1958年，人类在火星表面首次发现了来自外星的生命体｢BETA｣。然而，这一发现并非带来梦想或希望，而是开启了人类漫长的绝望之旅。到1998年，BETA的威胁已逐渐扩展。篁唯依当时还是一名卫士养成学校的学生，和同学们一起为成为战术机驾驶员而努力学习和训练。训练虽辛苦，但充满了欢笑与友情，唯依与队友们的羁绊在这段日子中逐渐加深。然而，这样的日常并没有持续太久。来自海洋彼岸的BETA威胁最终扩展到了日本本土。在尚未完成教练课程的情况下，唯依和她的同伴们被迫投入了实战，面对这场生死攸关的战争。他们的青春被突如其来的战火打断，不得不迎接残酷的命运考验……

唯依的初次出阵，眼前涌现出大量逼近的BETA。她一边回想训练内容一边奋力击退敌人，但无论怎么击倒，BETA的数量依旧源源不断，最终令她不得不后退。京都的街道逐渐变成了地狱。在这场持续8分钟的死亡考验中，唯依能否成功活下来呢？

在2001年，上一话故事发生后的三年。勇哉・布里吉斯正乘坐一架大型运输机前往位于阿拉斯加的育空基地。他因为被选为日美联合开发新型战术机——XFJ计划的测试驾驶员，从美国军队调任到了联合国军。在育空基地，迎接勇哉的是“Argos小队”的成员们，他们都是从世界各地精心挑选出来的精英驾驶员。勇哉刚到基地，就被安排参加一场模拟战斗，测试他的实力。

由于日本战术机和美国战术机的设计理念差异，勇哉在驾驶训练机“吹雪”时遇到了不少麻烦。面对勇哉不逊的态度，甚至质疑“吹雪”是否是一架有缺陷的机型，唯依毫不客气地回应说：“那只是因为你技术不够成熟。”两人之间的激烈冲突让他们的矛盾不断加深。就在这时，勇哉遇到了一位拥有神秘气质的少女——伊妮亚。伊妮亚告诉勇哉，她想介绍自己的家人给他认识。在她的引导下，勇哉进入了苏联军队的统治区域，并在那里遇见了另一位少女——克丽斯嘉。

勇哉换乘了新组装的“不知火”进行演习，但这架机体比“吹雪”更加难以操控，勇哉只能勉强应对。作为王牌飞行员的自尊心受到了沉重打击，而他与唯依的冲突也愈发激烈。为了给勇哉打气，塔莉莎、VG和史黛拉为他举办了一场欢迎会。然而，在之后的演习中，勇哉和他的队友依然未能取得理想的成绩。这时，一架身份不明的机体突然出现在他们面前。这架机体展现出了压倒性的强大实力。究竟这架机体的真实身份是什么？操控它的驾驶员又是谁呢？

橡皮艇被冲走了，通讯手段也丧失了，勇哉、唯依和克里斯卡只能在一座无人岛的洞穴中等待救援。克丽斯嘉一直以来都对伊妮亚为什么如此仰勇哉而感到疑惑，于是她趁此机会直接向勇哉提出了这个问题。然而，由于两人来自不同的国家，思维方式存在差异，导致他们的对话始终无法完全契合。在这时，唯依也过来看望他们，然而由于一点小误会，三人之间的气氛变得有些尴尬和微妙……

从南方的岛屿转战到寒冷的北方，各国的测试小队前往苏维埃联邦领地的堪察加州，准备进行实战测试。在这里，BETA的战斗几乎每天都在上演。勇哉感受到了战场上的紧张氛围。唯依则在简报中告诉大家，这次行动中他们还会测试新型武器。勇哉对自己没能参加真正的战斗感到不满，唯依察觉到了他的情绪，提出想和他谈一谈。与此同时，勇哉在基地的一角看到苏联军的士兵正在骚扰克丽斯嘉和伊妮亚。平时总是表现强硬的克丽斯嘉此刻显得异常脆弱，勇哉决定介入，试图帮助她们……

勇哉他们所属的“Argos小队”与联合国军派遣部队一起，受到了由拉托洛瓦中校率领的苏联军“Zhar大队”的护卫，并开始了实战测试。勇哉驾驶装有试制99型电磁投射炮的94式二型机体出击。面对第一次实战，勇哉内心难以抑制焦躁的情绪。就在此时，BETA的群体突然出现了。然而，战况与预想中的完全不同，局势急剧恶化，甚至有全军覆灭的可能。唯依开始怀疑，苏联军是否有某种不为人知的企图。勇哉试图利用电磁投射炮扭转战局，并建议拉托洛瓦中校暂时撤退，但事情似乎并不如他所愿……

