工藤新一是高中生名偵探，因為他的機智與推理能力，幫了警方不少的忙，所以也被稱為日本警察的救世主。新一和小蘭相約到遊樂場玩，沒想到卻在快速滑行車遇到了殺人事件，在新一的機智推理之下，自然又是協助警方破了這個案子。可是當新一目睹另外一樁犯罪事件的時候，卻反而被壞人灌入當未做測試的毒藥，不過他並沒有死，但是卻變成了小朋友，也就是江戶川柯南。

新一因為喝下尚未成功的毒藥，身體變小了，雖然身體變小，但是推理能力仍然存在，於是求助於阿笠博士，阿笠博士又將他委託給小蘭照顧。也因此，他幫助了毛利小五郎順利的偵破他半年來的第一件工作，董事長千金的誘拐事件。

知名女星沖野洋子遇上跟蹤狂，求助於毛利小五郎的偵探事務所。柯南與眾人一起前往她的公寓，卻在那發現一具屍體。

元太在美術館前面，撿到一張畫著暗號的地圖，他們一致認為那是藏寶圖，經過柯南的推理及一波三折，終於找到了金幣的藏匿地點。但是，這時候義大利的強盜集團也出現，指稱那些金幣是他們所有，柯南他們也因此陷入危機。最後關頭，柯南再次展現他的機智，不但死裏逃生，更將強盜集團一網打盡。

毛利小五郎帶著小蘭和柯南，搭乘新幹線準備去京都參加朋友的婚禮。柯南看到了黑衣打扮的男人，結果是認錯人了。但是，卻也因此發現了一宗爆炸案的陰謀。為了要阻止這場爆炸案，柯南使出了渾身解數，甚至都要向小蘭表明自己的真實面目，結果，終於在最後一秒鐘，解除了危機。

動畫原創，園子和小蘭被邀請到皆川家參加情人節派對，柯南悄悄跟隨卻被發現。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關谷香的巧克力，又對直道和若鬆冷嘲熱諷，狀態不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節製造了慘劇？

小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，於是前往毛利偵探事務所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫生工作的醫院調查過程中看到柯南翻閲病例的小蘭對柯南的懷疑也進一步加深。最後柯南在千鈞一髮之際成功救了小川醫生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

城中美術館冒出中世紀盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣打算一探究竟，沒想到卻意外地發現美術館在一週後即將關閉。而購買美術館的購買者真中計畫將這裏改造成飯店。小蘭一行在參觀地獄館的過程中發現真中被釘在牆上，而在回放錄影的時候發現竟然是展覽的盔甲將真中殺害！但在回放了錄影帶和勘察現場之後柯南發現了犯人的犯罪手法並找出了真兇。

柯南和小蘭在參加天下第一夜祭時碰到了作家世井，他讓小蘭幫忙拍了幾張照片，這時，橫溝警官找到世井説他的朋友今竹被殺，大家一起趕往犯罪現場，期間，世井用自己的文稿代替今竹的交給了《文藝時代》的記者，種種跡象表明世井就是兇手，可讓人棘手的是此人有不在場證明——相機里那些照片，仔細推敲後柯南發現了其中的破綻。

某天自稱是新一女朋友的量子前往毛利偵探事務所，此舉引起了小蘭極大的反感。其實量子被拜託看護著名足球員赤木英雄的弟弟赤木守，小守竟遭綁架！迫於綁匪的壓力量子不敢驚動警察才出此下策。在小蘭拜訪量子的時候柯南發覺了量子的難言之隱以新一的身份打來了詢問電話。在柯南的推理幫助下終於找到被綁架的小守而英雄也在得知弟弟被找到後完美的贏得了比賽。

麻生圭二的人邀請來到月影島，打聽之後得知此人十二年前就在貝多芬的《月光》曲中詭異死去，至今島上還流傳著關於鋼琴詛咒的流傳言，因為前任村長就是死在鋼琴旁。柯南等人來的當天，正趕上前任村長的法事，突然鋼琴聲響起，大家衝進琴房後，看到的是資產家川島先生的屍體。暮目警官到達的當晚，現任村長也被人刺死，身旁還留下了音符的暗號。

柯南和步美他們一起玩捉迷藏的遊戲，步美躲在一輛車的後車廂中，沒想到竟然睡著。元太一直找不到步美，最後柯南終於用無線電和她聯絡上了步美，但步美卻在車的後車箱中發現了一個人頭！剛好此時有件聯續綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個男人就是那個事件的歹徒。為了救出步美柯南透過步美的描述利用滑板開始追蹤步美。最後柯南成功追上了步美但所謂的聯續殺人犯卻是誤會一場。

【魔改主線劇情】阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務所找爸爸的雅美手錶上，根據女孩提供的資訊柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應就此結束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔心雅美有危險，柯南利用追蹤器找到了一個高大的男人並非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事並非尋人那麼簡單，深入調查過程中，又出現了一樁命案。

動畫原創，柯南和小夥伴們在河裏抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，並看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之後，柯南和夥伴們在對面的樓頂找到了留有 3135134162 數字的計算器，之後柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的 162 就是指 162 國道，找到相應的路段後，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正意義。

少年偵探團幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室裏發現屍體，柯南趕緊叫來警察調查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南衝進浴室卻發現屍體不見了了，而這個大叔卻表示什麼都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家並幫忙一起尋找，經過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團在夜裏繼續調查，柯南一人潛入，卻遇到了危險…

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之託，調查太太丸稻子是否有外遇。結果遇到傳次郎有客人來拜訪。但過去兩三個小時仍然不見傳次郎的蹤影，在進入的房間後發現傳次郎已經被殺害！而房間的牆上也不滿了劍痕。經過調查後犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來拜訪傳次郎的客人中。最後透過勘察現場柯南發現了死者留下了死亡訊息並最終找出了犯人。

動畫原創。少年偵探團到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場裏的假面超人簽名被關在了已經打烊的店裏。誰知外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衞和工作人員！看似單純的強盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強盜集團的少年偵探團正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團的孩子們成功的化解了百貨公司的危機。

柯南和小蘭受邀請一起去參加國中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶裏下毒來毒害松本的。在觀看了錄影之後柯南發現了犯人的目的，最後柯南讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

動畫原創。戶屋英子是服裝界的名設計師，但是她所設計的服裝卻搶先被其它的廠商發表上市。明明知道是她的秘書盜取商業機秘圖利轉售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特兒和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發現英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現場之後柯南最終發現了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認了自己的罪行。

步美某日經過傳説中的鬼屋，而且還看到屋內有鬼火！為了一探究竟柯南，步美，光彥還有元太一起出動來到這個傳説中的鬼屋。因為屋主被殺後家裏的其他人突然不知去向，於是許多鬧鬼的傳説就此傳開。但在柯南和少年偵探團的各位探查之後發現了鬼屋中真的有人居住著！在調查了屋子之後柯南終於發現背後真正的秘密。最後殺害房子主人的兇手也自首承認罪行。

動畫原創。小五郎作為顧問加入了洋子拍戲的劇組，拍攝結束後，小蘭找男主角那智簽名時卻看到了他被攝影師安西威脅場景。晚上大家其樂融融的回旅館聚餐，期間妙子曾回家取東西，她的未婚夫島崎外出賣煙，回到旅館後的妙子看到外出的安西神情充滿恐懼。小蘭和洋子外出買東西的路上，發現了死在神社的安西，柯南再次展現推理頭腦，找出真兇。

小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華遊輪，並遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武並將他關進倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發現了長孫女秋江丈夫的屍體，被禁足的小武也不見了蹤影。

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武，就在長女麻理子擔心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時，遊輪突然停電，隨之而來的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發現這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開，兇手真的是突然消失的小武嗎？

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫院檢查後，醫生説少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭痛而跑出飯店，突然有一輛車迎面開來，但少女靈敏被避開，調查過程中柯南發現這名女子身手矯正總能避開危險，她到底是什麼人？為什麼總遭到攻擊？

動畫原創。小蘭的同學直子被綁架，當歹徒發現有警察時，便拋棄交易開車衝進海裏，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔心。某日，小五郎突然接到不要在調查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗​​暗潛入直子家後聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不願花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在後車箱裏，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

動畫原創。某天，小五郎，當小蘭和柯南三人走到坂口家時，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然衝出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜託小剛在他出差的時候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調查坂口兒子正人自殺的事時，發現正人的自殺和小剛有關，坂口成為最大的嫌犯，但他到底下了什麼命令讓約翰攻擊小剛？

小五郎和他的大學同學在辯慶温泉旅館舉辦柔道社同學會，參見的人都是小五郎的死黨，大家一時興起決定在煙火大會開始前打桌球消磨時間，只有由美一人回房休息，煙火大會開始前朋友們考慮到由美的脾氣，便沒去打攪她休息，結束後，大家一起去由美的房間，發現的卻是由美舉槍自盡的屍體，經過檢查發現由美死於下午三點左右，也就是大家一起打桌球的時候。

經過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美並非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報仇親手揪出犯人，並將目標鎖定在阿淳、和志、行雄和紀子剩下的朋友中，這時，阿淳説自己曾在五點的時候看到過由美，案件出現了矛盾，死於下午三點的由美怎會在五點的時候出現，這到底是鬼魂還是兇手為了矇蔽大家採取的手段？

動畫原創。某天小五郎偶遇了大木田社長並把自己的名片給了他。之後的晚上大木田突發心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調查也來到大木田的家。在調查了現場之後柯南發現了大木田大量出汗的事實，而從現場外面的花和點心處發現了大木田死亡的真正的原因。之後柯南得知了社長和司機之間的矛盾後推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實身份並抓獲了犯人。

動畫原創。大名鼎鼎的巽律師找小五郎來飯店談事情，他希望小五郎能找到妻子外遇的證據。晚上，小五郎等人經過巽律師家時，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現場發現了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發生時他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明，柯南決定重回酒店開始調查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個。

小五郎錄製全日本偵探社的錄製節目時，製作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因為他是射擊高手，並且他曾在播放偵探短片的四分鐘內離開過攝影棚，但柯南怎麼也想不明白，他是如何在這麼短的時間內往返於九樓和四樓之間，在瞭解了大樓構造後，柯南終於明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎並藉來攝像機，向全國實況轉播了小五郎的推理秀。

得知小蘭要去約會，柯南死纏爛打的跟著一起去了咖啡店，為哄柯南迴家，小蘭外出買蛋糕給他。小蘭離開後，咖啡店里依序來了幾位客人，有兇巴巴的女人、花花公子、美女律師、大學生和大塊頭男士，正在猜測哪位是小蘭的約會對象時，廁所傳來慘叫，原來是兇巴巴的女人在廁所被殺掉，但在柯南和美女律師的推斷下，兇手浮出水面，之後柯南才知道小蘭的約會對象居然是…

動畫原創。阿笠博士帶著少年偵探團來到野外，並交給他們一張地圖讓他們去尋找寶藏，路上困難重重，但大家不畏艱險互相扶持，終於接近終點，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這裏有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個行跡可疑的男人突然出現，柯南採用智鬥將他們打到後，又發現了一個大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

小蘭受邀來到園子家的別墅，參加園子的姊姊綾子大學電影社的社員的聚會。被太田邀請在雨中散步小蘭，突然遭到神秘繃帶男的襲擊，還好柯南等人趕到小蘭才免遭傷害，大家決定報警可電話卻打不通，而門外的吊橋也被人砍斷，接著大家看到繃帶怪人擄走知佳子，並森林裏找了知佳子被肢解的屍體，深夜，繃帶怪人潛入小蘭房間，想要置小蘭於死地。

柯南為保護小蘭扭傷了腳，為安全考慮，大家決定集中到餐廳等待天亮。突然屋內停電，黑暗中，繃帶怪人再次出現攻擊小蘭，但被小蘭躲開。柯南根據目前找到的線索，確定兇手就是電影社員中的其中一人，在想通了兇手為何多次襲擊小蘭的原因後，他將園子麻醉，藉助園子之口，道出真相和兇手。

動畫原創。柯南要陪步美拔牙時，被葉子醫生婉拒。而當晚七點半不動產老闆中本被殺，發現屍體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動機，但由於步美的證詞，葉子有不在場的證明，因為她那時正在陪步美看七點半開始的假面超人。柯南一人在葉子家附近調查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，並且那副假面超人的撲克也成了重要的證據。

