Es war ein ganz normaler Morgen. Akira Shiroyanagi, ein Oberschüler, der Spiele und Konpeito (japanische Süßigkeiten) liebt, wird plötzlich von einem mysteriösen Mädchen, das sich Mion nennt, in ein Schlachtfeld gezogen. Den Teilnehmern wird gesagt, dass sie »aus dem Familienregister gelöscht wurden, in ein Experiment verwickelt sind und bestimmte Kräfte erhalten haben.« Akira ist entschlossen, das Spiel mit seinen neugewonnenen Kräften zu gewinnen und die Organisation zu zerstören. Bewaffnet mit einer Kraft, die niemand erwartet hätte, beginnt eine neue Periode des Intelligenzkampfes.