在勇哉和电磁投射炮的出色表现下，BETA群被彻底消灭，基地内的所有人都沉浸在欢呼和兴奋之中。然而，勇哉却无法像其他人那样高兴。他内心挣扎，认为真正取得胜利的是电磁投射炮，而他自己并没有做出什么贡献。苦恼的勇哉决定卸下电磁投射炮，向唯依提出请求，希望能提前进行近战格斗的实战测试。唯依感受到了勇哉作为测试驾驶员的强烈信念，尽管她理解他的热情，但却无法立刻答应他的请求。就在这时，电磁投射炮由于未知原因突然出现了故障，无法继续使用。而BETA群体再一次现身，威胁重新逼近。此刻，勇哉将不得不面对没有电磁投射炮的战斗，而他的近战格斗能力即将受到严峻的考验……

军团规模的BETA正通过地下入侵，逼近基地，战况危急。由于没有任何增援，联合国军决定从基地撤离。然而，撤离行动将优先保障人员安全，各部队不得不放弃现有装备，正如桑德克所说的那样。此时，伊布拉西姆敏锐地察觉到，苏联军的真正目标是99型电磁投射炮。另一方面，唯依正在前往存放电磁投射炮的机库途中，与文森特会合。在伊布拉西姆的提醒下，两人意识到苏联军的阴谋。唯依认为，既然无法让电磁投射炮落入苏联军手中，那唯一的选择就是将其彻底摧毁，避免最高机密被接收。然而，执行这一计划意味着放弃宝贵的技术，情势愈加紧迫……接下来，唯依和文森特必须迅速做出决定，采取行动。他们该如何在危急关头做出正确的选择，以保全自己、保护联合国军的利益，同时阻止苏联的野心？

唯依决定通过摧毁电磁投射炮来防止其落入苏联军手中，但当前的条件下，使用爆破手段无法完全破坏这台装备。于是，她想到了一个大胆的计划：利用BETA的习性，BETA总是优先攻击高性能电脑和人类的组合。她打算亲自进入电磁投射炮内部，作为诱饵，引导BETA将其破坏。然而，为了让BETA能够成功摧毁电磁投射炮，唯依需要首先破解其机密部分的保护装置，并打开相关的舱门。为此，她将开锁的任务交给了山本下士。然而，时间紧迫，BETA正源源不断地侵入机库，威胁愈加迫近。在这种危机四伏的情况下，唯依和她的队伍必须在短时间内完成这一高风险的任务，否则不仅电磁投射炮将落入敌手，他们的生命也将岌岌可危……

唯依在危急时刻被勇哉救下。然而，格纳库周围的BETA如同被吸引一般迅速聚集过来，形成了巨大的威胁。勇哉驾驶着94式二型，载着唯依开始撤离，但BETA的攻击毫不留情，紧追不舍。战斗中，94式二型受到了严重的损伤，无法继续全速行进。此时，勇哉将唯依转移到史黛拉的“攻击鹰”上。史黛拉提出一个大胆的计划：通过长距离跳跃飞越BETA的群体，以摆脱追击。然而，94式二型的动力系统却因为损伤而无法提升输出，面临着无法完成跳跃的危机。现在，时间紧迫，勇哉和史黛拉必须迅速想出解决方案，否则他们将陷入被BETA包围的绝境。接下来，勇哉和史黛拉将如何突破困境，完成这场生死一线的跳跃？

被BETA包围的勇哉，得到了赶来支援的“Zhar大队”的救助，脱离了危机。然而，紧接着空中来袭的轰炸机发动了空袭。这是苏联军企图连同BETA一起消灭所有证据的行动。在被卷入轰炸的瞬间，突然响起了激烈的激光警报。随之而来的光束击落了轰炸机和战术机。在这片区域中，原本未曾确认存在的激光级BETA突然出现了。拉托洛瓦对幸存的部下们下达了执行激光级BETA剿灭作战（Laserjagd）的命令。

在育空基地，为了让各国的战术机开发部队相互评估与磨练实力，BlueFlag演习开始了。这是以战术机之间进行的人对人模拟战斗锦标赛。“Argos小队”的成员们一边观看“Bao-Feng小队”的战斗，一边怀揣着各自的想法。另一方面，那天晚上在北极星号上，为了慰劳堪察加远征的成员们，举办了一场庆功宴。在史黛拉的提议下，唯依为勇哉准备了一道料理，而这正是勇哉记忆中深刻的菜肴。在和谐的氛围中，统一中华战线的“Bao-Feng小队”中尉崔亦菲突然现身。她似乎对作为卫士的勇哉颇有兴趣……

出现在勇哉和克丽斯嘉面前的是美国陆军“Infinities部队”的里昂和夏隆。勇哉与他们之间似乎有着一段不浅的过往因缘。BlueFlag演习的“Argos小队”首战的对手正是由崔亦菲中尉率领的统一中华战线“Bao-Feng小队”。亦菲对在堪察加州创下世界纪录级别BETA击杀数的勇哉心怀竞争。在简报会上，勇哉建议勇哉向亦菲提出决斗的挑战。然而，克丽斯嘉和伊妮亚在首战中展现出了压倒性的实力。但桑达克中尉察觉到了他们的同步出现了微小误差，便开始寻找问题的根源。

