제인과 리스본은 수 년간 실종 상태인 남자의 사건을 조사하면서, 비밀스럽고 조심스럽게 레드 존으로 의심되는 사람들을 간추려나간다.

CBI가 네 명의 용의자와 접촉하고 있는 사이 제인은 레드 존의 살인 방법에서 중요한 단서를 발견한다. 그리고 그들은 무인정찰기의 공격을 받아 죽은 한 소프트웨어 엔지니어의 사건을 맡아 수사에 착수하는데...

보안관 맥엘리스터에 좀 더 집중을 하고자 제인은 CBI팀과 함께 네파 벨리에서 일어난 사건을 조사한다. 반 펠트와 릭스비는 드디어 백년가약을 맺는다.

제인은 그가 심어 둔 가짜 레드 존 용의자 명단이 도난당한 것을 깨닫고, CBI 팀은 명단에 적힌 이들이 위험에 처했다는 것을 직감한다.

제인은 비주얼라이즈의 중요한 멤버가 미스테리하게 죽음을 당한것을 조사하고 제인은 이 조사가 레드 존을 잡을수 있는 실마리를 줄 것이라고 생각 하고 있다.

마지막 단서를 손에 가지고 제인은 나머지 레드 존의 용의자(게일 버트램, 브랫 스타일즈, 리드 스피스, 레이 하프너 그리고 톰 맥 알리스터) 를 한 장소에서 잡기로 하고, 작전을 시작한다.

제인의 집에서 충격적인 일들이 벌어진다. 한편 레드 존을 잡기 위한 수사망은 CBI의 우선순위 용의자 명단에서 나머지 용의자로 점점 좁혀 나간다.

제인은 드디어 레드존과 대면하게 된다. 레드존은 어느 미친 자가 자신의 아내와 딸을 죽인 이후부터 연쇄 살인범이 되었다. 제인은 그가 벌을 받게 하기 위해 10년이라는 긴 시간을 쫓았다.

레드 존 사건이 정리되고 2년이 지났다. 제인은 그의 모든 것을 바꿀 수 있는 일자리를 제안받지만, 이는 그의 평화롭던 날들을 깨트린다.

FBI는 내키지는 않지만 마지못한다는 듯이 제인에게 실종된 컴퓨터 프로그래머를 찾는 걸 요청한다. 하지만 제인은 리스본이 나타날 때까지 절대 도움을 주지 않는다.

조가 새로운 여자를 찾는 동안, 제인과 리스본은 진지하게 그들의 미래에 대해 이야기 한다.

제인과 FBI는 지도 제작 전문가의 죽음에 대한 수사를 진행한다. 한편 릭스비와 반펠트는 놀라운 음모를 발견하게 된다.

국경을 넘은 기록도 없는 미국 변호사가 멕시코에서 시체로 발견된다. 그의 죽음을 추적하기 위해 제인은 멕시코로 향한다.

제인과 피셔는 석유 채굴 현장에서 일어난 살인사건을 조사한다. 한편 릭스비와 반펠트은 오스틴에서 전 CBI 멤버들에게 일어난 일련의 사건 조사에 도움을 주게 된다.

전 CBI 멤버들을 공격하던 살인자에게 그레이스가 납치 당한다. 하지만 알리바이를 가진 용의자가 나타나고, 제인은 오직 자신의 능력에만 의존한 채 수사를 진행해야 한다.

살인을 저지른 미술품 절도단을 잡기 위한 묘안으로, 제인은 동료들을 위험한 함정 수사에 끌어들인다. 한편 예술 전담반에서 온 FBI 요원과 리스본의 사이에서 불꽃이 튀어 오른다.

사형 집행일 이틀 남은 사형수가 있다. 제인과 FBI는 이틀 안에 그의 무고함을 밝혀내야만 한다.

비공개 명문 클럽의 사유지에서 한 여자가 살해된 채로 발견된다. 배타적인 명문 클럽 회원들의 환심을 산 제인은 클럽의 일원이 되어 본격적으로 살인자를 찾으려 한다.

수상한 자와 마주친 제인과 리스본. 역시나 그는 인신매매 조직과 연관된 수상한 인물이었다. 한편 제인은 워싱턴으로 함께 가자는 파이크의 제안을 진지하게 생각해보기로 한다.

이제 제인의 앞날은 제인과 레드 존 사건에서 배심원들의 판정에 달려있다. 리스본은 자신이 파이크와 떠나는 것에 대한 제인의 마음이 알고 싶다. 한편 조와 애벗은 인신매매 사건의 새로운 실마리를 따라간다.

납치당한 피해자들이 해외로 팔리게 되는 시간은 다가오고, 제인과 리스본은 범죄 조직의 주모자에 관심을 집중시킨다. 한편 리스본은 파이크와 함께 워싱턴으로 떠나기로 결정한다.

마침내, 리스본을 향한 자신의 감정을 깨닫게 된 제인. 이제 그는 어렵게 깨달은 자신의 생각을 행동으로 옮기려 한다.