春假时，为了购买动画蓝光片而打工的御宅族安艺伦也，在开满樱花的坡道上邂逅一位少女，帮她捡一顶被风吹走的帽子。于是有了以该少女为女主角制作同人游戏的构想。一个月后，才知道该少女是他的同班同学，名叫加藤惠。为了制作游戏，安艺伦也还要说服同年级美术部的绘画高手泽村·史宾瑟·英梨梨，以及优等生学姐霞之丘诗羽和加藤惠共组同人游戏社团，开始同人游戏的制作。之后又有波岛出海及擅长音乐的冰堂美智留等人的加入。

作为一个四年前从学校退学之后就一直靠啃老来过活的死宅男佐藤广达（小泉豊 配音）来说，今天也是家里蹲的一天。突然间，一阵敲门声打破了他的日常妄想。打开门，出现在门口的美少女让佐藤简直不敢相信自己的眼睛，而美少女说出的话也让佐藤吃惊的说不出话来。原来，少女名叫中原岬（牧野由依 配音），自称是“日本废柴协会”的成员，而她此行到来的目的，正是帮助佐藤重新振作，脱离废柴的行列。 一直住在隔壁的动漫美少女控山崎薰（坂口大助 配音）也是协会的一员？进入协会的首要任务就是制作H游戏？口口声声要帮助自己的中原自己也是一个只有靠帮助他人才能找到存在感的废柴？诸多事件的发生让佐藤渐渐开始怀疑，这个所谓的协会，很有可能是一个阴谋。

水明艺术大学附属高中额外独立宿舍，通称“樱花庄”是群聚了一群充满各式问题学生入住的特殊公寓，被一般人作为“怪人的巢穴”看待。因无法抛弃弃猫而被赶出一般宿舍的主人公神田空太也是其中的一份子。本来应该以“脱出樱花庄”为目标的空太，却由于天才画家椎名真白的入住，导因于其连穿衣服都无法完全自行处理的“超”字辈等级的生活白痴水准，空太莫名奇妙的肩负起有如宠物般的“饲主”责任，开始了照顾真白和被其耍弄的哭笑不得的日子。

「秋里乐叶」是热爱着美少女和美少女游戏的插画家，她梦想着成为超人气插画家而在美少女游戏制作公司奋斗着，但现实却不顺遂。因为在社交游戏全盛时期的现代，公司转变了方针。乐叶只能担任插画家助手，过着每天绘制路人角色背影的日子。

在某一天，因为意外的原因从游戏店的店长手上拿到了过去的知名美少女游戏。怀念着美少女游戏的黄金时代，打开了《同级生》的外盒后，乐叶突然被耀眼的光芒包围，回过神来她已经穿越时空回到了过去。

乐叶回到的过去是1992年！这时代正是美少女游戏的黎明期！来到了名为Alcohol Soft的公司工作的乐叶，心怀美少女、绘制美少女，她能创造出美少女吗！？献上对美少女游戏绝对的热爱，这名少女的故事…「那么，就开始吧！」