明治十一年，东京下町。“神谷活心流”师范代的神谷薰，欺骗那个流派的名字的街头斩追赶着“刽子手拔刀斋”。有一天晚上，薰遇到了一个拿着刀走路的男人。马上追问男人，简直没有战斗的样子。“这就是那个刽子手拔刀斋？”薰惊讶的样子，男人自称是“流浪人”绯村剑心。

从欺骗神谷活心流的名字的街头斩骚动的解决开始一周。虽然神谷道场的污名已散，但薰的门生并没有增加的迹象。就在这时，路过的少年明神弥彦偷了剑心的钱包。剑心把钱包交给被偷走的自己不好的人。弥彦反对对孩子的施舍，但他有收集金钱的理由。

弥彦被剑心打动，决心从小偷那里洗脚。拒绝向关东集英组上缴而抵抗也被群殴，穷途末路。剑心进入助太刀，把事情收起来。弥彦后悔自己没能解决，希望自己变强。看到这一幕的剑心，带弥彦去了神谷道场。

在剑心、薰、弥彦拜访的牛肉火锅店“赤贝子”，喝醉了的自由民权运动的壮士们使议论白热化，扔了的铫子碰上剑心引起骚动。正好在店里的男子相乐左之助，看不下去站起来，用一枪打飞了民权壮士。左之助看穿了剑心的实力，表现出了兴趣。“你不买我打架吗？”

与轻松挥舞着巨大刀剑、斩马刀的左之助对决的剑心。剑心对以一击无法企及的异常打击强度而自豪的左之助，打进了连击。倒在地上的左之助。看来胜败已成定局。但是左之助在意识朦胧中，想起了对胜利执着的十年前赤报队的过去。

警察署长把委托带到剑心的身边。据说希望打倒瞄准原·维新志士反复斩杀的杀人鬼『黑笠』。剑心和左之助护卫在斩奸状中收到杀害预告的谷十三郎。上午一点，在预告的时刻出现的黑笠。其原形是从幕末时期开始以暗杀职业而闻名的流浪刽子手鹈堂刃卫。

刃卫知道了剑心在刽子手拔刀斋时期的强大，将薰作为人质煽动剑心的愤怒。展开壮烈战斗的两个人。但是刃卫认为剑心还没有恢复以前的力量，对薰施加了二阶堂平法“心之一方”，封锁了呼吸。离薰窒息死亡还有两分钟——剑心的愤怒达到了顶点。

左之助的朋友因过量摄取鸦片而丧命。但是鸦片是被禁止的毒品，而且买也很贵，是普通人买不到的东西。在疑惑着为什么的剑心和左之助面前，神秘的女人高荷惠出现了。击退想要抓住惠的武田观柳的私兵的剑心们。但是惠拿着鸦片……

御庭番众之一的火男袭击了藏匿惠的神谷道场。用口吐火的必杀『火焰吐息』攻击剑心和左之助。对强有力的中位隐密的登场预料剑心们的败北的惠，打算从那个场合逃跑。薰挽留着那样的惠。“我是为了你而战斗的”这样说着，说要相信剑心的强大。

事发一周后，观柳一伙人毫无动静，无从宣泄怒气的左之助也因此失去冷静。此时小惠突然不告而别，只留下一封信。剑心一行人发现异状，立刻赶往观柳宅邸……

在观柳邸为了夺回惠而奔走的剑心、左之助、弥彦。阻挡在他们面前的是御庭番众的密探方般若。作为拳击家的实力和用『伸臂之术』玩弄剑心，不过，在战斗中暴露了术的秘密的剑心漂亮地攻略给大家看。被认为有胜负的时候，般若卸下自己的面具，露出惊愕的素颜。