動畫原創。毛利偵探事務所來個叫典子的女人，她拜託小五郎幫她調查一個叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開後，柯南從典子的朋友那裏得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復仇，他趕緊打電話給小五郎，當大家趕北川住處時，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她拋棄復仇。

就在小五郎因跟蹤一個男人三天而大賺一筆高興時，電視上播報出一個名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰想此人正是小五郎跟蹤了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財產的阿部豐，可根岸被殺的時候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場證明，可這些沒能瞞過柯南的眼睛，他還是解開了阿部豐的「不在場證明」。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團董事長千金麗花慶生，宴會結束後，大家的車都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來陪她。當晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之後，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調致使停電，因此可以確定犯人是別墅裏的人，這時，麗花浸在水裏的屍體被發現。

麗花身上有被綁的痕跡，柯南在調查中扭開水龍頭的時候，發現水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之後，接下來就是找證據，柯南麻醉小五郎，藉助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脱下外套，更確定了自己的推測，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動機則源自兩年前。

畫原創。柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時，理事長室的優勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時，棒球隊主投小偉自首説這件事是自己做的，而他的母親卻説是她做的，柯南認為事情不會那麼簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細觀察了錦旗後，他知道了犯人是誰，並利用變聲領結將大家叫到理事長室揭露了兇手。

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團雷克斯的慶功宴，卡拉 OK 包廂內，大家都因雷克斯樂團將要解散而面露悲傷，在主唱達也演唱完《血紅的維納斯》後，中毒猝死，在場的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達也以前的樂團照片後，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。

【主線劇情】某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脱，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開後柯南按照那夥人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡曝露，面具人對他槍口相向…

【主線劇情】某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脱，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開後柯南按照那夥人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡曝露，面具人對他槍口相向…

動畫原創。女性實業家兒島鬱子在家中被殺，死的時候她身著睡衣臉敷面膜，在這個案件中有三名嫌疑人，TM 證券營業所的警衞泉、死者的女兒千尋以及屍體發現者吉岡，他們都曾在死者生前與她見面，泉可以暫時排除嫌疑，因為案發時他正好碰見小五郎，可千尋卻説他有殺人動機，三名嫌疑人陷入了互相揭露動機之中，「兇手的指針」在他們三人徘徊，可真相只有一個。

大家一起去滑雪的時候，小五郎弄丟了別墅的鑰匙，三人正愁沒地兒住的時候，醫科大學的大山教授認出小五郎並邀請他們去自己的別墅，並正巧碰上了大山教授學子們的聚會，期間，中原驅車下山買下酒菜，趁這個機會大家也都各自活動，可中原回來後，卻發現大山教授被殺，柯南在現場根據教授留下的線索找到兇手。

動畫原創。當柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發生爭執的一幕，而體育俱樂部負責人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當晚，小五郎接到目暮警官的電話説西條死亡，因為沒找到什麼有用的線索，警方準備以意外死亡結案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人並從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

【主線劇情】某日，偵探事務所來了一名不速之客，關西高中生偵探服部平次，他此次前來是要找工藤一較高下，這時，達村外交官的夫人前來拜託小五郎調查兒子的女友幸子，跟著夫人一起來到府邸時沒想到正好碰上達村外交官被人毒殺的現場，而且這是一件密室殺人，服部找到破案線索並成功破解了密室殺人的手法，而柯南卻因感冒喝下服部給他的白乾酒發高燒昏倒身體異常痛苦。

【主線劇情】小蘭找來醫生時，卻發現柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現場，而服部已經開始了對兇手的指認，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動承認，這時，工藤新一出現，他推翻了服部的推測，並對兇手重新指認，服部甘願認輸，警方帶走兇手後，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭説句話就躲了起來變回柯南，休息了三天後，他意識到老白乾是讓他恢復原形的方法。

柯南在朋友們去圖書館做讀書報告時，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋後離開。但少年偵探團留到夜晚做深入調查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開後，大家發現館長在利用圖書館進行販毒交易，當他們找到被館長殺害的玉田的屍體時，沒想到館長也發現了他們，少年偵探團能否順利脱險？

動畫原創。因洋子推薦慈善高爾夫大會，小五郎抓緊練習，而在高爾夫球場還有其他一行人打球，分別是某開發部的經理橘、課長安井、主任大久保和社員南，橘和安井的技術非常好，安井將球打完後，休息了一會兒便離開了，這時，球場突然發生爆炸，橘死亡，除離開的安井外，其他兩人均受傷，小五郎順利的推理出兇手就是安井，但柯南確認為真兇另有其人…

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這裏除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳説。第二天，寬念在修行的房間發現了主持被吊在房樑上的屍體，而同樣的事情曾在兩年前也發生過。

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發現不動產社長井本被殺，經過排查，犯人鎖定在了曾經賣漁具的寺澤、來借錢的土橋和協商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發現了兇手的法案手法後，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網。

【主線劇情】柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩遊戲的發布會時，碰到了遊戲製作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李後，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，並從中得知此人和黑衣組織有關，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理後，柯南發現這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的黑衣組織的線索？

動畫原創。委託人表示感謝，招待小五郎三人温泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫生佐藤、伊達，期間伊達曾生氣離開。在換乘休息的途中，警方在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發現屍體，柯南洞察到伊達神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎麼樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

動畫原創。清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在屍體旁邊發現了一個沒有指紋的口風琴，柯南認為這並不是簡單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長中山的辦公室進行調查時，這裏的監視器引起了柯南的興趣，在對監視器進行了簡單的操作後和攝影內容簡單回查後，兇手浮出水面。

【主線劇情】柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團，但這次旅行的主辦人旅店的老闆金谷，被人鎖在車裏推下山崖還引發的爆炸，而被孤立無法與外界聯繫的旅客，因為不希望再出現死者，都集合在旅店房間裏，説自己已經知道兇手是誰的綾子，在車庫裏爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

【主線劇情】兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發現兇手就在屋內，並且否定了兇手是老闆的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應，對柯南產生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老闆和綾子的手法。為了保護自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉説出真相，讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

動畫原創。少年偵探團在兒童跑腿活動中，扮演活動紀錄。一行人跟在兒童小宏後面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進過，一幢將要拆掉的廢棄大樓裏，小宏在躲過了兩次人為製造的意外後，被人擄走，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，並在地下室找到了小宏和一具屍體，這時，兇手將少年偵探團關到樓中，而外面拆除大樓已經開始，少年偵探團能否逃過一劫？

小五郎應畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時花岡出現，與此同時，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話説要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現場時蝶野已死，而這個看似自殺的案件其實是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時，花岡正和大家在一起，他到底是怎麼做到的？

動畫原創。七年前載滿相當於十億日元金子的龍神號，突然出現在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長三上邀請小五郎來演講，而他的真正目的是拜託小五郎找到金子的所在。演講時，小五郎差點喪命講台，兇手很有可能是島上的守衞濱田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識。當晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害濱田的兇手。

動畫原創。就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和濱田的屍體上發現的有力證據幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當大家要暗中逮捕上原時，木下出面説自己去勸他自首，五分鐘後，屋內響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到龍神號調查並和鈴一起進入海軍山洞，卻在這裏發現上原的屍體…

這天，少年偵探團跟著阿笠博士一起來到電影「哥美拉」的拍攝現場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的製片人龜井説出了電影要在今年結束的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被暗殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現場！追蹤哥美拉後只找到被燒死的哥美拉服。看似毫無頭緖的現場在柯南縝密的勘察下最終發現了犯人的身分。

動畫原創。小五郎的學長寺岡請他們吃烤肉的時候，突然接到一個名叫松山的人的電話，為勸説此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其後，到達碼頭後，寺岡單獨去見松山，可不一會兒，大家就聽到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官説手槍上除了寺岡和松山還有第三個人的指紋，柯南仔細思考之後，斷定這枚指紋就是讓犯人認罪的完美證據。

動畫原創。在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤並進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。隔天，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子説有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質救出。

動畫原創。這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋裏喝茶説話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去後死亡的。而在勘察了現場之後柯南發現了犯人使屍體自動摔下的手法並以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行並坦白了自己殺人的原因。

動畫原創。小五郎的師傅鹽田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當所有的嫌疑都指向和水杯有關係的館岡和中山時，鹽田卻搖頭否認，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從鹽田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿並可獲得一個包含某種病毒程式的磁碟。但在旅途中不知什麼人扮成闇夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之後柯南打電話詢問阿笠博士關於程序的事情得知了病毒的事情。晚餐後回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發生口角的前田並被前田邀請卻觀看夜景。就在這時闇夜公爵卻是墜樓生死！

這個從天而降死亡的人是江源，但從領結和皮帶等細節可以看出闇夜公爵並不是江源，警察去江源房間搜查時，發現房門居然上有防盜鎖，兇手把江源推下後是怎麼逃脱的？當警方對其他人偵訊時，闇夜公爵將看守江源屍體的空手道高手打昏，還出現在了柯南、小蘭和佐山面前，並完全躲開了小蘭攻擊，難道説兇手就是…

看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又透過試驗證實自己的推測，柯南輕鬆破解密室難題。在調查過程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風，詢問得知這叫“公主風”，將“公主風”和其他七位旅客的房間位置結合，柯南斷定兇手就是那個人，這時，小蘭急匆匆跑來説找到可以洗清前田嫌疑的證據，柯南利用小五郎展開了一場精彩的推理和實驗。

動畫原創。柯南三人在去郊遊的路上聽到一聲慘叫，趕到現場的時候發現一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗結果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員説這個人是米花之狼，曾經跟蹤一個女孩。警方找到這個叫西谷的女孩，詢問後並未發現異常，但柯南認為案件定有蹊蹺，經過反覆調查和設想，他終於明白了犯人的作案手法。

園子邀請柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財閥的別墅也建在旁邊。當晚別墅突然停電向外看時，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現場，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時發現剛到達的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調查下最終鎖定了犯人並已園子的身份揭露了犯人的身份。

動畫原創。少年偵探團在海灘度假的時候，偶然認識了春日財團的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時撿到了小忍發出的 SOS 求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出醜惡嘴臉以步美為人質，關鍵時候小蘭趕來，將春日製服。

動畫原創。小五郎參加電影《死神陣內》試映會時，主演南條的太太拜託他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內的出現，可沒想到死神真的出現了，在大家追死神的時候，南條被殺，警方在兇案現場發現了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經理人吉野遭到槍襲，大家都認為電台導演大野嫌疑最大，但大野卻説有一個人比他更有殺人動機。

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現，於是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡！在詢問死者習慣的時得知肥田有把錢弄成扇形並舔手指數錢的習慣，而小五郎根據這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現場之後柯南推理出犯人並不是飯野而是另有其人。最後在鐵證面前兇手承認了自己的罪行。

【主線劇情】米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號後來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟後，順利逃跑，並留下通知信説他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會長登上船隻。

一羣人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發出慘叫，此時大家在樓下的陽台上看到長子秀臣口中含刀，當大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發之後的第二天，警方在池塘底部發現秀臣，看似自殺的屍體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發前就被人毒害投入池塘。

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衞和廚師等人逐一進行詢問，並且在對個個房間的搜查中，找到了女僕口中的牀單，而且根據秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時間，一切準備就緖，服部叫來目暮警官，重現當時犯案的場景，兇手就是那個人，但逼死兇手絕不是一個偵探想要的結果。

動畫原創。小蘭和園子去東都銀行取錢的時候，碰上了搶銀行的歹徒，他用槍威脅銀行職員谷口將現金裝入揹包，趁歹徒放鬆警惕，甦醒過來的銀行職員前島正要從背後攻擊的時候，電話鈴聲突然想起，前島被射傷，此時，銀行一片惶恐，谷口衝上去撲倒歹徒將他擊斃。當警察趕到時，柯南注意到了電話鈴聲，他認為此事並非單純的搶劫案，而是另有內幕。

動畫原創。打棒球時，元太不小心傷害一名流浪畫家，送到醫院檢查才知道自己失去了記憶，後來畫家悄悄離開。幾日後，畫家的屍體被發現，為調查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這羣孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調查後，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、牆壁上的畫串聯起來，沒錯！兇手就是她。

