Agger blev student fra Vestjysk Gymnasium i 1983 og senere uddannet journalist via Ringkøbing Amts Dagblad. Han har været ansat ved DR siden 1989.

Efter flere år på DR Nyheder debuterer han med dokumentaren "Heavy Agger - 14 år senere ...". En opfølger til Lars Oxfeldt Mortensens originale film "Heavy Agger" fra 1985. Et indblik i et særpræget heavy-rock miljø i en lille vestjysk by, der bærer hans eget navn. Personerne i dokumentaren besøger han igen i Heavy Agger III (2014).

Med 8 års mellemrum portrætterer han elever fra Herlufsholm Kostskole (2005 og 2013). Udvikler og producerer Tro, håb og Ikea (2009), Kongehuset (2010), Sømanden og juristen (2011) - fortællinger fra et hospice (2011).

I 2013 fører Anders Agger os igennem 8 særprægede miljøer i dokumentar-serien Indefra - med Anders Agger. Indefra fortsætter med støt stigende seertal på DR2 frem til 2019.

Desuden har Agger lavet en række lette sommerprogrammer med tv-kokken Anne Hjernøe, hvor de besøger danske slotte, øer og badehoteller. I 2013 drager de sammen ud i ferielandet og rejser kyststrækningerne rundt. I 2015 var de i Bosnien, hvor de fulgte en ung mand, der efter at have boet som flygtning i Danmark, vendte tilbage til sin hjemby, Sarajevo for at gense sin familie og blive gift med sin dansk - iranske kæreste.

Før Præsidentvalget i USA i 2016 besøgte han sammen med Hjernøe fire danske familier, bosat i delstaterne Arizona, Michigan, Montana og South Carolina.[2] I 2018 rejste makkerparret igennem Storbritannien for at belyse efterveerne af Brexit. Og i 2019 beskrev de Mellemøsten via landene Oman, Jordan, Libanon og Israel. Det blev sommerens mest sete program-serie på DR1.[3