샘 베켓 박사가 양자 도약을 개발한 지 30년 뒤, 퀀텀리프 프로젝트가 재개된다. 물리학자 벤 송 박사는 프로젝트팀에 알리지 않은 채 홀로 양자 도약을 시도하고, 도약해 간 곳에서 사람들을 도우며 역사를 바꾸려고 한다.

쇼 나오토, 바바 잇페이, 이노우에 유카는 컴퓨터에 관심이 많은 중학교 2학년 학생으로, 부모님이 인테리어 가게를 운영하는 잇페이네 집 지하에 연구실을 만들어 컴퓨터 '정크'를 연구하고 있었다. 한편 동급생인 토도 타케시 역시 컴퓨터에 관심이 많으나 음침한 성격에 컴퓨터에만 박혀사는 성격으로 유카를 좋아하고 있었다. 타케시는 편지를 전달할 기회를 위해 유카의 집 컴퓨터를 해킹하게 되고 이때 이차원세계에서 도망온 마왕 칸디지파가 나타나 타케시를 세뇌하고 그의 부정적인 성격을 이용해 컴퓨터 괴수를 만들어 컴퓨터 세상을 지배하려 한다. 컴퓨터 세상의 위기를 안 세 사람 앞에 칸디지퍼를 쫓아온 하이퍼 에이전트가 등장하고 그는 잇페이가 그린 CG 그리드맨에 융합하게 되며 3인의 친구는 그리드맨과 함께 싸울 것을 다짐한다.

새로운 슈퍼컴퓨터를 이용한 가상현실 프로젝트인 ‘시뮬라크론’을 진행하던 헨리 볼머 교수가 갑작스러운 죽음을 맞는다. 또한 그의 후임자 프레드 슈틸러 박사는 자신과 이야기를 나누던 동료가 갑자기 증발해버리는 미스터리한 현상을 경험한다. 더욱 이상한 건 연구소 직원 중 어느 누구도 사라진 동료를 기억하지 못한다는 것이다.