少年偵探團，在機緣巧合下和最受歡迎組合 TWO - MIX 的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會的會場。後來在餐廳外，歹徒當著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團拿著 TWO - MIX 最新的歌曲練習帶去交換人質，歹徒在電話裏讓少年偵探團把警察甩掉並讓步美一人前去，於是柯南和步美調換身分。

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，並利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發現。眼看就能將 TWO - MIX 解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習帶的目的後，歹徒惱羞成怒點燃屋內的汽油，柯南等人能否成功逃脱？

動畫原創。小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去後，卻發現屋裏什麼都沒有，接下來的幾天，發生了同樣的事情，主治醫師白井説可能是因為疲勞而產生的幻覺，但柯南卻認為事件沒那麼簡單，他陪夜的當晚也看到了殺人場景，兩人一起跑出去，當他趕到小五郎身邊時，卻發現小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經死去的江藤醫生，小五郎就這樣糊裏糊塗的成了「殺人兇手」…

小蘭、園子和柯南三人滑雪時，意外的碰到小蘭的小學老師米原等人，並在他們的邀請下住進了滑雪別墅裏，當晚，園子和米原被人襲擊，之後還發現了遲到的杉山被人勒死的屍體，他們三人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個字，看到這些字下田回到自己房間躲起來，柯南和阿笠醫生聯絡後得知三年前杯戶小學發生自殺案件，當時自殺的學生就叫望月美奈子。

這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發現下田被人勒死，柯南立刻開始找兇器，但並未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發現了頭髮，兇手就是那個人！但該透過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不瞭解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的身份讓小蘭用便攜電話説出真相，而小蘭卻在得知真相後痛哭不已。

放學後，光彥一夥兒聚在一起研究寬波段接受器時，無意中接聽到了一個綁架恐嚇電話，大家都很擔心這個被綁架的女孩性命，便決定根據這通電話找到女孩，柯南根據歹徒陸續打給女孩爸爸的電話，和夥伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質。

動畫原創。柯南、小五郎和小蘭開車到北海道看丹頂鶴，偶然認識了飼養丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們去自己家入住，大伯的弟弟阿保熱情招待他們，就在這個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產的事兒而來。之後，柯南等人一起去泡了温泉，回到屋子的時候發現大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據自己對現場的勘查認為兇手另有其人。

動畫原創。柯南與毛利小五郎等人受名小説家虎昌先生委託調查妻子的外遇事件，於是小五郎帶著小蘭和柯南來到被稱為吸血鬼山莊的虎昌家。當天晚上在書房看電影的虎昌先生卻被殺害！而兇案現場的門被從內部反鎖，屋外的積雪已深，卻未留下任何腳印，是真正的密室殺人案件。加之因為大雪警方也無法前來使得案情疑雲重重。

動畫原創。當晚發生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎麼到書房的呢？當大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最後柯南發現了兇手的犯罪手法並將其公之於眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺唸的事實。

動畫原創。當晚發生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎麼到書房的呢？當大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最後柯南發現了兇手的犯罪手法並將其公之於眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺唸的事實。

小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個老人和因車禍受傷的年輕人。某天，柯南和朋友們去醫院探望小五郎時，碰見老人的兒子關口，當大家討論起近期發生的銀行搶劫案時，關口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點的柯南，暗中觀察得知關口被那夥銀行強盜威脅，但最後在柯南和少年偵探團的幫助下，關口的女兒得以解救。

動畫原創。半年前銀狐在完成了一件不露痕的暗殺後，消失匿蹤。某日，一個叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務所委託小五郎找出銀狐，接受了他的委託後，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進行登山活動，同行的還有五個登山客高梨恆、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發生了，當晚，小五郎也遭到襲擊…

動畫原創。隔天，山嶽莊內發出小蘭的慘叫，柯南等人趕到後發現恭子被人刺殺，就在大家推測出誰是兇手時，河邊晃、潮文造和管理員都不見了蹤影，小五郎認為潮文造有危險便急忙跑入山中，不想卻碰上地震，他們救了河邊晃後返回山嶽莊，河邊晃承認了自己的罪行，但卻否認自己是銀狐，那麼銀狐到底是誰？潮文造又是出於什麼樣的目的委託小五郎？

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎去滑雪的時候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期間，小蘭曾看到雪山上有雪女出沒。大家在愉快的滑雪回來後，柯南注意到一同出去的明子和洋子卻並沒有一起回來，當晚洋子邀請大家一起喝酒，明子因為咳嗽並未參加，次日，洋子跑來找小五郎説明子留下遺書自殺了，找到屍體後，柯南發現這根本不是自殺，而是被人謀殺，兇手就是那個人！

動畫原創。小五郎和朋友分開，當一個人醉醺醺的在街上遊蕩時，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風，之後，小五郎在送佐知子回到家時，發現她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當時和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那麼到底是時間的錯亂？還是兇手另有其人？

九十九七惠透過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜託小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田一三、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之後，他們來到元康的死亡現場——地下室，柯南仔細進行現場勘查，發現了電話上一串奇怪的數字，期間，小蘭對柯南起了疑心，暗中觀察他，但柯南毫無意識。

動畫原創。收到市川產業的會長的委託而且參加了在會長家開的 party 的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調查了會長的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時卻不慎被人暈倒，當他起來趕往會場的時候市川卻因為突發心臟病倒地身亡。但市川真的是因為突發心臟病死亡卻引發了市川的女兒們的爭論。而從包包裏搜出的注射器的一重也成為了頭號嫌疑犯。但在柯南推理下最終發現了真兇的身份。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衞門説的電話邀請他們到自己的家。原來菊右衞門是讓小五郎來看他的新作「風水丸」。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時候竟然不小心把「風水丸」打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因為醉酒不起而被抱回了房間。但在第二天早上，從倉庫裏傳出了陶器的破碎聲，當大家跑過去的時候發現益子竟然上吊身亡。

土屋益子雖然被認為是因為打破了菊右衞門的新作“風水丸”而內疚自盡的，但柯南在看到現場的血跡時發現了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件並推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認了罪行，坦白了因不願意益子繼續將自己的作品作為師父的作品來欺騙他人而殺人的事實。

柯南等人參加了麻美這個自稱是新一的初戀情人，在別墅舉辦的生日聚會，因為她睡著了大家就留她一個人在別墅，剩下一羣人則上街去唱卡拉 OK，這時，澤井發現別墅方向發生了火災，可麻美還在屋裏睡覺，所幸小蘭將門踢開救出了麻美。

在醫院醒來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之後卻發現麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現場狀況，並下山去澤井等人去的便利商店詢問當時他們買東西的場景，在老闆指出有一人行動奇怪後，柯南便知道了放火就是那個人！

小五郎收到古裝劇演員土方幸三郎的邀請後被帶到公寓裏，大家在這個五樓的屋子陽台欣賞風景的時候，竟然看到土方的太太永倉永美的屍體，在隔壁演員沖田家的陽台上倒下來，沖田否認自己殺人，但警方和小五郎都認為他是唯一有可能犯案的人，但柯南卻在土方原本悲痛的臉上看到一絲恐怖的笑容，便對沖田犯案的説法產生懷疑，最後柯南找到足以推翻整個案子的有力證據。

大樓下面已經被記者圍堵，目暮警官讓小五郎暫時引開記者的注意，自己好帶土方幸三郎和沖田離開，就在小五郎對記者透漏兇手是沖田時，柯南將他麻醉重新進行了推理，並指出兇手另有其人，而這個人就是正在警方掩護下準備離開的……柯南當著所有媒體的面揭穿了兇手並用找到的有力證據讓他認罪。

某天，小五郎收到一封請求信，一個叫中村操的人説他搬進繼承的別墅之後，就碰到很多詭異的事情，到達後，柯南發現這個別墅確實充滿謎團，大門扶手缺少的雕像，別墅裏隨處可見動物時鐘，所有數字型時鐘相同的刮痕，在屋頂的閣樓裏好像有人，跟十年前疾風竊盜集團有關的新聞資料，高爾球袋上的 DEMON 字樣，另外，還有從鴿子時鐘裏出來的恐怖妖怪，解開這些謎團的鑰匙在哪裏呢？

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個字母，並將數字時鐘上被劃痕分開的 11：0 結合起來，解開了屋內的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號，再次回到了鴿子時鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時鐘裏出現的不是妖怪而是……

動畫原創。在某頒獎典禮上，攝影師柳瀨因抓拍到火災現場而獲獎，但記者中井突然説了一些莫名其妙的話，還往柳瀨身上撒了石灰粉。之後，中井給事務所打來電話，説自己將要被殺但話還沒説完就被迫中斷，柯南匆忙趕到時，中井的家中已經失火，巧合的是，柳瀨就在對面拍照片，柯南知道這是有人蓄意為之，他請阿笠博士幫忙找到證據後，在節目的錄製現場借小五郎之口揭露真相。

動畫原創。少年偵探團不小心將棒球打到隔壁別墅的院子裏，撿棒球的時候卻被別墅的主人綿貫義一趕了出來，在回到偵探事務所的路上，大家碰到一個跟假面超人裏鼴鼠星人很像幸田正夫先生，他説他妹妹一個月前突然下落不明，一定是被綿貫殺掉埋在院子裏，待他離開後。少年偵探團偷偷溜進院子挖屍體，這時，珠寶店發生搶劫案，兇手正是幸田正夫，他的目的到底是什麼。

動畫原創。原來幸田把從寶石店裏偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子裏，而警察追過來時幸田稱寶石被埋到了院子裏而警方則不得不挖開整個院子。但警察在挖掘後並沒有發現屍體。少年偵探團的各位在調查了綿貫家附近之後發現了綿貫殺害早苗的事實和藏屍的地點。在少年偵探團們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終説明瞭早苗鎖在的地點。

動畫原創。少年偵探團因成功抓捕強盜而大出風頭，某日，大家一起外出的時候，步美被一輛急駛而過的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉角車子都會停下來，好像故意等他們一樣，當柯南等人追到石倉工廠時，車子不見蹤影，之後，車子有突然出現並一路駛向警察局，沒過得多久，柯南等人得知石倉工廠發生了命案……

動畫原創。小蘭到上森老師的烹飪教室去上課，菜做到一半屋裏突然停電，這時，烹飪老師上森美智卻不知道被什麼人刺傷了背部之後身亡，這名兇手利用繩子和冰塊早就事先製造了一個會自動斷電的裝置，調查結果還發現，兇手從外部進入屋內行兇的可能並不成立，那麼兇手就是屋內除去柯南三人的其他幾名學生。

動畫原創。找到兇器成了破案的關鍵，小五郎發現抽屜裏的冰鎬少了一根，加之對大家物品的檢查認定矢代就是兇手，可是柯南卻發現消失的冰鎬被用來固定植物了，繼而小五郎又認定上森的兒媳燻兇手，燻指出這裏的每個人都有殺人動機並否定自己是兇手，到底誰是兇手呢？這時，柯南從目暮警官和小五郎的談話中得到啟示，找到兇器之後，沒錯，兇手就是那個人！

學校裏最近發生了很多詭異的事情，而且教導主任在沒請假的情況下也消失了好幾天，當柯南向老師和校長問及此事時，大家也都避而不語，為調查真相少年偵探團夜探帝丹小學，附有學生名字的娃娃，移動的人體模型，窗戶後面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級裏突然出現的十幾個黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個。

小蘭和柯南潛水的時候，發現了一名女子的屍體，鎮上的驗屍醫生田中認為這是一起自殺事件，但被害人的朋友卻口口聲聲説一定是田中殺的，原來田中為和院長女兒訂婚而拋棄了死者，雖然田中的嫌疑最大，但是他卻有不在場證明，小五郎乾著急沒辦法，而柯南則從撿垃圾的爺爺那裏找到了一個破洞的游泳圈，並用空瓶子做了個簡單試驗，犯人的手法他已完全明白。

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機會複合，便策劃了一場海灘之旅，大家在這裏認識了幾名大學生，但其中一個叫貴和子的女生在潛水的時候被海蛇咬到而有生命危險，之後，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個小翅膀一樣的東西，然而這個看似意外的事件，其實是有人蓄意操作。

