En l'an 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde.

Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact.

Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde piloté comme une simple mécanique, mais en réalité créature bien mystérieuse.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis 10 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…