剑心终于与御庭番众的头目·四乃森苍紫对峙。幕府末期，因无血开城而没能战斗就结束了任务，失去了存在意义的异形战斗狂们=御庭番众。苍紫怀着遗憾，一心追求最强称号。作为曾经的维新志士，不能原谅没有大义之争的剑心。幕府末期以杀人为生的两人，赌上自尊心展开了激战。

为一举击垮剑心与四乃森苍紫，武田观柳出动了格林机关砲，朝剑心等人疯狂地扫射。听闻枪响连忙赶来的其他「御庭番众」，眼见头子陷入危机，纷纷奋不顾身地以身护主……

弥彦为了某个目的，瞒着小薰等人偷偷地来到赤别户打零工，却在无意间发现新店员三条燕遭人威胁。为了帮助小燕，弥彦决定不借助剑心等人的帮助，选择独自与敌人一战……

某日，小薰在剑心与弥彦的陪同下到前川道场授课。不料途中突然闯进一名上门踢馆的男子，指名要与前川师父比武。而这个名叫雷十太的男子，其实是为了某个目的才四处踢馆……

小薰发现冢山由太郎不懂剑术，便邀他至神谷道场练剑。天赋不错的由太郎在勤练之下，更是进步神速。然而某日，剑心等人走在夜路时却遭雷十太从后方偷袭，雷十太的招式甚至误伤了由太郎……

剑心虽已看穿雷十太的擅用招式「饭纲」的原理，但在右手负伤的情况下，对战起来显得有些吃力。所有纷争落幕后，身心俱疲的由太郎则是在父亲的安排下准备离开日本……

在一趟帮人跑腿买画的过程中，左之助意外地与赤报队旧识月冈克浩重逢。就在两人聊天叙旧时，左之助也得知了克浩策划多年的计划……

为了帮赤报队与相乐总三洗刷污名，并推翻明治政府，月冈克浩带着自制的炸弹，与左之助来到内务省。然而剑心却彷彿知情似的，早一步出现在内务省的庭院内……

时光倒回剑心的流浪人时期……某一天他流浪到横滨时，意外邂逅身分成谜、总是戴着面具的外籍医师艾尔达。然而艾尔达免费行医的举动引来当地大夫石津泥庵的不满，甚至企图对他不利……

石津泥庵为了除掉艾尔达，找来西洋的剑术高手艾斯皮拉尔。然而艾斯皮拉尔远渡重洋赴日的目的，只为与日本武士一战。当艾斯皮拉尔碰上剑心，一场东洋武士与西洋剑士的对决就此展开……

某日，剑心等人外出返家时，发现左之助遭人打成重伤。剑心从遗留在现场的打斗迹象和物品判断，出手伤人的很可能就是维新志士的宿敌，前新撰组队员斋藤一……

解决赤末后，剑心返家才赫然发现斋藤就在道场里。过去两人曾多次交手，但最终没能分出高下。幕府末年的未完之战，如今又在明治这个新时代重新点燃战火……

内务大臣大久保利通现身后，道出过去担任政府刺客的志志雄真实正在京都密谋造反，并希望剑心协助暗杀志志雄。如今国难当前，不杀生的流浪人・绯村剑心将会如何选择……

剑心的不告而别让左之助非常气愤，决定追上剑心的脚步前往京都。然而斋藤却现身在左之助的面前，甚至以武力阻挡他的去路……

选择徒步前往京都的剑心，在旅途中遇到一名忍者装扮的少女。少女因为旅费用尽，便设局行抢当地窃贼。这也让剑心意外卷入这场纷争……

剑心摆脱不了少女卷町操的纠缠，只好带著她一起同行。路途中，他们发现了一名全身刀伤的男子，进而得知男子居住的村庄遭志志雄的手下强行占领，而志志雄就在这个村子里……

剑心与斋藤进入志志雄的宅第后，也在言谈之间得知了志志雄的野心。两人虽想当场与他开战，但志志雄却派出统治新月村的尖角应战……

尖角遭剑心击败后，志志雄派出自己的左右手濑田宗次郎与剑心较量。双方都以拔刀术过招，然而剑心的逆刃刀却在刀剑相触时应声断裂……

因缘际会下，左之助在森林中遇见了修行中的破戒僧・悠久山安慈。见到他想要变强的决心，安慈传授给他自己修行十年习得的破坏的精髓「双重之极限」，却也提出条件，若左之助无法在一个月内学会，就要取他性命……