貴和子的未婚夫雅彥打來電話希望朋友們可以把保險證送到醫院，於是，一羣人便驅車趕往醫院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫院時貴和子還沒有脱離危險，柯南麻醉小五郎後，讓大家來到院長室將整個案件的來龍去脈詳細分析，並找出了蓄意謀害貴和子的兇手。

某天，小説家任太朗的女兒香保裏來到小五郎的事務所，拜託他找兩個月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個星期聯載的小説卻會按時傳真到出版社，於是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿後，大家找到了幾點難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小説中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什麼？

就在警方焦頭爛額的想暗號含義時，遠在大阪的服部給出版社打來電話説自己已經破解暗號即就是「請快點救我」，但接下來的信息卻難以用同樣的方法讀取。柯南看著這些文字也無計可施，然而別人的對話卻突然點醒了他，他以另外一種方法解讀出作者的所在和目前的狀態後，便引導警方和小五郎發現了其中隱藏的信息，但當大家趕到任太朗的所在地時，卻並沒有發現任何歹徒……

【主線劇情】服部平次邀請柯南與毛利和小蘭來大阪參觀旅行，一行人在旅行途中遇上一件離奇墜樓死亡事件。而這與之前的殺人案有著驚人的相似，疑似聯續殺人案件。在柯南與平次對案情細心的推敲下發現整個案情指向一位女關係人，而就在這時她卻慘遭滅口，案情越趨險。

柯南和服部發現所有的被害者都有開車的記錄，深入調查後服部等人察覺到事情可以追溯到 20 年前，因為所有的被害者都畢業於同一所駕校，並且畢業那天，他們的教練因酒駕而喪生，案情剛有進展小蘭就接走了柯南，途中他們逮捕了和此事相關的通緝犯沼淵，而另一邊，服部則前去找和被害者們同一屆畢業的鄉司議員，在等待的過程中，服部從 20 年前那張駕校的畢業照上發現了事情的真相。

動畫原創。柯南等人受邀參加假面超人影迷俱樂部的派對，派對還沒開始多久，突然衝出一名叫三島的男子將假扮成突擊警察的本田先生射殺，繼而自己又舉槍自盡。所幸的是本田穿了件防彈衣，只是輕微受傷，並無生命危險。眼見不一定為實，在大家都以為三島是自殺的時候，柯南察覺到這其實是件蓄意謀殺案。

動畫原創。小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發現山崎社長從窗戶裏掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態！調查後發現死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調查現場之後發現事實並非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發現了兇手的身份和犯罪手法。

前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時，碰巧遇到了一個叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就願意把多餘的門票讓給小五郎。當大夥兒到全代的家時發現她的妹妹美菜在一個密閉的浴室中狀似自殺死亡多時，這個浴室的門窗縫隙全部從內部用膠帶貼住，經過鑑識膠帶上只有美菜一個人的指紋，雖然警方認為這是自殺案件，但種種疑點表明這絕對是謀殺。

柯南和從便利商店調查回來的高木警官交談的時候，注意到了門上的血，這時，美菜的未婚夫也帶病趕來，他説自己曾來找過美菜，但在門外等了半天也沒人開門，根據這些信息柯南知道了兇手誰以及她所謂的密室手法。但案件還未查清，小五郎就急著要去看演唱會，柯南看準時機將他麻醉，用變聲領結説出真相。

動畫原創。少年偵探團從事務所的答錄機上聽到天氣播報員淺野亞紀的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視台後，亞紀熱情招待大家，還記下了柯南的 call 機的號碼，期間，亞紀接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的 call 機收到了亞紀發來的留言，根據這些陸續發來的數字，大家推斷出亞紀一定是遇到了危險，經過反覆推敲和琢磨，柯南終於明白了其中的含義，並按照這個訊息找到了被綁架的亞紀。

動畫原創。在一個相撲類派對上小五郎接到了石本誠二的委託，因為他收到了一封不明來路的恐嚇信，威脅要將他殺害，當會場燈光轉暗，來賓致詞時，高田議員經過石本的後面，居然有一發從控制照明室射出的子彈略過石本的肩膀，直接貫穿了高田議員的胸部，混亂中，柯南發現一可疑男子，但第二天，這名男子平岡治郎卻陳屍在一棟廢棄大樓裏，原來大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

動畫原創。次日，暮目警官來到石本的公司詢問案件，石本説出了自己曾被平岡威脅的事，本以為案子就以認定平岡為兇手了結的時候，躲在社長室的柯南發現曾與幸子見面的男子從屋子裏拿走了一個遙控器，而這名可疑男子其實是幸子的男朋友柴田健一。小五郎讓所有案件相關人員來到派對現場並説柴田就是兇手，可由於他的錯誤判斷，柯南只好再次將他麻痺以找出真兇。

動畫原創。小蘭的班上轉來了一個叫伊東玉之助學生，受到他的邀請小蘭和柯南一行人來到他的劇團參觀排練過程，柯南發現成員之間似乎有什麼問題，沒過多久一樁殺人案件發生了，案發時所有人正好都在舞台排練，而且柯南等人就坐在觀眾席，那個逃過柯南和劇團人視線犯案的兇手應該就在其中。

動畫原創。玉之助半夜悄悄出門，妹妹小惠和柯南暗中跟蹤到了劇團，兩人剛進劇團就在舞台上發現了被人打昏了玉之助和劇團經理系江的屍體，而她的身邊有一張紙條和許多木屑。雖然玉之助昏迷但是他卻被認定為重要嫌犯，當柯南再次來舞台調查時，他突然想到了什麼便匆忙趕往醫院，並通知警方好好保護玉之助，犯人果真去了醫院，但他身手靈敏，躲過了警察的追捕，沒錯，這個人就是半年前消失的江戶小子！

【魔改主線劇情】某天，柯南發現有人正在搶劫運鈔車，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅車逃跑，之後，警方發現搶匪的車並認定這是一起單純地搶劫事件。可事情並未就此結束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，並在兇案現場發現了銀行職員廣田雅美的口紅，雖然雅美嫌疑最大但案件還有許多疑點，這時，柯南意識到她有危險，用發信器追蹤到達後雅美已死，而這件事的幕後黑手居然是……

【主線劇情】柯南的班級轉來了一個叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委託，大家一起去俊野家進行調查，發現了一張夏目漱石的肖像畫，俊野説曾有一個黑衣女人很賞識這幅畫，聽到這些，柯南馬上聯想到了黑衣組織，便急忙帶領偵探隊走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個使用假錢的男子引起他的注意，於是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

柯南沒想到元太等人也悄悄的跟著他，這時，俊野提起哥哥曾打來電説自己和夏目漱石一樣的小説家在一起，柯南仔細想了想便明白哥哥想要傳達的信息。一家在警局旁邊的報社引起了少年偵探團的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無奈之下，柯南用變聲領結給暮目警官打電話，於此同時，元太等人卻私自潛入了報社……

雖然少年偵探團被發現且命懸一線，不過幸好柯南及時趕到，大家得以解救，至於這個黑衣女人根本不是組織里的人。回家的路上，灰原識破柯南的身份並説自己是黑衣組織的人，而阿笠博士現在已經……，聽到這些，柯南匆忙趕去博士家卻發現博士安然無恙，而這時灰原也回到家，原來她因為姐姐的事情已經背叛了組織並且服用了和柯南一樣的藥讓身體變小，走投無路之下來到工藤家，被博士發現而收留。

為了找尋灰原存有藥物資料的磁盤，柯南一行找到了她姐姐明美的老師廣田教授，趕到時卻發現教授死在一個密封的室內，經過鑑識認定是後腦勺遭到重物撞擊而死，但這其實是一件蓄意殺人案，可疑人物鎖定在白倉、細矢和盛岡三人身上，就在柯南的推理遇到瓶頸時，灰原的一句話點醒了他，他用阿笠博士的聲音道出真相。

元旦當天，少年偵探團一起到國立競技場看足球決賽，卻看到 l 了足球被槍射中，這時，正在為天皇杯決賽進行轉播的日賣電視台，接到了歹徒索要五千萬元的恐嚇電話，如果讓他發現比賽中止讓觀眾撤離的狀況，他將立刻對場內的觀眾進行掃射，電視台依照歹徒的指示將錢袋準備好之後就在周圍埋伏了帶待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同夥，歹徒通過電話説因為日賣電視台的報警所以要殺雞儆猴，情況愈發危機。

因為以全場觀眾為人質，歹徒更加猖狂，在帶走了五千萬元之後，又要求在比賽結束前追加十億元，否則就射殺觀眾，他還揭露出了隱藏在人羣中的警察並讓他們撤離。雖然暮目警官趁著歹徒打電話的機會讓在現場的警察搜尋可疑人士，但卻一無所獲，歹徒到底是怎麼打電話且同時觀察觀眾席上的動靜呢？又是如何避開大家的耳目呢？

柯南隨小五郎送園子和小蘭到山裏的別墅，參加在網上認識的魔術愛好者見面會，在回家途中，柯南從收音機中聽到魔術愛好者的西山務在家被殺，而且還留下殺人將繼續的留言，之後小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一聯接的橋正在燃燒，身患發燒的柯南衝入大火一個人到達別墅，很快第二個受害者濱野的屍體在雪地中被發現， 但周圍卻一個腳印都沒有。

濱野是被兇手勒死放置在雪地中間的，他是怎麼完成這種不可能的犯罪？在須鐮的提醒下，大家想起了沒有來參加的會員影法師，並認為他最有嫌疑，期間，田中説要上樓披件衣服，但突然從外面射入一支箭，與此同時浴室也遭遇同樣的情況，衝出屋外後，大夥在樹林了發現了十字弓和一些箭，柯南一邊詢問大家濱野遇害時的情況，一邊對別墅進行檢查，並在浴室窗戶下發現了訂書針，之後又受酒瓶上圖案的啟發，他知道了事情的真相！

柯南找來訂書機、剪刀和繩子後，就突然不見了蹤影，就在大家忙著找他時，一聲尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗戶的房間，繼而，柯南又不顧大家阻撓跑到樹林裏，趁園子不注意的時候將她麻醉，借她之口指揮小蘭把兇手的殺人方法再現，將一切解釋清楚之後，就是揭穿兇手了，他就是…

動畫原創。少年偵探團碰到了綠美容館的店長綠和店員美香發生爭執，因從中聽到美香要辭職的信息，步美表示很遺憾，但美香説可以幫步美剪次頭髮。次日，大家陪步美去美香公寓時，卻發現她橫屍家中，之後警方介入調查並從死者的指甲縫中發現藍色塑膠碎屑，這時店長綠也趕來確認屍體，柯南從她的表情和怪異的舉止斷定她就是兇手，可是兇器到底是什麼？在灰原的提醒下，柯南把目標轉向垃圾，一番搜查後卻一無所獲，柯南這次真的判斷錯誤嗎?

