自从赛文离开地球5年后，来自外太空的入侵亦暂时停止，因此字宙警备队的军力亦大为削减。主角风森亦离开宇宙警备队，世界亦似乎回复和平。其后，宇宙警备队亦加入新成员由纪，她与奈美一起追查磁力异常反应事件，她们发现了黑暗空间，宇宙警备队受命消减它，到底这些巴格沙星人有何企图…