حيث صنع العديد من أفلام الحركة الناجحة، ثم هاجر إلى القاهرة عام 1986 ليخرج هناك أيضا العديد من الأفلام الناجحة بمشاركة كبار النجوم.

اتجه بعدها إلى الأعمال التلفزيونية، حيث أخرج عشرات المسلسلات الناجحة من إنتاج مصري ومصري سوري مشترك ومصري لبناني مشترك.

متزوج من الفنانة المصرية صفاء مغربي.