阿笠博士帶少年偵探團到野外去露營，可卻在回程的途中在森林裏迷路，誤打誤撞來到了一個被森林環繞的古堡，所幸主人很熱情的邀請大家入住古堡，然而住在裏面的間宮家族好像隱藏這什麼秘密，之後，柯南在房間的密室裏發現一具骷髏，就在這時，有人從背後將他打暈。

柯南一直到吃晚飯的時候都還不見蹤影，博士去找他時也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進行搜索，然而他們卻沒有發現兇手正悄悄跟在他們後面，大家跟著灰原來到柯南消失的密室，並發現了血跡和石頭上的留言，古堡越來越詭異，之後，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進一步深入古堡，就在她們也發現那具骷髏時，兇手出現。

帝丹小學校慶這一天，少年偵探團拿著阿笠博士送給大家的電影折價券一起去看電影，大家爭執之後決定去看哥美拉的三部片子，沒想到今天是這家

電影院最後一天營業，柯南等人成了最後一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現了一個黑影，原來這個黑影就是迫使電影院關門的張田的遺體，在警方要以自殺確定這件案子的時候，光彥卻説一句讓大家驚訝的話！

光彥説他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子説自己只是去廁所調整隱形眼鏡而已，這説法合情合理，可柯南總覺得還有疑點，之後灰原一句無意的話語讓柯南終於明白了事情的真相，於是，他急忙的跑去作案現場找到了證據，正巧阿笠博士也趕來接他們，柯南就借阿笠博士之口並重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。

動畫原創。步美生病一人在家休息，就聯有電話打進來她也因熟睡也沒有接聽，但過了一會兒，步美聽到有人撬門的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒來得及報警，歹徒就破門而入了，她慌忙躲在牀下，用少年偵探的徽章聯繫柯南，因為不能説話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達求救訊息，可元太光彥確認為步美在惡作劇，柯南會棄之不理還是解開暗號呢？步美又會展開怎樣的自救？

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起遊覽東京的時候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個結果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調查，這時，和葉發現片桐風和櫻庭帶著同樣的墜子。

警方看到落地窗的鎖上有血跡，並在玻璃碎片上了發現了一個小洞，柯南和平次作出大膽推測，期間，柯南因看到遠處樹上掛著的不明物體差點墜落陽台，而當時在旁邊的菊人卻因為懼高症，沒有伸出援手，所幸有驚無險。在樹上找到兇器之後，兩人將所有的線索串聯起來，沒錯，兇手就是那個人！他們將所有人都叫到案發現場，説櫻庭就是兇手，可事實真是如此嗎？

動畫原創。柯南、小蘭和園子一起在天台上等待看流星，和他們一起的還有三個東都大學研究所的學生，期間，野中和秋本去對面的電視轉播塔進行攝影，臨走前秋本告訴他們會有人造衞星經過，讓他們注意觀測。過了一會，秋本從轉播塔那邊回來，留下野中一人攝影，就在大家看向對面的時候，野中從塔上墜落，趕到現場後，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號，在通過隧道的時候珠寶商人出雲被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之後警方又在隧道之中發現了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡直跟柯南的爸爸工藤優作一篇未發表的推理小説一模一樣，期間一個言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言後，她終於曝露了身份。

原來這名行跡可疑的女士是柯南的媽媽有希子，她將此行的目的告訴柯南後，大家就一起聚到休息室聽小五郎的推理，期間，警察在隧道里淺間的屍體上發現了膠帶碎片，突然靈光一現，柯南知道了誰是兇手以及他的犯案手法，卻苦於沒有證據，按照小説的劇情，柯南還有被殺的可能，苦惱之時，有希子提議乾脆將計就計讓兇手自己現身，於是一場揪出兇手的好戲上演。

作為青色古堡的探險事件的參考人，阿笠博士和少年偵探團的各位被叫到了警視廳。隨後 2 億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長也來了。增尾在給家裏的妻子打電話時，電話的那頭傳來了慘叫聲。當警方趕到增尾家時發現妻子加代已被人刺死！雖然看起來是外部的入室殺人，但在柯南的推理下最終發現了兇手殺人的事實。

馬上趕到增尾家的眾人發現增尾的妻子已經被殺害了。看似是強盜殺人的事件中柯南卻從中發現了疑點，經過推理最終發現了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的騙局。另一方面佐藤警官拒絕了白鳥警部的邀請轉而邀請高木警官一同吃飯就在這時出現的暮目警官卻讓高木產生了誤會。

動畫原創。少年偵探團一大早搭乘開往米花樂園的電車，當柯南以為沒人和他們一樣時，就來了三個大學生也上了這趟電車，他們是鐵道研究社的，來這裏是為了拍攝地上電車的照片，期間，川崎下車去前方拍攝行駛的電車，可就在電車急速向前時，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機及時剎車，他才得以保住一命，然而大家剛鬆了一口氣，卻發現堀井橫屍車廂……

動畫原創。小五郎帶小蘭和柯南去日賣樂園遊玩，正好碰上劇場演出，假面超人的表演橫跨整個樂園，可就在他表演從高空彈跳的動作時，腳踝的橡皮突然斷裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，這起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼燒的痕跡並非自然斷裂，於是推斷出這是謀殺，在對案發現場進行調查和相關人員的偵訊後，兇手浮出水面！

動畫原創。小五郎曾教過的學生崎園惠在自己的孃家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會倒車的姐姐小惠倒車出庫的時候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個叫高橋的人，認為這個人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計劃，原本企圖殺害小惠，沒想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認罪，事情告一段落的時候，柯南注意到了小惠。

動畫原創。發生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書房進行調查，他發現在電話線和牆壁聯接的地方有膠帶的痕跡，之後又跑去案發時的車庫，看到車庫的上方的窗子，更加確定了自己的推測——這起汽車爆炸事件另有隱情，數日後，小五郎再次來到小惠家，然而此次前來的目的卻是……

動畫原創。園子和小蘭購物結束坐公交的時候，有一位自稱是設樂的老人坐在了小蘭旁邊，他説自己認識小蘭並打算去趟毛利偵探事務所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時候老人已經離去，可是小蘭卻很擔心老人的安危，執意要去公車站找老人，這時，柯南發現小蘭的包裏多了一張磁片，這張機密磁片的內容到底是什麼？老人又到底去了哪裏？

在盛夏到伊豆去做海水浴時，有一個叫道脅的男子主動和園子搭訕，並邀請三人一起吃飯，期間，道脅談起了當地有名的男子殺害褐色頭髮女生的事，就在這時，有人匆忙跑來説有一名褐發女子在小樹林遇害。晚上，柯南三人在等待道脅接他們共進晚餐時，園子卻遭到了不明人士的攻擊。

次日，大家來到傳説有幽靈的飯店，園子因沒有休息好而一人留在車上休息 ，用餐結束的時候，柯南看到車子居然開始沿路向懸崖的方向下滑，柯南和小蘭急忙跑去追車子，所幸在墜落之前將園子救出。因為有了陰影，園子要走了去警察局，可是路上卻被不明人士跟蹤，道脅提議兵分兩路，小蘭和柯南將跟蹤狂制服，沒想到這個人居然是……而柯南突然意識到園子有危險，當他們趕到時，園子已經被歹徒持刀相向……

動畫原創。小五郎受學生時代認識的房東太太宗田光江之託，開導她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數次敲門無人回應，光江用備份鑰匙把門打開，卻發現屋內一片狼藉，而且牆壁上還塗滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發現了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫科大學的房客城戶，但已經為時已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認為是被人抹殺，這時，大家注意到了在建築模型裏的鑰匙，也就是説這是密室殺人事件！

少年偵探團在廢棄大樓為園遊會練習的時候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木兩位警官的追擊下闖了進來，嫌犯從屋頂逃到隔壁的美術館，但佐藤警官還是在廁所將他逮捕，但由於操作失誤，她將自己和歹徒都用手銬銬住無法自由活動，嫌犯東田聲稱他是無辜的，逃跑完全是為了參加女兒的婚禮，最後佐藤警官決定讓高木和少年偵探團在一定的時限中找到真兇。

柯南在死者村西真美家發現了四處疑點，在少年偵探隊的提醒和暗示下，高木終於知道了案件的真相，大家找到真兇用證據讓他承認罪行。而另一邊，杯戶美術館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術館內，情況危急，佐藤警官真的會葬身美術館嗎？

動畫原創。柯南等人搭乘環形電車的時候，突然從二號車廂裏傳來慘叫，一名女子橫屍車廂，發現屍體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發黑並且有被針狀物刺過的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到後對死者的三名同事進行偵訊並檢查了他們的物品，柯南發現其中一人物品很是可疑，沒錯，兇手就是她！柯南已將謎底已經解開。

動畫原創。柯南等人來到一所蓋有五重塔的鄉間寺廟，因為這裏要開發觀光而導致寺方和觀光公司產生了爭執，次日，觀光公司的社長小田英明被人發現屍體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳説一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會嚐到惡果。在對屍體及其周圍調查後，柯南找到了真正的案發現場。

動畫原創。就在警察找不到任何線索想要以自殺結案時，柯南把在案發第一現場找到的領帶別針交給警方，這就推翻了自殺的説法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據。這時，柯南注意到了在案發現場發現的繩子，他突然想到什麼，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳説以及兇手！

動畫原創。在流水亭吃飯的時候，柯南再次遇到謀殺案件，死者是繩文大學的新井副教授，同行的兩人金田和巖間表示他們是為了慶祝新井晉升才來流水亭，調查後並沒有發現可疑人物出現在新井遇害的八號房，而當時金田和巖間也都有不在場證明。但一切瞞不過柯南的眼睛，在查看了金田和巖間所在的三號房和送飯用的船隻後，找到了兇犯難以逃脱的鐵證。

小蘭在去沖繩旅行的飛機上想起了一年前新一在飛機上首次處理命案的事情，當時正值深夜，飛機上所有的人都在睡覺，突然傳來一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機上，於是新一和目暮警官一起對機艙上所有可疑的人進行了調查，在尋找兇器無果後，新一想到兇器一定就在兇手身上。

新一要求在次對嫌犯的物品進行搜查，可依舊沒有發現可疑物品，之後，新一在鷺沼的座位上發現了底片的碎片，並將所有人的證詞、座位上的底片、牆壁上的血漬和被害人口袋被弄濕都串成了一線，雖然鷺沼的嫌疑最大，但新一卻説兇手不是他，因為他被真兇所利用，推理一步步接近真相，讓大家出乎意料的是兇手居然是……

阿笠博士以少年偵探團為對象進行了一場尋寶之旅，舞台就是阿笠博士的叔叔住的一個別墅，但在他叔叔過世的 50 年來，這棟本不該有人進出的別墅卻發現有人來過的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽組成的古怪暗號，聯博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機。

對暗號進行仔細研究後，柯南將其破解，順著暗號的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個暗號指向了盤子，一切又回到了原點，柯南百思不得其解，之後，他注意到這些帶有暗號物品的擺設位置，將他們聯成一線，沒錯，機關就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉後，二樓的密室被打開，然而這個閣樓上居然有一堆白骨！

動畫原創。少年偵探隊為準備兒童大會要表演的布偶戲，隨一個叫海部大學生去霧之丘高原進行特訓，可是當晚柯南發現同他們一起來的小朋友和相應的布偶都不見了，就在柯南和光彥去二樓進行調查的時候，元太和步美也突然失去了蹤影，因為電話線被不明人士割斷，兩人跑到離這裏最近的另一家民宿，卻看到……

服部和女友和葉受人委託前往鳥取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國人，這時，同樣受到武田家的邀請，為他們解開傀儡嶺蜘蛛之家謎團的柯南等人剛好從旁邊經過，在他們到達的當天晚上，武田家的長子信一在木偶倉庫的二樓吊死，接著和葉的身後出現了可疑的人影。

和葉被人帶走不知去向，與此同時，柯南、服部和小五郎三人正對信一的死亡現場進行調查，期間，女傭鹽谷給他們送來宵並講述了三年前所發生的事情。當得知和葉被人擄走消息後，大家分頭尋找，最終在倉庫裏找到了纏滿細線的和葉，所幸生命沒有受到威脅。之後，柯南和服部又發現了襲擊和葉用的電擊棒和 BB 彈，再次返回案發現場又找了新的線索，兇手就是那個人沒錯！

服部把武田家的人和羅伯叫到發生兇案現場的二樓倉庫，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當被問及兇手是如何在這個形如密室中的倉庫作案時，柯南的回答卻是兇手根本沒有出現在兇案現場，那麼兇手到底如何作案？信一為何會虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什麼？是怎麼樣的誤會導致武田家頻頻出現慘案？

動畫原創。小五郎受推理迷林雅人之邀去米花町水族館觀看錶演，沒想到在表演現場卻發生了命案，死者是女演員大澤美智子，警方在調查中發現大澤的膝蓋處有貼布，詢問了同事後得知，她的腿偶爾會疼痛，並且在檢查了控制室和蚌殼裝置沒發現異樣後，推斷出大澤死於意外，然而，跟著警方一起調查的柯南還是發現了蛛絲馬跡，認為這是一件有預謀的殺人案件。

【主線劇情】當新出醫生得知來取健康檢查結果的小五郎，就是傳説中的大偵探之後，便邀請小五郎，小蘭和柯南留在他家裏吃便飯，但在飯前卻突然停電，來電之後，大家在浴室裏發現新出醫生的屍體，同時，在浴缸裏還發現了一把刮鬍刀，乍一看像是因為觸電而死的意外事件，但在柯南看來卻是一場有預謀的殺人案件。

