人族と灰猿人（マカク）族や豚人（オーグ）族が争う世の中で、少年カイは戦場でなんとか生き抜いていた。ある日ふいに、「火魔法」という不思議な記憶が蘇る。カイにとって身に覚えのない記憶だが、もしこんな力が使えたらとなんとなく思っていた。そんな中、オーグ族の敵襲があり、戦場に駆り出されたカイは、戦闘中に負傷してしまい、1匹のオーグに追いつめられてしまう。

エダ村の墓所掃除から無事、ラグ村に帰ることができたカイとジョゼ。カイはマカク族との戦闘の活躍により、村のみんなから一目置かれるようになり、一方ジョゼは、己の未熟さを痛感し一層鍛錬に取り組むことを決意した。ふと、どこからともなく、鳥の声が聞こえてきたカイは、「谷に、行きたい…」と思い、夜中、こっそり村を抜け出し、しばし谷で過ごしていたところ、小人（コロル）族と名乗る者たちが近づいて来たのだった。

谷へ攻め込んできたオーグ族を一掃したカイは、加護持ちのオーグ族の神石を取り込んだ影響で気を失っていた。目が覚めると、コロル族のアルゥエが必死に看病をしていた。谷に誰も近づけたくないカイだが、コロル族のある願いを条件付きで許すことにした。村に戻ったカイは、領主のヴェジンより模擬戦の相手に指名され挑むこととなってしまい、本当の力を知られたくないカイは、神紋が浮かびあがらないように力を抑えつつ戦うが――

巡察使ガンダールが村に視察に来るため、村人は準備に追われていた。ガンダールは贅沢な食べ物や女性を要求し村人を困らせるが、村の存続のため村人は苦しくも耐えていた。一方、大僧院"マース"より派遣されたナーダという僧も、ラグ村を訪ねてきたのであった。その目的は、かなり大規模なオーグ族の侵攻の可能性があるため調査をしにきたと――しかし、実は本当の目的があり、それを聞いたカイがとった行動とは！？

不穏な気配にオルハ一行が周辺の森に分け入ると、隠されたマカク族の砦が発見された。一方、1人谷へ向っているカイは大軍の足跡を発見し、急ぐところコロル族と遭遇。ポレック一行も危機を感じていた。すると、オーグ兵と遭遇し、その中にひときわ巨大な鎧武者・六頭将（リグダロス）の1人アドゥラカーンがカイ達に立ちはだかる。そして、裏ではナーダが何かを確信して動き出した。

カイは、六頭将（リグダロス）の1人アドゥラカーンの神石を取り込んだことで、谷に異変をもたらすほどの影響があり、自身の力の使い方に困惑する。一方、原因不明な痣が浮かびあがりジョゼは倒れ込んでしまう。それは墓石に"呪い"を打ち込まれたことが原因だった。村でもオルハに同様の痣が発現していた。ヴェジンの指示で、カイはナーダと呪いを解くため、二人墓石へむかったのだが、そこでナーダが――！？

ナーダの襲撃に合い、カイは致命傷を負ってしまう。そこで、ある真実を聞かされることになり、抵抗するも意識が朦朧としていくカイだった。そこで、突如加護持ちのマカク達が現れ応戦することになった。カイは負傷しながらも自分の信念のためナーダと共闘し立ち向い、神の力を持つ者として責任を果たそうと決意する。一方、村でもマカク族からの襲撃に合い、なんとか凌いでいたところ、ガンダールが思わぬ行動をとってしまう。

村に攻め込むマカク族をヴェジンが圧倒的な力で迎え撃つが、次から次へと攻め込むマカク達に劣勢を強いられていた。すると、病に苦しんでいたオルハやジョゼも戦いに参戦することに。カイも村の援軍に間に合い応戦していた。エルサの妹から姉が居ないことを聞かされ、村の門を開け、外へ逃げたガンダールが、エルサを連れ去ったことを聞いたカイは二人を追う決意をする。しかし、エルサに予期もせぬ悲劇が起こってしまう。

ポレックの処置により、エルサの病状も一時落ち着くが、まだ予断を許さない状況が続いていた。すると、谷にマカク族首領のトルードが現れ、カイにとある願いがあると言う。村を襲った理由がそこにはあったのだ。しかし、村への襲撃やエルサの一件で気が立っていたカイは断ろうとするが、ナーダの言った事や、「調停神」としての使命をポレックから諭されカイ自身、神の力・使命を考えるようになり、承諾することにした。

マカク族の住処へ案内されたカイは、大首領アブリドルからマカク族の悲劇的な過去やディアボが何者かを伝えられる。 カイは出発前にジョゼとの約束を胸にディアボ討伐を決意し、大営巣へ向かうことに。そこにはマカク族の王族の1人ゼイエナが、北の守り神の神狼（デウ・ロー）を連れ、ディアボに立ち向かい挑んでいた。ゼイエナにはなんとしても悪神を討ちたい理由があった。 カイも戦いに参戦すると、また谷の神の声が聞こえてきた。

ディアボに飲み込まれたカイは、脱出しようと試みるが、命を徐々に吸い取られ、次第に力が弱まっていく。すると、意識の遠くから谷の神が語り掛けてきた。もがくカイに「知らない記憶」が蘇り、脱出する手段を思いつく。ディアボとの戦闘は熾烈を極め、カイとゼイエナらは苦戦を強いられる中、ディアボから不気味な声が響き渡った。カイの帰還を願うラグ村の一行や谷で待っているアルゥエ、そして、エルサの命は--。