Minęło 30 lat, odkąd dr Sam Beckett wszedł do akceleratora Skoku Kwantowego i zniknął. Teraz zebrano nowy zespół, aby ponownie uruchomić projekt w nadziei na zrozumienie tajemnic kryjących się za maszyną i człowiekiem, który ją stworzył.

Three computer-savvy kids, Naoto, Yuka and Ippei created their own videogame superhero, but then discover it possessed by an inter-dimensional police officer, Gridman. Pursuing an evil program called Kahn Digifer, he merges with Naoto and fights Kahn Digifer's digitized monsters in order to prevent the computerized demon from wreaking havoc on the Human World.

Cybernetics engineer Fred Stiller uncovers a massive corporate conspiracy involving a virtual reality computer project.