【主線劇情】智明發現自己外婆的腳受了傷，因為警察要對陽子進行偵訊，所以小蘭就主動提出幫助智明，自從小蘭見到智明就總是一副很中意的樣子，不是黑暗中緊抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的臉上總是出現一片緋紅，這些全部讓柯南看在眼裏，心裏不禁大吃飛酢，難道小蘭變心了嗎？柯南在房間的二樓發現了碎片，並在房間中發現了可以解釋小光為何會花費一分鐘的時間去打開總開關證物，接下來，就是揭穿真相的時間。

小蘭，園子和柯南在溜冰場認識了五個自稱是陶土射擊愛好者的朋友，就在大家等待看煙火的時候，洗手間卻傳來園子的尖叫，大家慌忙趕到現場時，看到的卻是千尋遭人用散彈槍擊中胸部倒坐在洗手間的慘狀，她的屍體旁邊留下了一個用血寫成的 S 狀文字，於是小五郎推斷這個英文字母代表著「兇手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官卻推翻了他的猜測，之後，警方在死者的攜帶行動電話上發現了 KIX 的字樣。

雖然現在清楚了兇手的犯案手法，但還是不能將犯人鎖定在一個人身上，這四名一同前來的朋友都有犯案的嫌疑，柯南在廁所外面和內部都發現了地上帶有血跡的線條，並且他還從四人的交談中得知半年前因散彈槍走火而死亡的成田，經過推斷，他已經知道了真相，就在這時，小五郎卻叫來所有人，説他已經知道了誰是真兇！

因為柯南猜對了海豚旅行團所出的謎題，於是，為三人贏得了一次免費乘坐交響樂號去小笠原的機會，能登上這艘船的只有十名乘客，在登記途中，小五郎碰見了老警察鮫崎，但聽乘務員説這艘船上還有第三名偵探，小蘭和柯南也無意中發現了這次活動的組織古川，夜晚，大家聚在一起討論此次前來的乘客，當聽到葉才三這個名字時，每個人都面露驚訝之色。

原來這個叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的 101 號房卻發現屋內空無一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之後，大家找遍交響樂號也沒有發現葉才三的身影，如果捱過今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同夥也將恢復自由之身。十二點之後，甲板上傳出槍聲旗子也被人點燃，柯南發現了一張寫有奇怪語句的紙鈔，這時，船尾發生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見一具屍體。

屍體被燒焦，根本無法辨識他的身份，只能從穿著姑且判斷是蟹江，柯南發現這具屍體整過容，並推斷出龜田和鯨井也是葉才三搶劫殺人案的同夥，當大夥趕到龜田的房間時，卻發現他也消失不見了，柯南和服部推理出現分歧兩人決定各自行動，可在調查期間服部遭遇危險，沒過一會兒，甲板上再次響起槍聲，心虛的鯨井決定交代一切，這時，鯨井突然被不明人士射傷，鮫崎趕到甲板時卻看到……

在甲板船頭的屍體不是別人，正是讓大家誤認為已經死亡的蟹江，之後，柯南又在船的外圍發現繩索梯子，這説明蟹江一直藏身於此伺機而動，並且柯南還在船頭欄杆上發現了剝落的油漆和燒焦的痕跡，將所有的線索串聯起來，兇手漸漸浮出水面，這時，柯南接到一通電話，原本很擔心平次的他卻突然對小蘭調侃起了服部，服部是否真的平安？這件與二十年前案件相關的兇案真相到底是什麼？

動畫原創。靜岡縣的橫溝警官特地找到小五郎拜託他調查一起怪異的案件，此次案件的受害者是演員小宮山，雖然被害者只有一名，但是前來自首説自己是兇手的卻有三人並且這幾人都有理有據的説出了自己的動機和行兇方式，由於事情緊急，橫溝希望小五郎可以儘快做出推理。趕到案發現場時，柯南再次對證人進行詢問，並得知了事情的真相，兇手是自首三人中的一人？還是另有神秘四人？

【主線劇情】在放學回家的路上，柯南和灰原發現了黑衣組織中琴酒的車子，柯南在車上裝了發信器和竊聽器進行跟蹤，但被琴酒發現，他也因此察覺到灰原的存在。柯南和灰原根據竊聽器聽到的地址，來到琴酒和匹斯可等人要進行殺人計劃的杯戶飯店，這裏正舉行電影導演的追悼會，在放映幻燈片期間，政客吞口重彥被殺。

【主線劇情】在吞口重彥被殺的瞬間柯南撿到了一條紫色的手帕，之後又發現了一個破碎的美術燈吊環，根據這兩條線索柯南展開了調查，可沒想到調查期間灰原卻被不明人士帶走，柯南以眼鏡為媒介聯繫到灰原，得知她被關在了飯店內的一個酒窖裏，柯南讓灰原喝下老白乾，這時，在飯店外面的柯南卻看到了金恩，而在酒窖的灰原身體也正在發生變化。

【主線劇情】琴酒離開酒窖後，躲在煙囱中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報完平安，她的身後就響起了槍聲，原來在酒窖裏的時候琴酒就發現了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號匹斯可的真實身份，在調查清楚灰原所在的位置後，柯南飛速趕到，就在琴酒準備射殺灰原時，柯南向琴酒發射了一枚麻醉針，灰原趁機從煙囱返回酒窖，豈料待她甦醒過來匹斯可已出現在她的面前……

動畫原創。博士請大家在一個叫 Peach Sunny 的咖啡店吃甜點，期間，在靠窗位置有兩個正在爭吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時，突然衝進了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來後，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長大原，意外發生時，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場看似意外的案件其實是有人蓄意殺害，那麼，兇手是誰？他又採用了什麼樣手法？

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎一行三人受到加那娛樂集團的會長迦納善則之託，保護他近來頻頻被人騷擾的妻子美咲出席晚會，然而晚會中途突然發生停電，美咲在自己房間裏被不明人士襲擊，所有人都懷疑犯人就是今天晚會的主角傑拉爾天馬，可是緊接著傑拉爾天馬就被人殺害了。

動畫原創。晚到的傑拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善成為了頭號嫌疑人。柯南則在勘察現場的時候發現窗台上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認了自己的罪行並説出了殺人動機。

動畫原創。少年偵探團在放學的途中發現勾在 S 形鈎子上的結婚戒指。光彥説這是某個人的 SOS 的求救信號，少年偵探團的成員們開始搜索現場正在建的公寓。雖然中途誤會了島明夫婦，但是在大家的搜查下，柯南最終發現戒指的真真含義和“上原美里”的疑點。獨自面對犯人的柯南再次使用麻醉針逃離危險並救出被囚禁的上原美里。

動畫原創。少年偵探團在超市裏玩從收銀條上的物品名稱猜晚飯的菜名的遊戲。其中發現了可疑的收銀條，柯南她們開始尋找買這些東西的人，想要阻止他。通過分頭尋找腳踏車燈少年偵探團的成員們最終找到了犯人，但中途卻失去了犯人的行蹤。在元太無意的提醒下，柯南他們抓到犯人現行。最終柯南用腳力增強鞋制服了犯人。

動畫原創。小五郎他們去參加為了交通事故的孤兒們的慈善活動，被邀請到發起者的社長家裏。社長的蘇芳紅子在收集面具。聯被稱作被詛咒的假面的面具也用來裝飾。為了不讓這些面具出來作怪，晚上 0 點就會把這件假面之屋鎖掉。當天晚上蘇芳紅子在自己的卧室被殺害，卧室上了兩道鎖，處於密室狀態。同時在蘇芳紅子的屍體周圍被詛咒的假面散落了一地。這真的是詛咒嗎？

目暮警官在現場調查時發現，不管是氣窗還是屋內被封鎖上的門，都沒辦法通過，能夠進出的只有被蘇芳上了兩道鎖的門，並且還在每個面具的嘴邊都發現了被害者的血，由於沒有在雪地上找到兇手出入的腳印，所以有可能犯案的就是屋子裏的七個人，警方對他們逐一進行偵訊，在他們的口供中，柯南發現有一人很可疑，雖然柯南曾掉入兇手的陷阱，但在想明白了事情的始末後，真相卻只有一個！

動畫原創。小五郎和蘭和柯南住進了建在山裏的山莊。在那裏住宿的客人中有“城市獵人”節目的演員砂岡和工作人員。小五郎和大家一起去燒烤，不久聽到了槍聲，砂岡被殺害了。經過調查每個人都有很充足的不在場證明，而調查證據也顯示兇手竟是從對面的懸崖開的槍。柯南經過分析後將兇手鎖定在三人之中。

動畫原創。砂岡被槍殺了，來福槍在山裏被發現所以認為是外部的人乾的。但是有疑點，柯南在詢問了小五郎之前與砂岡的電話內容之後明白了明白山莊裏的人物也可以殺人後，柯南發現了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的計劃也因為鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失敗。

動畫原創。小五郎接受電視節目製作公司社長古川悦子的委託去保護他的母親。然後在古川家等待悦子回來的時候知道了家屬和女傭之間發生了很多金錢上的糾紛。悦子回來後去母親的房間叫母親時從母親的房間傳來了槍聲。悦子的母親被擊中頭部死亡。經過調查，柯南發現了兇手殘留下來的證據正是遙控器上指紋的漏洞。最終兇手承認了自己的罪行。

【主線劇情】少年偵探隊本來是跟著阿笠博士一起出來露營，沒想到居然在森林中發現了一個鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進洞探險，卻在這裏碰到了一夥兒搬運屍體的歹徒，而柯南為了掩護大家逃跑中彈受傷，之後，便血流不止，元太揹著柯南尋找出口，可身後的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團剩下的三人會採取什麼樣的行動？

【主線劇情】看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫院進行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應讓柯南意識到自己的身份或許已經在小蘭面前曝露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準柯南。

【主線劇情】灰原這麼做的目的是要叮嚀柯南坦白有風險，讓他謹慎考慮，並在他面前擺出三個選擇，柯南會如何抉擇？另一邊，帝丹高中園遊會的當天，話劇在體育場上演的時候，觀眾席竟然出現了謀殺案件，這時，突然出現了一位迷之少年，當他摘掉隱藏身份的帽子時，在場的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會出現在這裏，然而，和葉卻揭穿了這個傢伙的真實身份。

【主線劇情】雖然對現場進行了調查，但警方無論如何都找不到決定性的證據，束手無策之時，小五郎提出了他的自殺論，並且得到了目暮警官的認同，就在警方準備以自殺結案時，話劇中的黑衣騎士突然出現，在否定了自殺論之後，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯，真正的工藤新一登場，在進行了一番精彩絕倫的推理後，他卻再次昏倒……

【主線劇情】沒想到灰原調配的解毒劑能夠長久的維持這具變大的身體，而與新一能同時出現在小蘭面前的柯南其實也灰原偽裝的，這樣就完全解除了小蘭的懷疑，之後，新一將小蘭約到米花中央大樓的瞭望餐廳吃飯，並想乘此機會表明心跡，然而卻在這時發生了命案，新一暫時拋下小蘭去解決案件，並且成功推斷出了兇手就是大場先生。

【主線劇情】雖然可以確定兇手就是大場先生，但是還有兩個疑點未能破解，就在新一深入調查的時候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅持將案件的真相公諸於眾，案件完美解決之後，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

小五郎的事務所裏來了一個叫春菜的大學生，委託小五郎找他的尋呼機朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機和音樂盒，那以後，春菜的尋呼機上出現了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發現秋悟在給春菜送出尋呼機之前就已經死了，而走廊上還出現了奇怪的人影。接著眾人就發現已經被擊暈的阿稔。

小五郎詢問阿稔有關郵票的事情卻得到郵票已經不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄枴杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實是秋悟託付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實原因其實是有人背後操作。而秋悟先生的音樂盒其實也只是一般的旅遊紀念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒裏暗語所指示出的郵票。

動畫原創。園子和小蘭差點被車撞了，由此認識了那個司機吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒有提醒小心路上斷層的事情才導致了之前的驚險。小蘭總覺得千惠丈夫的態度有些奇怪。在拜訪千惠家的時候小蘭她們得知千惠的丈夫為她購買了一千萬日元的保險，疑團逐漸增多。經過調查，千惠丈夫的意圖最終曝露出來。