为报答剑心平安护送小操回家，曾任密探御庭番众的翁老帮剑心打探到刀匠新井赤空的消息，然而赤空早已过世多年，一行人便转向探访其子青空，但青空却表示自己已不再锻刀……

原先已放弃找青空锻刀的剑心，一听到青空的儿子伊织遭志志雄手下绑架，便急忙赶去搭救。手上仅剩残破逆刃刀的他，将对决拥有杀人奇剑的刀迷张……

眼见腿部负伤的剑心只能吃力地应战，青空决定冲向神社，将赤空的最后一把刀扔给剑心。而在刀迷张的挑衅下，剑心也顺势抽出了刀鞘里的刀……

赤空的遗作「逆刃刀・真打」让剑心回想起初次使用逆刃刀的情景。庆应四年，一位好心人皐月收留了倒卧在神社的剑心。但皐月的丈夫义壹却遭人寻仇，抱病在身的剑心便挺身相助……

为避免再次波及无辜民众，剑心选择离开葵屋，独自面对今后的战役。而在翁老的帮助下，剑心也顺利找到自己的师父比古清十郎，想请他传授十五年前自己未学成的飞天御剑流真髓……

追随剑心的脚步前来京都的苍紫，为了寻求剑心的下落，便跟着宗次郎前往志志雄的要塞与志志雄见面。而两人也在会谈中达成了某项协议……

为取得剑心的消息，苍紫不但与志志雄组成同盟，甚至放任其手下袭击葵屋。而翁老为了阻止已化身修罗的苍紫铸成大错，决定重披战袍与苍紫一战……

翁老落败后，小操为了守护御庭番众，竟表明自己要取代苍紫担任新一任头子。另一方面，刻意在街上打架闹事的左之助，虽顺利在监牢里见到斋藤，却与关在另一间牢房的十本刀的「刀迷」张起了冲突……

比古清十郎要求剑心必须在过招时击中自己，才愿意传授真髓。历经多次挑战，剑心终于成功击中比古。然而在传授的过程中，剑心体验到徘徊生死关头的滋味，进而体认到自己的不足之处……

剑心在传授真髓的过程中成功击中了比古，但比古却因此昏迷不醒。另一方面，十本刀全体聚集京都后，志志雄便明确指示了火烧京都的执行日……

剑心习得真髓后顺利与斋藤会合。两人在一番讨论后，推敲出志志雄的另一个目的。原来火烧京都不过是佯攻战术，真正目标另有其地……

位于京都的志志雄手下碍于优势警力与御庭番众的阻挠，无法顺利执行火烧京都的计划。另一方面，剑心等人顺利抵达志志雄的所在地。为彰显双方力量差距，志志雄不惜开炮示威。

剑心等人顺利登上志志雄的船舰，然而四乃森苍紫却阻挡了剑心的去路。而位于京都的小薰等人，与御庭番众联手阻挠志志雄手下的放火行动时，意外遇上了盲剑客宇水……

志志雄的铁甲船炼狱在左之助的破坏下已濒临沉船。眼见火烧京都的作战计划失败，志志雄便向剑心等人提议择日再战……

扑灭京都各地的火势后，剑心等人也跟着御庭番众回到葵屋。而身受重伤的翁老醒来后的第一件事，就是拜托剑心杀了已化身修罗的苍紫……

志志雄发出战帖，指名要与剑心、左之助、斋藤决斗。决战的前一晚，难以入眠的众人齐聚屋外，各自展现赴战与保卫家园的决心……