Seis meses após os acontecementos relatados en The Matrix, Neo eríxese coma un bo omán para os humanos ceibes xa que máis e máis son ceibados de The Matrix e traídos a Zion, o elixido e poderoso da resistencia. Neo descubriu os seus superporedes incluíndo velocidade, a habilidade de mirar o código das cousas e certo nivel de premonición. Mais unha horrible noticia abafa a resistencia humana: 250.000 centinelas escavan cara Zion e darán chegado en 72 horas. Mentres Zion se prepara para a guerra definitiva, Neo, Morpheo e Trinity son aconsellados polo Oráculo para procuraren o creador de chaves que os poderá axudar a acadar A Fonte. Namentres, os soños de Neo nos que se repite a morte de Trinity mantéñeno preocupado, o Axente Smith deuse fugado da eliminación e foise convertendo máis poderoso tendo a Neo no punto de mira.