那时，是迎接宇宙时代的近未来。人类想要更丰富的资源，组织了SPACE MISSION（宇宙任务）的专门集团「ZAP SPACY」,向着银河深处前进。

召唤了哥莫拉，将雷德王击退的谜之少年「雷」，日向队长想打听行星博利斯到底出了什么事。但讨厌和ZAP合作的雷，逃走躲起来了。去搜索的日向等人继续遭遇了原始怪鸟利特拉、巨大植物究兰等大怪兽们。并且在修理盘龙号时陷入苦战的ZAP的面前哥尔赞和泰莱斯通。4个船员们在一筹莫展的紧急关头，雷出现了，那时，雷采取了行动？

有了哥莫拉和利特拉的雷，丧失了过去的记忆。持续同怪兽战斗的他的脑海中，不断浮现着神秘的岩石中的巨人姿态的片段。日向邀请他作为盘龙号第5位船员。是为了借助同怪兽战斗的雷的力量，并与他交换帮助找回失去的记忆。但是，副船长榛名一直对雷警戒着，而且还非常反对。由于又遭到了神秘的极光的影响，盘龙号的雷达发生了异常。看不见的透明怪兽正威胁着盘龙号……

结束了辅助引擎的修理，总算能够飞行的盘龙号。日向指示向着当前的目的地，行星博利斯首都本拉鲁高城另外也是资源输送基地前进。但那里没有生存者，而且基地也正在被惨遭破坏。是吸尽了资源能源的宇宙大怪兽贝蒙斯坦干的！榛名鲁莽地驾驶「龙急速号」对抗贝蒙斯坦！向着破坏了的资源输送基地的飞去的榛名的想法是…？

行星波利斯的首都，贝拉尔古城已经毁灭了。为了搜索而降落的盘龙号一行人，救出了唯一幸存者，女性研究员梓真希。同时，似乎有某个人逼近雷，向他挑战进行大怪兽格斗的谜之声音的样子。在那里，突然出现了火焰哥尔赞！火焰哥尔赞是能量提升的超古代怪兽。雷召唤了哥莫拉对抗，但超振动波被弹了回去，靠强力的超音波光线连射的火焰哥尔赞将哥莫拉击倒了......雷和哥莫拉陷入危机关头出现了谜一样的声音的正体是？

贝拉尔古城的幸存者，和梓真希的原形一样，使用战斗仪召唤怪兽的，是凯特。由于凯特的阴谋，使得雷独自离开了盘龙号，来自地中的古代怪兽双尾怪袭击了过来。雷用利特拉应战，…同时在盘龙号内，表现出使用怪兽本性的凯特，对熊野袭击，隐岐也被带走了。召唤出奇兽眼Q，雷再次接受凯特的挑战目的是？另外，一群岩石怪兽萨德拉正在逼近盘龙号…！那时，是迎接宇宙时代的近未来。人类想要更丰富的资源，组织了SPACE MISSION（宇宙任务）的专门集团「ZAP SPACY」,向着银河深处前进。

雷和榛名乘坐龙急速号，突然，被神秘的时空能量卷进，被迫降落。日向等人前往迫降点搜索，那个地带因空间歪曲发生了怪兽出现的怪现象。日向等人与雷会合，进入了某建筑物。那里，有ZAP的研究设施，为何雷有似曾见过的印象。在瓦砾中，雷发现了相片中少女的挂件。那个少女的面貌，也让雷残留的记忆…并且，从设施那里带回来的映像数据中，解开了为何变成怪兽无法行星波利斯之谜，那留下的惊人记录是…！

靠着空间盘龙号的队员们的合作，击破了向行星博利斯召来怪兽的四次元怪兽布鲁顿。但是，布鲁顿为何要召来怪兽呢？操纵怪兽的凯特的正体和真正的目的是什么呢？另外，残留下来的记录映像和布鲁顿一起出现的婴儿到底是什么？为避免引起行星大规模的灾难要将艾雷王引出来，盘龙号和哥莫拉共同作战展开了…！

靠着雷和石之巨人的不可思议的感应能力，接收到了微弱的救难信号的空间盘龙号认为有生存者存在，发信源是文森特岛被作为目标。但是，突然受到来自正体不明的4架圆盘编队的攻击，盘龙号沉没于海中。熊野相当拼命的进行修复作业，但是，发动机遭受到严重损坏的盘龙号因不能确保必需的电力引擎不能启动。在海底不能活动的盘龙号，凶暴的巨型鱼兽佐亚穆鲁奇迫近着。雷利用新捕获的宇宙怪兽艾雷王对抗！结果，空间盘龙号能否从海底逃脱？

从海底平安逃脱的空间盘龙号在达文森特岛着陆。发送救难信号的，是和盘龙号同型舰体「喜龙号」。结果发现了幸存者！但是，喜龙号不能飞行了，如果不修理盘龙号的主要发动机，也不能从行星波利斯逃脱。为确保修理必要的物资，盘龙号前往古朗克布补给基地。在那个被放弃的无人基地，再生怪兽莎尔曼多拉、满月超兽鲁纳蒂克斯、圆盘生物挪巴正等着！并且，将盘龙号打落海底的4架圆盘编队飞来了，大混战开始了！

靠着卡伦的指引，雷和石之巨人即奥特曼见面了。石化后，奥特曼一边保护着幸存者，一边在文森特岛张开结界不让怪兽靠近。但是，那种效力逐渐变薄，他的生命也即将消逝…雷从奥特曼那里接受到微弱的讯息。「从怪兽手里保护人们，逃离这颗行星，这是我最后的愿望」。那个时候，宇宙恐龙杰顿出现！是凯特操纵的最强怪兽。最大规模的大怪兽格斗开始了！那期间，ZAP SPACY的救援舰队也将快要到达行星波利斯。正当大家为此高兴的同时，黑色的机器身影正靠近那支舰队…预想不到的危机正在迫近！

跟宇宙恐龙杰顿的对战，力量竭尽的雷。凯特告知的许多事情打击着他…奥特曼封入岩石的事，是以前君临宇宙的「雷布拉德星人」的力量所为。雷继承了雷布拉德星人的遗传基因，是背负着操纵怪兽持续作战宿命的被称呼为「雷奥尼克斯」的能力者。知道了自己出生的秘密，雷独自苦恼着。另外，被黑色KING JOE的攻击使得救援部队全军覆灭，行星波利斯的人工太阳正开始向着大气圈落下。人工太阳一旦爆炸将烧尽地上所有的东西…逃出行星的时限正一刻一刻迫近着。盘龙号的船员们和幸存者们拼命修理着宇宙船。接着，雷与哥莫拉一起，面临与凯特的杰顿的最终决战！接着帷幕拉开，真正的「雷奥尼克斯战斗」！雷能否抵得过宿命，救出不可替代的朋友们吗？