经过查证，凯撒才知安东尼埃罗受罗维里指使。露克蕾莎对父亲施救，使其保住性命。凯撒来道明会抓捕罗维里，罗维里已逃走。鲁弗斯以教皇一职为诱，想让阿斯卡尼奥归顺斯福查家族。罗维里混进红衣教士队伍，企图说服枢机主教们产生异心，被凯撒抓住。鲁弗斯买通宫中侍女，派人夜间行刺波吉亚家人，被凯撒和米凯莱托挫败，阿斯卡尼奥最终选择效忠教皇。同时，罗维里也从宫中逃出。

卡特琳娜与波吉亚家族的仇人结成同盟，欲铲除波吉亚。波吉亚命凯撒到城外找到与卡特琳娜结盟的家族，又让阿斯卡尼奥铲除枢机主教内不忠之人。那不勒斯国王斐迪南不同意乔瓦尼入住本国，露克蕾莎向凯撒求助。波吉亚借指认教内卡特琳娜的同谋，免去了心存异心教士的职务，将他们的财产充公并赶出罗马。其中一个枢机主教借向波吉亚忏悔之际刺杀他，波吉亚最终将其杀死。

在茱莉亚的推荐下，其哥哥法奈斯成了主教。波吉亚让茱莉亚想办法，重塑教内团结及衷心。斐南迪得知阿尔方索未同妻子圆房，他威胁波吉亚，并亲自观看阿尔方索夫妇圆房。茱莉亚举办淫乱派对，以求得教内团结。波吉亚欲筹集资金，发动圣战帮助威尼斯赶走土耳其人。波吉亚命凯撒前往法国。比安卡私会波吉亚，鲁弗斯通知了贡扎加。贡扎加向波吉亚请求解除婚约，并当众指责其与妻子有染。

在米凯莱托护送下，露克蕾莎来到了那不勒斯。欢迎晚宴上，露克蕾莎故意提到小乔瓦尼，斐迪南趁机羞辱她。凯撒顺利完成父亲交的任务，并与法国成功联姻。比安卡告知波吉亚她已经怀孕，但经诊断其并未怀孕，比安卡精神出了问题。露克蕾莎想毒死斐迪南，被米凯莱托阻止。波吉亚命人强行带走比安卡，途中她居然逃脱，在混乱中自杀。米凯莱托将斐迪南推进有食肉鳗的池塘，斐迪南被咬死。

小乔瓦尼被接到了那不勒斯。波吉亚对儿子带来一支法国军队震怒，在凯撒劝说下同意其北伐。犹太人献上朗基努斯之枪，换得在罗马的入住权。凯撒向维泰利展示了自己的军队，说服复仇者联盟的成员投奔自己。卡特琳娜给教皇写了封和谈提议信，鲁弗斯将带瘟疫的布放在信盒里，卡斯坦佐主教擅自打开了信。贝尼托暗中探得事情有变，凯撒至米兰后发现此地已成空城。就在此时，卡斯坦佐的侍从染上了瘟疫。

法王占领了米兰，命令凯撒抓住在逃的卢德维科公爵。凯撒探望染上了瘟疫的卡斯坦佐，并烧毁了他的宅子。卢德维科想以贝尼托换取一张通行证，凯撒不顾波吉亚命令杀了二人。那不勒斯，拉斐尔和弗雷德里克兄弟展开皇位争夺战。为保护家人，露克蕾莎相助对自己友善的弗雷德里克取得皇位。卡特琳娜派来的探秘者帕斯卡接近了米凯莱托，并随米凯莱托来到罗马，米凯莱托为其打造爱巢。

大批朝圣者在禧年圣会涌入罗马，波吉亚借他们的赎罪大赚了一笔。卡特琳娜为子报仇，伪造出圣物将朝圣者吸引到马诺里。卡特琳娜得到情报，凯撒正前往马诺里。凯撒同米凯莱托来到马诺里的山洞，发现圣物是假的，洞内被安置了炸药，两人死里逃生。米凯莱托在地板下发现了帕斯卡的信件，同凯撒破解了其内容，竟发现卡特琳娜与弗雷德里克结盟了。在那不勒斯，遭到囚禁的露克蕾莎求助于森林女巫。

米凯莱托杀死帕斯卡后不告而别，离开了罗马。露克蕾莎在宴会的酒中下了迷药迷晕众人，夫妇俩和孩子逃出那不勒斯。凯撒营救途中遇到露克蕾莎，兄妹紧紧相拥。波吉亚命犹太人乔装成基督徒，几乎买断了所有的硫磺，致使对手制造火药的原料紧缺。凯撒发现硫磺紧缺，派手下追踪到了囤积的硫磺仓库，才知是父亲所为。凯撒质问父亲为何不信任自己，在犹太人的开导下，波吉亚决定重新信任凯撒。

凯撒以那不勒斯为交换，让法国帮自己攻下弗利，并商议命露克蕾莎当摄政女王。凯撒明里率教皇卫队前往弗利，实则暗中派法军先行一步。卡特琳娜研究作战方案时，法军已兵临城下。弗利城久攻不下，米凯莱托现身，告诉凯撒攻城之计。凯撒凭计攻破弗利，阻止了欲自杀的卡特琳娜。凯撒探监鲁弗斯，让他杀了阿尔方索。阿尔方索挑衅凯撒，争执间凯撒误伤了他。为免去丈夫的痛苦，露克蕾莎毒死了他。