Film je umeščen deset let po dogodkih iz prvega dela in se začne z zgodbo o družini Sully. Odkar se je odločil trajno prenesti človeško zavest v telo Avatarja in postati novi vodja naroda Na’vi, Jake Sully s svojo družino živi na Pandori. Z Neytiri sta ustvarila družino in dobila otroke. Kolonizacijske sile se vrnejo na Pandoro, da bi oživile prvotno iskanje, zaradi česar Jake in Neytiri pobegneta iz svojega doma in raziskujeta doslej še neznane dele Pandore, da bi srečala ljudstvo Metkayine, klan domorodcev, ki živijo obdani z morjem.

Super-zločinec Megaum premaga svojega sovraga Metromana, ... a mu brez tekmecev postane dolgčas. Ko se pojavi nova grožnja in mestu zavlada zmeda, je Megaum edino upanje za svet.