動畫原創。因為抽獎時抽到了一等獎，小五郎帶著小蘭和柯南來到位於深山的旅館。賓館的主人寺泉是愛車一族收藏了非常多的名車。在房間柯南無意中聽到了奇怪的對話，此時寺泉找到小五郎説明自己最近突然到了恐嚇信，希望小五郎能夠保護他一直到名車展示場的開業儀式。突然，出現了三位不速之客。原來寺泉通過不光彩的手段收購了他們的愛車。在車展的當天卻發現寺院死在了車上！

動畫原創。霧之峯賓館的主人寺院晚上開車出去兜風，第二天在停車場發現坐在車子裏的寺院已經死了。在調查的過程中發現每個人和寺院似乎都有過節。柯南發現車罩上裂痕的疑點，而停車場看守的證詞又增加了疑團。最終柯南發現了犯人的犯罪手法並當場演示給眾人，而殘留的焦油也曝露了兇手的身份。

柯南，小蘭和小五郎一行三人到飯店避暑，正巧在這裏碰到了和其他律師一起來這裏度假的妃英理，當晚為了找尋酒醉未歸的小五郎，竟然發現了死在密室裏的律師律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在這個房間裏，於是小五郎就以案件重要關係人的身份被帶回了羣馬縣警局，佐久作為辯護律師一同前去，而柯南和妃英理等人則留在現場進行調查。

柯南在垃圾桶裏發現了被丟掉的便籤紙，客房服務員也説自己曾在門外發現了一張寫有奇怪內容的字條，這時，警方説在兇器電話線上發現了小五郎的指紋，案件的偵破進入了死衚衕，兇手到底是誰呢？妃英理隨意的一句話提醒了柯南，沒錯兇手就是那個人！得知了真相以後，柯南、妃英理和警方聯手將兇手引入到他們設下的陷阱之中。

動畫原創。小五郎等人乘坐 BONNET 公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶後死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調查與警方發生了衝突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有衝突。此時村長船木出現並提出委託費為 100 萬日元的委託。之後柯南得知村子裏 7 年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進入神社的蘭的尖叫聲！？

動畫原創。小蘭發現“影秋村”的村長船木也被殺害。柯南發現矢部賬戶每月固定打入的匯款，在詢問了駒井關於 7 年的事故之後確定了這次的殺人事件與七年前 BONNET 公交車發生的事故有關。在拜託教授調查了事故之後柯南發現兇手的身份並發現兇手欲重演悲劇，他獨自登上觀光車與犯人對峙阻止了悲劇的發生。

動畫原創。小五郎等人為了品嚐當地出產的優良啤酒，便來到了有森旅館。在那裏碰到了前來視察娛樂場所企業家城完英彥跟他的妻子演員備前千鶴。但夫妻的氣氛卻有些意外的尷尬。備前千鶴對飯店裏的料理百般挑剔，態度非常惡劣。次日小蘭和柯南眾人去郊外燒烤。夜間，眾人回到旅館之後丈夫英彥發現千鶴一直鎖在房間裏不出來，進去之後發現千鶴竟已經死亡！

動畫原創。備前千鶴在飯店房間裏上吊，因而被眾人認為是自殺。在柯南的啟發下小五郎發現千鶴是他殺的肯能性。在警方的詢問下眾人都有殺害千鶴的肯能。在調查飯店的屋頂之後柯南發現了犯人飛翔一般的作案手法和留下的證據。在證據面前兇手最終承認了罪行，同時道出了和千鶴和自己弟弟的過往以

及殺害她的原因。

步美無意中看到了聯續縱火的犯人，便前去警局做相關的供詞，之後，少年偵探隊與高木和佐藤警官開始展開調查，然而沒想到當天居然是佐藤父親的殉職忌日，大家也不禁談起了這件“愁思郎案件”，佐藤警官還碰到了父親高中時的老友，這時，目暮警官打來電話讓白鳥和高木前去抓捕縱火犯嫌犯，期間高木想通了十八年前所發生的案件的真相，可當他打電話給佐藤時，卻沒有注意到兇手就在身後。

高木剛説完十八年的搶匪就在佐藤正義警官的四位老友之中後，便突然失去了音訊，按照柯南的建議，佐藤警官急忙趕到他們四人所去的酒屋，卻發現他們早已離開，根據老闆的供詞柯南推理出了誰是當年的歹徒，他告訴佐藤後，讓她自己去了結這宗案件。另一邊，步美等人私自跟蹤縱火犯遇到危險，幸虧柯南及時趕到才得以獲救，而這名縱火犯也被警方逮捕。

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓裏有人發生了爭吵，正準備上前阻止時，一位老人説這種爭吵已成家常便飯，不用理會。然而，第二

天居然在這間公寓裏發現了屍體，就在小五郎懊悔沒能救人時，事務所突然衝進了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發生了爭吵，可這根本就是死者所演的獨角戲，隨後小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發現了其中的蹊蹺。

動畫原創。小五郎受堂本觀光社長堂本榮造之邀，來到天部山參加空中纜車的開幕典禮，雖然有傳言説只要靠近天女像就會遭到詛咒，可堂本觀光卻執意在神像的附近開通了觀光纜車。開幕會結束之後，所有來賓都試搭乘纜車，當纜車行駛到神像內部的隧道時，車內突然停電漆黑一片，只能聽到榮造的慘叫，待纜車駛出隧道，大家發現榮造居然在這間密室般的纜車中消失了，之後他的女兒里菜在神像的手掌上發現了他的屍體。

當大家趕到神像處時，榮造早已氣絕身亡，聞訊趕來的警察也迅速介入調查，當前唯一可以確定的是，兇手就在當時搭乘纜車的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的時候跑去調查，卻在這裏發現……有了這樣東西，一切謎題迎刃而解，他提出讓大家再次搭乘纜車以場景重演的建議，並麻醉小五郎説出了事情的真相。

動畫原創。正當少年偵探團在西多摩郡龍神山遊玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號的紙片入手，光彥，步美，元太 3 人一起來到了暗號所指示的地點，在這裏他們發現了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

動畫原創。小五郎等人代替園子的父親鈴木史郎出席茶會。茶會舉辦的公館裏有著可以變化五種顏色的池塘，池子正中建有由渡廊聯接的茶室五彩庵。在等待的過程中眾人聽説了魔物的傳説。終於見到宗師青野木之後卻意外聽到這是他泡的最後一壺茶的宣言。在第二天眾人再次來到在這個有五彩傳説的茶室的時候卻意外發現青野木家的一家之長上吊身亡。

動畫原創。青野木亮藏是在形成密室的茶室中被殺的，橫溝警官開始詢問時卻發現沒有人到過茶室, 所有人都有不在場證明。在調查茶室外圍的時候柯南發現了兇手的犯罪手法和證據。“沉睡的小五郎”召集大家道出了兇手利用一根繩子的作案手法和犯人的身份。在鐵證下兇手終於承認自己的罪行並道出了原因。

為了採集蘑菇少年偵探隊一行人全部進了山裏，忙著採菇的時候，元太竟然誤入狩獵區。無奈之下，大家只好兵分兩路分頭尋找，沒想到灰原和光彥居然發現被人獵殺的屍體，害他們自己反成了射殺的目標。另一邊，找到元太之後，大夥兒便和三名獵人一起沿著山區的小路尋找灰原和光彥的蹤影。

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因為兇手就在同行的三名獵人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林裏期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負眾望，破解了灰原留下的暗號，正準備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，並大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

動畫原創。小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進行大學同學聚會的女子。為了接另一位大學同學，他們一起前往海豚樂園飯店卻意外發現她們等待已久的藤村直美被殺害了。經過調查之後柯南確認了兇手的身份並向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據面前，兇手最終承認了罪行。

動畫原創。小五郎的車子出了故障，求助於偶爾路過的橘律師。因為車子一時之間修不好，便到了橘律師的別墅。橘律師因為貪汙事件相當出名。突然小蘭發現出海的橘律師的船翻船，橘律師死亡，而柯南也發現原本橘律師身上的救身衣不翼而飛。而橘律師最近收到一個化名“T.K”的恐嚇信。名字縮寫為 T.K 的熊田達也的嫌疑劇增。

動畫原創。柯南在調查橘律師釣魚的小船之後發現可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之後衫村小姐説出熊田達也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之後柯南發現了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達也的發法。而兇手也主動承認了罪行並道出了殺人的理由。

為陪園子買東西，柯南和小蘭來到一家百貨公司，可小五郎卻莫名奇妙的被牽扯進目暮警官等人為引誘歹徒現身而設下的圈套，之後，目暮警官表示他們正在調查一起聯續的毆打婦女案，柯南在這些受害人的照片中發現她們都是這家百貨公司客人的這一共同點，這時，小蘭卻在百貨公司的地下停車場發現了一名女性的屍體，雖然目暮警官立刻進行辦案，但柯南卻發現他與平常有所不同。

警方從案件相關人的口中得知，一年前被害者曾在這個停車場撞死過一個小男孩，之所以出現車禍就是因為當時被害者穿著厚底鞋而無法及時剎車，一番追查後，柯南發現兇手就是……與此同時，隻身在百貨公司內的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓裏很難鎖定園子的位置，危機時候，目暮警官及時出現擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數日後，大家一起去醫院看望目暮警官時，從松本那裏得知了目暮警官的秘密。

【主線劇情】打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠 BLACK STAR 的怪盜基德，想起了以前關於鍾台的一個事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務所裏收到一封附有支票的不明發信人的信函，並且在其上方還有一行奇怪的話語。

小五郎帶著小蘭和柯南來到“黃昏別館”，途中還偶遇了同是偵探的千間降代，當他們到達之後才發現，此次受邀前來的茂木遙史、大上祝善、槍田鬱美和白馬探都是名偵探，而在這棟別墅內隨處可見陳年的血跡。在晚宴上，本以為能一睹這位別墅主人尊容的各位偵探卻掃興的發現，他居然頭戴面罩，並且還阻斷了所有道路，要求偵探們在這棟孤立無援的別墅內幫他尋找寶藏。

大家小心翼翼的吃完晚餐後，這具代替主人的假人偶再次開口並講述了四十年前在這棟別墅中所發生的慘案，而他的目的則是讓悲劇重演，這時，大上祝善當著大家的面中毒死亡，而和小五郎、茂木一起開車去察看吊橋狀況的千間也因車子爆炸而生死未卜，返回別墅之後，柯南、小五郎和茂木在鋼琴房中發現了很多線索，然而卻突然響起了槍聲，三人趕到時，白馬探已經死亡，隨後，槍田鬱美的屍體也在電腦房被發現。

茂木認為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現了一行關於寶藏的信息，一直躲在監視器操控室的神秘幕後黑手終於按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導她説出了整件事的真相，而這時，本應死去的偵探們居然都出現在門口，可到底是怎麼回事？這棟別墅的寶藏又是什麼？

某天突然神秘女子池波來到事務所説要尋找中學同學柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進入池田家的時候卻發現池田已經被殺害而死時手裏捏著的正式池波年輕時的照片！而柯南對這位委託人不夠完美的説詞充滿了疑問。在不斷的調查中柯南發現神秘女子的疑團不斷增多，池波究竟是何方神聖？

神秘女子池波女士尋找的中學同學柴田手裏握著照片被殺，小五郎等開始向相關者訊問而柯南也弄明白了柴田手握照片的含義。“沉睡的小五郎”當眾點破了池波女士的眾多謊言但卻判斷兇手另有其人。而兇手留下的鐵證就留在罪犯的手上，鐵證面前犯人最終承認了罪行，但在犯人準備自我了結的時候被池波攔下，而池波女士的身份也最終揭曉。

服部收到了一封古怪的委託信，於是，他們一行人便來到了美國島，沒想到這封信的寄件人紗織卻在三天前失去了蹤影，當晚，島上熱烈的慶祝一年一度的儒艮慶典活動，傳説有位吃過人魚肉的長壽婆，任何人只要拿到她念過咒的儒艮之箭，就能實現長生不老的美夢，但就在慶典進行期間，沙織的朋友壽美竟然被人發現勒死在瀑布上，服部和柯南認為這是一起殺人事件並著手進行調查，然而在為壽美守靈的晚上又發生了一件慘案。