克丽斯嘉在调整槽中做了一个梦，梦回到她小时候在苏联研究设施里的记忆。那是她与伊妮亚相遇的场景，以及与桑达克的过往。另一方面，被勇哉击败的亦菲完全迷上了他，甚至自作主张地宣称：“如果我战胜‘Infinities部队’，我们就去度蜜月吧！”这让勇哉和唯依十分困惑。随后，“Bao-Feng小队”与“Infinities部队”的比赛结果也揭晓了。之后，勇哉收到克丽斯嘉想要谈话的邀请，他便与伊妮亚三人一起前往了利尔佛特。克丽斯嘉坦言，每当她想到勇哉时就无法集中，这让她担心自己会在任务中表现失常。焦虑不安的克丽斯嘉试图询问勇哉，这一切究竟是怎么回事，但话到嘴边却犹豫了……

勇哉与里昂的恩怨源于勇哉在美军服役期间，参与猛禽战机开发计划时发生的事故。随着BlueFlag演习中的对决日益临近，两人都开始回顾过去，并面对现在的自己。勇哉向克丽斯嘉坦白了自己的过去，而克丽斯嘉则出乎勇哉意料地提出了一个不同的见解。与此同时，桑达克对与勇哉接触的克丽斯嘉进行监视，并收集数据。而亦菲则找到了唯依，表示有话要说。在这场复杂的情感交织中，每个人的心意都在错综变化中流转着……

沃尔森上尉对于BlueFlag演习中卫士们只执着于胜负，不断激化彼此敌意的现象感到担忧。他认为应该以有意义且健康的方式来化解这种风潮，于是制定了一个亲自策划的宣传任务，并要求各个试验小队执行。这项任务包括徒步行军到指定坐标以及随后举行的国际交流会。“Argos小队”在阿拉斯加的森林中前进。平日里未曾细细感受过的这片大地上依旧保留着丰富的自然景观，让勇哉等人一边行进，一边不禁沉浸在自己的思绪中。然而，随着他们深入丛林，忽然闻到了一种奇怪的气味，并隐约听到了一阵令人不安的笑声……

“Argos小队”即将迎战“Infinities部队”，但仍未找到破解猛禽战机隐身功能及其驾驶员里昂等人高超能力的办法。此时，亦菲出现并表示愿意作为对抗无限部队的模拟战对手。对于“Argos小队”来说，这是一个难得的机会。然而，亦菲提出了一个条件：她要和勇哉约会一天！？与此同时，育空基地内外的民间配送业者活动频繁，基地内的宪兵（MP）也开始显得不安。这一切似乎预示着即将发生的惨剧。

勇哉、塔莉莎和亦菲三人在娜塔莉自我牺牲的行动下，成功从恐怖分子手中逃脱，并与“Argos小队”的成员汇合。同时，唯依也和克丽斯嘉一起抵达了机库。唯依下令所有战术机出击，并前往斯卫军的机库准备登上武御雷。克丽斯嘉和亦菲则准备驾驶备用机——攻击鹰出击。面对逼近的恐怖分子战术机部队，“Argos小队”在没有实弹装备的情况下，必须迎击敌人……

勇哉决定独自一人迎击由吉赛尔率领的24架战术机部队。唯依选择相信勇哉，将任务交给他，随后与克丽斯嘉、塔莉莎和亦菲一起前往基地。勇哉不断击落敌机，但最终因数量劣势而被包围。在育空基地的司令部大楼，易卜拉欣与瓦伦丁（梅丽姆）对峙。瓦伦丁请求易卜拉欣与他们合作，而易卜拉欣则回忆起自己曾为拯救难民而战的过去……

补给完成后，勇哉等人开始执行桑达克的计划，目标是夺回被占领的司令部和通信中心。虽然设施的制压任务由美苏特种部队负责，但为了确保他们的渗透路线，必须先排除敌方战术机部队。克里斯托佛驾驶的金雕给勇哉带来了极大的困扰。同时，BETA正在蹂躏利尔佛特的街道，迫使他们不得不同时对抗战术机部队和BETA。唯依回忆起过去在京都经历的惨剧，愤怒中激发了斗志，但局势依然严峻……

克丽斯嘉和伊妮亚为了保护勇哉，解放了限制解除的Prafka。然而，由于克里斯托佛启动的装置，她们被施加了强烈的暗示，陷入了洗脑状态，局势因此朝着意想不到的方向发展。勇哉终于赶到了唯依等人所在的地方，但眼前的景象令他震惊。为了不让勇哉知道金雕的驾驶员是谁，唯依故意说道：“这是敌人。”勇哉能否成功拯救她们呢？