死者是奈緖子，柯南和服部在案發現場發現了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時，君惠説她有今年祭典購買號碼牌的名冊，於是柯南一行人前往神社，悲劇再次發生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之後，柯南和服部分頭行動，服部發現了新的線索，正巧此時柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險為夷？

柯南將小五郎麻醉並召集島上的所有人，準備將真相公之於眾，但遲遲未見和葉和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好開始對整個案件進行推理，雖然門脅和祿郎最有可能犯案但柯南卻首先排除了他們二人的嫌疑，而當他指出真兇時，在座之人無一不感到震驚，這時，自救成功的服部及時趕到推理現場，更是説出了一個讓兇手都意外的事實。

動畫原創。倫太郎家的餐廳來了一個叫龜倉雄二的人，在他以報恩為目的來到這裏之後，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉的努力而漸漸生意興隆起來，可倫太郎總覺得事情沒那麼簡單，便拜託少年偵探隊進行調查。龜倉以想菜單為由總把自己關在屋子裏，這讓柯南等人覺得很可疑，這時，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯盟案件，於是大家便以這個案件為參考展開了調查，柯南認為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。

【主線劇情】柯南和小蘭到電玩城拍攝大頭貼的時候，卻在這裏遇到了一位專注於射擊遊戲任職帝丹高中的英文老師茱蒂，小蘭在她的建議下向一個格鬥遊戲機挑戰，最後卻敗在一個遊戲玩家尾藤賢吾的手下，沒有想到在與下個對手對決的途中，這個尾藤竟然意外的死在座椅上，調查之後排除了自殺的可能，那麼，兇手一定就在那四嫌犯當中。

【主線劇情】柯南將園子麻痺，借用變聲器將四個嫌疑犯中的其他三名排除，那麼，剩下的那一個人就是兇手，之後柯南又拜託高木警官和小蘭將案發時尾藤仍在進行格鬥的場景重現，戳穿了兇手混淆大家視聽的手法，至於兇手所使用的兇器雖然很早就被丟棄，但還是被柯南發現，兇器就在……

小蘭抽空和園子一起去上陶藝課，柯南暗中尾隨但被人發現，之後便和小蘭她們一起做陶藝，這間陶藝教室除了擔任講師的美濃先生還有他的助手笠間菊代，這時，美濃的女婿素夫剛好回來，沒有想到在他回來沒有多久竟然不見了，最後大家在倉庫內發現了被人用領帶勒死的素夫的屍體。

柯南一開始就知道兇手是誰，但他卻苦於找不到證據，然而當他無意間看到勒在素夫脖子上的領帶，沒錯，證據就是這個！另一邊，目暮警官發現素夫死前所買保險的受益人是菊代，而且在素夫消失的這段時間她也曾來過倉庫以及根據美濃所提供的證詞，這一切線索不得不讓警方懷疑殺死素夫的兇手就是菊代，而菊代也是百口莫辯。這時，柯南將園子麻醉，藉助變聲器將事情的真相一一道出！

【主線劇情】為了在春天享受滑雪之樂，阿笠博士帶著少年偵探隊搭公車前去滑雪，沒想到在新出老師和茱蒂老師上公車之後，灰原居然開始全身發抖，就在這個時候，穿著一身滑雪裝的兩個男人將公車劫持，柯南以座位為掩護，本打算偷偷利用行動電話通知警方，然而卻被歹徒識破並拿走了電話，歹徒是怎麼準確的洞察到柯南的行動？坐在最後的三名乘客到底誰是歹徒的同夥？他們又是通過什麼來傳遞信號?

【主線劇情】柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，並在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同夥，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服並準備帶走一名人質以方便逃脱，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間採取行動……

動畫原創。某日，一個叫上田丈二的醫師找到小五郎，拜託他調查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當他們來到吉村所在的公寓剛準備上樓時，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發現吉村的屍體，目暮警官趕來之後，對吉村的公寓進行了仔細的調查，而柯南卻將注意轉移到了住在六樓的上田身上。

阿笠博士的朋友迦納照也由於近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這裏遇到了迦納在愛犬協會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什麼東西回家作紀唸的時候，迦納家飼養的一隻小狗道爾不見了，後來大家在焚化爐裏找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐裏並未發現狗的骨骸，那麼，道爾到底被歹徒藏在哪裏了？他又打算怎麼帶走道爾呢？

光彥建議讓亞瑟聞道爾的味道幫忙找道爾，可亞瑟卻從和式裏叼出一個坐墊，柯南發現和式裏的坐墊比之前多了一個，他又將道爾聽到時鐘之後發生的事情全部梳理了一遍，並且還在客廳的走廊上找到了曾經出現在焚化爐裏的玻璃棉，有了這些線索一切謎題迎刃而解，找到道爾之後，少年偵探分工合作，將它失蹤時的場景重演一遍，揪出了藏匿道爾的歹徒。

動畫原創。小五郎帶著小蘭、柯南應邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會，那裏還邀請了眾多葡萄酒愛好者。但是去酒窖裏取珍藏已久的葡萄酒的日下卻始終沒有回來。小五郎和日向夫人前往酒窖看看狀況時才發現日向已經被殺害。柯南無意發現了地上的刻意痕跡推理出兇手的犯罪手法。另一方面警官調查後門確認無法盜用鑰匙進入。而在高木警官的親身試驗後“沉睡的小五郎”道出了兇手的犯罪手法並指出了手絹上酒漬的證據。

動畫原創。小五郎因為中了彩票帶著小蘭和柯南一起享受可以在南紀白濱住上一晚的旅行，並在那裏結識了寫生旅行的醫科大學學生新莊真紀，由良達彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著複雜的關係。第二天毛利他們偶然遇見了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機打來了電話説三段壁的樹林裏發現真紀胸口中刀被殺。而柯南發現散落在現場鑰匙的疑點。

動畫原創。被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中複雜的人際關係一點一點浮現出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解説下兇手最終浮出水面來。

受到服部的邀請，小五郎、小蘭和柯南前往大阪參加一個名為 3K 餐廳的開幕酒會，餐廳老闆是前職業拳擊手裏卡巴雷、美國職棒投手邁克諾德和柯南的偶像職業足球選手雷卡迪斯三人，沒有想到就在柯南等人協助他們進行一場秘密計劃的時候，槍聲突然響起，柯南和服部匆忙趕到發出槍聲的房間，發現美國報社記者埃德麥肯竟然被人槍殺橫屍屋內，警方立刻對所有來賓進行排查，另一邊服部發現柯南的表現很反常。

在收集線索時，柯南並沒有像以前一樣提出很多的質疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測，之後他們在某個房間裏發現了本不該出現在這裏的拖把，有了這樣東西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測，於是他想要找到能推翻自己想法的證據，然而，事與願違，越是深究事情就越是向自己不願承認的方向發展，面對如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

柯南在從大阪回來的新幹線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內發現可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調查的過程中佐藤發現小倉血跡的疑點，並推斷出這是他殺時間而非自殺。

佐藤警官推理出小倉原本逃脱的計劃，柯南指認出進入廁所的關鍵的三人。在調查了三名嫌疑犯以及攜帶物品之後柯南解析出犯人的犯罪手法和遺留的證據。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口誤。雖然兇手一再否認，但隨聲攜帶的報紙成為了逃不掉的鐵證。在罪犯逃跑的過程中被高木警官一罐子擊暈，案子最終成功告破。

柯南和少年偵探團幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太説他因為目擊了聯續搶劫案的罪犯而正被追殺，這時從商場頂樓有鐵材向元太落下來讓原本以為只是元太想多了的柯南眾人也認真起來了。元太聲稱見到聯續強盜犯卻忘記在哪裏看到的。在不斷的回憶前幾天的事情之後少年偵探團的各位終於找到元太看到盜賊犯。

柯南他們接受了委託，決定去解開似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關聯的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見了山村刑警於是一起前往。小五郎等人到達旅館後，卻聽説已經有個自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館，不久之後卻發現假冒的小五郎在自己的屋子裏上吊死亡了。而在死者的隨身物品中有一份過期的報紙和夾在其中的頭髮，在柯南的提示下小五郎解開頭髮的秘密慢慢接近真相。

在解開頭髮的假象之後警方開始全面調查旅館。柯南推理出了犯人的犯罪手法之後提示小五郎和山村刑警發現報紙裏登載的相撲戰績的秘密。之後在眾人的設計中兇手露出馬腳被抓現行。而犯案的動機也是因為五年前搶劫案後劫匪之間的分在不均所引起的。雖然犯人一再的否認但遺留在燈上被壓在灰塵之下的指紋卻説明瞭一切，罪犯最終承認罪行。

動畫原創。金澤氏由於被迷樣的狙擊者所威脅，委託小五郎調查。小五郎等人到了建築師金澤氏的別墅。大家在巴比 0 時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經被殺害。毛利和警官發現了兇手殺人的機關推測犯人可能是外部人員但在柯南的調查下發現了兇手就是在島上的內部人員。在罪證面前兇手最終承認了罪行同時道出了因為金澤偷盜自己設計而最終走上不歸路的事情。

阿笠博士帶柯南和少年偵探團去伊豆的海水浴場遊玩，無意中聽到了當地的漁夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上 8 點餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現最後被發現死在了沙灘上。在現場調查之時柯南發現船上留下的紐扣的疑點，而死者滿是劃痕的手機使柯南發現了犯人的真實名目，但是犯人的殺人動機又是什麼呢？

柯南等也到同一個餐廳吃飯，聽説與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發生了殺人事件。柯南已經確認了犯人的真實身份並利用因為泡到海水裏無法確定死亡時間這個 baga 套出了犯人的話，面對現實，犯人最終承認了自己的罪行。因為殺死了自己的父親而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發怒的兇手最終在小蘭的話語中認識到自己的錯誤。

動畫原創。旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊癒的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現，氣氛緩和許多。但就在幾小時後，龍藏在自己家被人殺害了。在調查現場後柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

柯南他們應洋子之邀去出席衝野洋子原本所屬的偶像團體“地球少女”的另一位成員――草野薰和演員劍崎的訂婚 party。大家建議觀看完薰和劍崎共同出演的電視劇後再祝福，害羞的薰就獨自一人去洗澡了。但是去尋找一直沒從浴室回來的薰的柯南和劍崎卻發現了頸部流血、倒在了浴盆裏的薰。警方也介入調查現場。

倒在浴室的薰被送到醫院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發現是內部人所為。在獨自調查現場的時候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然並推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨面對犯人説出自己的推理，犯人在證據面前承認了自己的罪行，因為愧疚之前便已經決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而燻也搶救成功渡過危險。

動畫原創。柯南和小蘭被小五郎帶到 OK 牧場在途中迷路，巧遇恰好路過的牧場工作人員後一行人終於到達牧場。小五郎因為要看馬術，到了馬場便參觀了起來。但是馬場的裝蹄師杉山突然死亡！雖然看起來是被事故但在柯南的調查下發現這其實是一起有預謀的謀殺案！雖然大楠給馬餵了巧克力使馬異常興奮，但真正殺死杉山的另有其人。

動畫原創。少年偵探團在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之後，來到了燕宅。原來燕財閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之後柯南發現秋夫有留下畫畫地方特徵的習慣，尋找秋夫畫裏留下的訊息成了關鍵所在。在少年偵探團的各位的齊心協力下終於找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方併成功救出了秋夫。

受不住母親一再的嘮叨佐藤警官決定去相親，來到相親地點出現的竟是白鳥警部！得知這一情況的由美讓暗戀佐藤已久的高木去找佐藤。本來是準備相親中途藉口逃走的佐藤警官被激與白鳥警部約定，如果日沒之前高木還沒來就與白鳥結婚！將就在高木急急忙忙前來的過程中居然遇到了便利店強盜。不願看到有情人擦肩而過的柯南決定出手幫助高木！

巧遇上新出老師的三人繼續關注事態發展。在隔壁房間偷看的柯南一邊看一邊以新一的聲音聯繫高木。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更替高木擔心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之後，日落也就在眼前了。垂頭喪氣的高木欲拋棄但最終決定堅持下去。時間到，佐藤警官遵守預定但關鍵時刻，“高木”警官竟然出現了？